def setUp(self):
self.logger = dcs.Logger(10)
time = np.arange(251)
sim_params = SimParams(time, magnitude=3.5, frequency=12, phase=180)
truth_time = np.arange(-10, 201)
truth_data = 5 * np.sin(2*np.pi*10*time/1000 + 90*np.pi/180)
self.opti_opts = dcs.OptiOpts()
self.opti_opts.model_func = sim_model
self.opti_opts.model_args = {'sim_params': sim_params}
self.opti_opts.cost_func = cost_wrapper
self.opti_opts.cost_args = {'results_time': time, 'truth_time': truth_time, 'truth_data': truth_data}
self.opti_opts.get_param_func = get_parameter
self.opti_opts.set_param_func = set_parameter
self.opti_opts.output_folder = ''
self.opti_opts.output_results = ''
self.opti_opts.params = []
# Parameters to estimate
self.opti_opts.params.append(dcs.OptiParam('magnitude', best=2.5, min_=-10, max_=10, typical=5, minstep=0.01))
self.opti_opts.params.append(dcs.OptiParam('frequency', best=20, min_=1, max_=1000, typical=60, minstep=0.01))
self.opti_opts.params.append(dcs.OptiParam('phase', best=180, min_=0, max_=360, typical=100, minstep=0.1))
def test_get_array5(self):
opti_param = dcs.OptiParam('test')
params = [opti_param, opti_param]
with self.assertRaises(ValueError):
dcs.OptiParam.get_array(params, type_='bad_name')
def test_get_names(self):
opti_param1 = dcs.OptiParam('test1')
opti_param2 = dcs.OptiParam('test2')
params = [opti_param1, opti_param2]
names = dcs.OptiParam.get_names(params)
self.assertEqual(names, ['test1', 'test2'])
def test_get_array(self):
opti_param = dcs.OptiParam('test')
params = [opti_param, opti_param]
best = dcs.OptiParam.get_array(params)
np.testing.assert_array_equal(best, np.array([np.nan, np.nan]))
def test_get_array3(self):
opti_param = dcs.OptiParam('test')
params = [opti_param, opti_param]
values = dcs.OptiParam.get_array(params, type_='max')
np.testing.assert_array_equal(values, np.array([np.inf, np.inf]))
def test_inequality2(self):
opti_param = dcs.OptiParam('test')
self.assertNotEqual(opti_param, 2)
def test_inequality(self):
opti_param1 = dcs.OptiParam('test')
opti_param2 = dcs.OptiParam('test')
opti_param2.min_ = 5.5
self.assertNotEqual(opti_param1, opti_param2)
def test_equality(self):
opti_param1 = dcs.OptiParam('test')
opti_param2 = dcs.OptiParam('test')
self.assertEqual(opti_param1, opti_param2)
def test_init(self):
opti_param = dcs.OptiParam('test')
self.assertTrue(isinstance(opti_param, dcs.OptiParam))
opti_opts.is_max_like = False
opti_opts.max_iters = 10
opti_opts.tol_cosmax_grad = 1e-4
opti_opts.tol_delta_step = 1e-7
opti_opts.tol_delta_cost = 1e-8
opti_opts.step_limit = 5
opti_opts.x_bias = 0.8
opti_opts.grow_radius = 2
opti_opts.shrink_radius = 0.5
opti_opts.trust_radius = 1.0
# Parameters to estimate
opti_opts.params.append(
dcs.OptiParam('magnitude',
best=2.5,
min_=-10,
max_=10,
typical=5,
minstep=0.01))
opti_opts.params.append(
dcs.OptiParam('frequency',
best=20,
min_=1,
max_=1000,
typical=60,
minstep=0.01))
opti_opts.params.append(
dcs.OptiParam('phase',
best=180,
min_=0,
max_=360,
typical=100,
