def pipeSaklCleanReadsMito(strain, refSt):
reads1 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/CleanPE/s_1_%s-trim_unmapped_unmapped.fq" % (strain)
reads2 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/CleanPE/s_2_%s-trim_unmapped_unmapped.fq" % (strain)
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/BWA/Mito/%s" % strain
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/SequenceReference/Sakl/Mito/mito%s.fasta" % (refSt)
#ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/SequenceReference/Sakl/Mito/mitoCBS5828.fasta"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
outBWA = "aln_%s_unmapped" % strain
opt = "-n 8 -o 2"
if not "Run3" in reads1:
opt += " -I"
#opt = "-n 10 -o 4"
#ficSam = traitementBWA.lanceBWA(outBWA2,lUnmappedReads[0],lUnmappedReads[1],repOut,ref,opt)
ficSam = traitementBWA.lanceBWA(outBWA, reads1, reads2, repOut, ref, opt)
#ficSam = traitementBWA.lanceBWA(outBWA,reads1,reads2,repOut,ref)
ficSamInRef = traitementSamtools.deconvolueSam(ficSam)
# renomme le fichier de mapping
ficSamAll = "%s/aln_%s_unmapped_PE.sam" % (repOut, strain)
cmdB = "mv %s %s" % (ficSamInRef, ficSamAll)
os.system(cmdB)
#traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
# puis qq stats et estimation du nombre de SNP etc
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtoolsSansRel(ficSamAll, ref)
#ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
def pipeCramORI():
reads1 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Dikaryome/Reads/Cram/CleanPE/AQF_AFOSU_4_all_707WBAAXX-trim.fq"
#reads2 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Dikaryome/Reads/Cram/CleanPE/AQF_AFOSU_4_2_707WBAAXX-trim.fq"
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Dikaryome/BWA/CramVsDeha"
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Dikaryome/ReferenceSequences/Deha/Index/BWA/genomeDeha.tfa"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
outBWA = "aln_CramVsDeha"
opt = "-n 8 -o 2"
ficSam = traitementBWA.lanceBWAsamse(outBWA,reads1,repOut,ref,opt)
#ficSam = "aln_CramVsDeha_1SE.sam"
# determination des unmapped reads
#lUnmappedReads = traitementBWA.extraitUnmappedReadsPair(ficSamCorrect,reads1,reads2)
# mapping de ces "unmapped" avec des parametres moins stringents
#outBWA2 = "aln_CramVsDeha_unmapped"
#ficSamUnmapped = traitementBWA.lanceBWA(outBWA2,lUnmappedReads[0],lUnmappedReads[1],repOut,ref,opt)
#ficSamUnmappedInRef = traitementSamtools.deconvolueSam(ficSamUnmapped)
# concatenation des 2 fichiers sam : d abord les unmapped pour avoir le header, puis ficSamCorrected
#ficSamAll = "%s/aln_CramVsDeha_PE.sam" % (repOut)
#cmdB = "cat %s %s > %s" % (ficSamUnmappedInRef,ficSamCorrect,ficSamAll)
# a partir de celui-ci extraction des ali des paires OK
#os.system(cmdB)
# je peux creer les fic de reads unmapped pour mito a partir de la aussi
# ils s appelleront xxx_unmapped_unmapped.fq
#lReadsUnmappedPourMito = traitementBWA.extraitUnmappedReadsPair(ficSamUnmappedInRef,lUnmappedReads[0],lUnmappedReads[1])
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtoolsSansRel(ficSam,ref)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
