def setUp(self):
self.structure = "...((..(((....)))...((((...))))...))..."
self.parser = Parser(self.structure)
self.loops = self.parser.indices()
seq = "aaaccaacccuuuugggtttccccuuuggggtttggttt"
self.sequences = self.parser.loops(seq)
def setUp(self):
self.structure = '.AAA....<<<<aaa....>>>>'
self.parser = Parser(self.structure, dialect='rfam')
self.loops = self.parser.indices()
def setUp(self):
self.structure = "...((..((..))....)).."
self.parser = Parser(self.structure)
self.formatter = Writer()
def setUp(self):
self.structure = "((..((..))....))..((...))"
self.parser = Parser(self.structure)
self.loops = self.parser.indices()
self.flanking = self.parser.indices(flanking=True)
def setUp(self):
self.structure = '(((((((.....((((((((...))))).)))......(((((((.........(((((.((.........(((((.(((((............(((.(((...((((....((..(((((....))))))).))))......((..(((...)))..)).))).)))........)))))))))).)).)))))..)))))))..)))).................(((.....))).((((....))))...((((((((.........(.(((((...((((..(((.........)))..))))....))))))))))))))........................((((((((....((((((..............))))))..............(((.(((((.((.......)).))))).)))....(((..(((((.((.((((........))))))((......))...........((((((((............))))))))......)))))..)))....(((((............))))).)))))..))).(((((......(((((((..........)))))))...)))))...................))).......'
self.parser = Parser(self.structure)
self.loops = self.parser.indices()
