Python analyze_molecule примеры использования

Пример #1

    def aromaticity_test(self):
        """Test that aromatics are properly filtered."""
        adj1 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,D} {3,S} {7,S}
2  C u0 p0 c0 {1,D} {4,S} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,S} {5,D} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,D} {6,S} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {5,S} {11,S}
7  C u1 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj2 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,B} {3,B} {7,S}
2  C u0 p0 c0 {1,B} {4,B} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,B} {6,B} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,B} {5,B} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,B} {6,B} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,B} {5,B} {11,S}
7  C u1 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj3 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,D}
2  C u1 p0 c0 {1,S} {4,S} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,S} {5,D} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,D} {6,S} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {5,S} {11,S}
7  C u0 p0 c0 {1,D} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj4 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,D}
2  C u0 p0 c0 {1,S} {5,D} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u1 p0 c0 {5,S} {6,S} {10,S}
5  C u0 p0 c0 {2,D} {4,S} {9,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {4,S} {11,S}
7  C u0 p0 c0 {1,D} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {5,S}
10 H u0 p0 c0 {4,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""

        mol_list = [
            Molecule().from_adjacency_list(adj1),
            Molecule().from_adjacency_list(adj2),
            Molecule().from_adjacency_list(adj3),
            Molecule().from_adjacency_list(adj4),
        ]

        filtered_list = aromaticity_filtration(mol_list,
                                               analyze_molecule(mol_list[0]))
        self.assertEqual(len(filtered_list), 3)

Пример #2

Файл: filtrationTest.py Проект: ReactionMechanismGenerator/RMG-Py

    def aromaticity_test(self):
        """Test that aromatics are properly filtered."""
        adj1 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,D} {3,S} {7,S}
2  C u0 p0 c0 {1,D} {4,S} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,S} {5,D} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,D} {6,S} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {5,S} {11,S}
7  C u1 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj2 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,B} {3,B} {7,S}
2  C u0 p0 c0 {1,B} {4,B} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,B} {6,B} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,B} {5,B} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,B} {6,B} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,B} {5,B} {11,S}
7  C u1 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj3 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,D}
2  C u1 p0 c0 {1,S} {4,S} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u0 p0 c0 {2,S} {5,D} {9,S}
5  C u0 p0 c0 {4,D} {6,S} {10,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {5,S} {11,S}
7  C u0 p0 c0 {1,D} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {4,S}
10 H u0 p0 c0 {5,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""
        adj4 = """multiplicity 2
1  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,D}
2  C u0 p0 c0 {1,S} {5,D} {8,S}
3  C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {12,S}
4  C u1 p0 c0 {5,S} {6,S} {10,S}
5  C u0 p0 c0 {2,D} {4,S} {9,S}
6  C u0 p0 c0 {3,D} {4,S} {11,S}
7  C u0 p0 c0 {1,D} {13,S} {14,S}
8  H u0 p0 c0 {2,S}
9  H u0 p0 c0 {5,S}
10 H u0 p0 c0 {4,S}
11 H u0 p0 c0 {6,S}
12 H u0 p0 c0 {3,S}
13 H u0 p0 c0 {7,S}
14 H u0 p0 c0 {7,S}
"""

        mol_list = [
            Molecule().fromAdjacencyList(adj1),
            Molecule().fromAdjacencyList(adj2),
            Molecule().fromAdjacencyList(adj3),
            Molecule().fromAdjacencyList(adj4),
        ]

        filtered_list = aromaticity_filtration(mol_list, analyze_molecule(mol_list[0]))
        self.assertEqual(len(filtered_list), 3)