global args
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('-cfg', '--cfg', default='unet', type=str)
parser.add_argument('-gpu', '--gpu', default='0', type=str)
args = parser.parse_args()
args = Parser(args.cfg, log='test').add_args(args)
#args.valid_list = 'valid_0.txt'
#args.valid_list = 'all.txt'
#args.saving = False
#args.scoring = True
args.data_dir = '/media/jeyamariajose/7888230b-5c10-4229-90f2-c78bdae9c5de/Data/brats/2019/val'
args.valid_list = 'valid.txt'
args.saving = True
args.scoring = False # for real test data, set this to False
args.ckpt = 'model_epoch_100.tar'
#args.ckpt = 'model_iter_227.tar'
if args.saving:
folder = os.path.splitext(args.valid_list)[0]
out_dir = os.path.join('output', args.name, folder)
if not os.path.exists(out_dir):
os.makedirs(out_dir)
args.out_dir = out_dir
else:
args.out_dir = ''
if __name__ == '__main__':
global args
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('-cfg', '--cfg', default='deepmedic_ce_all', type=str)
parser.add_argument('-gpu', '--gpu', default='3', type=str)
args = parser.parse_args()
args.cfg = 'deepmedic_nr'
args.gpu = str(args.gpu)
args.gpu = '3'
args = Parser(args.cfg, log='test').add_args(args)
args.valid_list = 'train_0.txt'
args.data_dir = '/home/thuyen/Data/brats17/Brats17ValidationData'
args.valid_list = 'test.txt'
args.ckpt = 'model_last.tar'
#args.ckpt = 'model_iter_227.tar'
folder = os.path.splitext(args.valid_list)[0]
out_dir = os.path.join('output', args.name, folder)
if not os.path.exists(out_dir):
os.makedirs(out_dir)
args.out_dir = out_dir
main()
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('-cfg',
'--cfg',
default='deepmedic_ce_50_50_c25_all',
type=str)
parser.add_argument('-gpu', '--gpu', default='0', type=str)
args = parser.parse_args()
args = Parser(args.cfg, log='test').add_args(args)
#args.valid_list = 'valid_0.txt'
#args.saving = False
args.data_dir = '/media/hdd1/pkao/brats2018/validation'
#args.data_dir = '/usr/data/pkao/brats2018/testing'
args.valid_list = 'test.txt'
args.saving = True
args.ckpt = 'model_last.tar'
#args.ckpt = 'model_iter_227.tar'
if args.saving:
folder = os.path.splitext(args.valid_list)[0]
out_dir = os.path.join('output', args.name, folder)
if not os.path.exists(out_dir):
os.makedirs(out_dir)
args.out_dir = out_dir
else:
args.out_dir = ''
args.scoring = not args.saving
