def process():
"""
process는 아래와 같이 3개의 tuple를 반환한다
(pro, d_list, dnum_list)
이들은 각각 아래와 같은 의미를 가진다
pro : 순서별로 몇개의 아미노산 종류가 있는지, 그것이 어느 것에는 어떤 것이 있는지 확인 ([[["M", "K"], {각각에 대한 딕셔너리}].. ]) + 또한 대상은 중복되지 않는다 (set과
같은 list라 생각하자) d_list : 하나의 위치에 2개 이상의 아미노산을 가지는 대상들의 번호 dnum_list : d_list에서 가장 적은 개수를 가지는 아미노산의 개수 (몇개의 대상에서
mutaion이 일어났는지 확인)
"""
from datas import data_list
data = data_list()
data = list(map(lambda t: t[0], data)) # 단순 단백질 서열 list로 변경
len_data = len(data[0]) # data의 모든 길이는 같다
pro = list()
for q in range(len_data):
data_set = list()
data_dict = dict()
for ind, val in enumerate(data):
tar = str(val[q])
if tar not in data_set:
data_dict[tar] = []
data_set.append(tar)
data_dict[tar].append(ind)
pro.append([data_set, data_dict])
dt_list = list()
dtnum_list = list()
for ind, val in enumerate(pro):
if len(val[0]) != 1:
dt_list.append(ind)
dtnum_list.append(
len(data) -
max(map(lambda t: len(t),
val[1].values()))) # 5/12 수정 (최소가 아닌 최대의 나머지 개수)
return pro, dt_list, dtnum_list
import pickle
from datas import data_list
from compro import process
with open("data/saved/data_list.pickle", "wb") as f:
pickle.dump(data_list(), f)
with open("data/saved/process.pickle", "wb") as f:
pickle.dump(process(), f)
from tensorflow.keras import models
from tensorflow.keras import layers
from compro import process
from datas import blosum62 as blo62
from datas import data_list
from datas import nums
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from random import shuffle
pros = process()
data = data_list()
pro = pros[0]
# pros 구조
# (pro, d_list, dnum_list)
# pro : 순서별로 몇개의 아미노산 종류가 있는지, 그것이 어느 것에는 어떤 것이 있는지 확인 ([[["M", "K"], {각각에 대한 딕셔너리}].. ])
# d_list : 하나의 위치에 2개 이상의 아미노산을 가지는 대상들의 번호
# dnum_list : d_list에서 가장 적은 개수를 가지는 아미노산의 개수 (몇개의 대상에서 mutaion이 일어났는지 확인)
# data_list는 아래와 같이 반환한다.
# [[Seq 단백질 서열, [종 이름, kcat, Kc, Sc/o, Eff., type (A or B), EMBL code], index].. ]
# 원하는 값에 대해서 최대 최소 찾기
tar = 4 # 1 : kcat, 2 : Kc, 3 : Sc/o, 4 : Eff.
data.sort(key=lambda t: -t[1][tar])
# data = data[1:]
shuffle(data)
loc_list = [
9, 14, 31, 86, 95, 97, 99, 142, 145, 149, 183, 189, 251, 255, 256, 262,
281, 328, 439, 449