b[i - 1] = conc[i, k]
c = np.linalg.solve(A, b)
for i in np.arange(0, len(x) - 2):
conc[i + 1, k + 1] = c[i]
conc[0, k + 1] = (4 / 3) * conc[1, k + 1] - (1 / 3) * conc[2, k + 1]
conc[-1, k + 1] = (4 / 3) * conc[1, k + 1] - (1 / 3) * conc[2, k + 1]
err = np.zeros((len(x), len(t)))
errSumX = np.zeros((len(x), 1))
plt.figure()
for i in np.arange(0, len(t), 1):
err[:, i] = abs(conc[:, i] - uf.cBar(x, t[i])).T
plt.plot(x, conc[:, i], 'b', linewidth=3)
plt.plot(x[::5], uf.cBar(x[::5], t[i]), 'rx', mew=5, ms=5)
## plt.ylim((0,cmax))
# plt.plot(np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-1*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(x,np.ones(len(x)),'--')
# plt.plot(-x,np.ones(len(x)),'--')
# plt.xlim((x_start,3))
plt.pause(0.00000001)
plt.clf()
#
errSumX = np.sum(err[:, 1:], axis=1)
errSumT = np.sum(err[:, 1:], axis=0)
conc[0,k+1] = c[1]
conc[-1,k+1] = c[-2]
#std = np.diff(sparktimes)
#sm1 = conc[400,:]
#s1 = conc[600,:]
#
#sdif = abs(sm1-s1)
err = np.zeros((len(x),len(t)))
errSumX = np.zeros((len(x),1))
plt.figure()
for i in np.arange(0,len(t),1):
err[:,i] = abs(conc[:,i]-uf.cBar(x,t[i])).T
plt.plot(x,conc[:,i],'b',linewidth=3)
# plt.plot(x[::10],uf.cBar(x[::10],t[i]),'ro',mew=3,ms=3)
### plt.ylim((0,cmax))
#
# plt.plot(np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-1*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(2*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-2*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(3*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-3*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(4*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-4*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
#
# plt.plot(x,np.ones(len(x)),'--')
# plt.plot(-x,np.ones(len(x)),'--')
#
#sdif = abs(sm1-s1)
err = np.zeros((len(x),len(t)))
errSumX = np.zeros((len(x),1))
#D=2
#x = x*2
#
#t = t*((d**2)/D)
##std = std*((d**2)/D)
#sparktimes = sparktimes*((d**2)/D)
#std = np.diff(sparktimes)
#conc = 0.14*conc
plt.figure()
for i in np.arange(0,len(t),1):
err[:,i] = abs(conc[:,i]-uf.cBar(x,t[i])).T
plt.plot(x,conc[:,i],'b',linewidth=3)
plt.plot(x[::20],uf.cBar(x[::20],t[i]),'ro',mew=3,ms=3)
### plt.ylim((0,cmax))
#
plt.plot(np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
plt.plot(-1*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(2*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-2*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(3*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-3*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(4*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
# plt.plot(-4*np.ones(40),np.arange(0,4,0.1),'--')
#
plt.plot(x,np.ones(len(x)),'--')
plt.plot(-x,np.ones(len(x)),'--')
c = np.linalg.solve(A, b)
for i in np.arange(0, len(x) - 2):
conc[i + 1, k + 1] = c[i]
conc[0, k + 1] = (4 / 3) * conc[1, k + 1] - (1 / 3) * conc[2, k + 1]
realsol = np.zeros((len(x), len(t)))
err = np.zeros((len(x), len(t)))
errSumX = np.zeros((len(x), 1))
""" Plot solutions for all time """
plt.figure()
for i in np.arange(0, len(t), 1):
err[:, i] = abs(conc[:, i] - uf.cBar(x, t[i])).T
plt.plot(x, conc[:, i], 'b', linewidth=3)
plt.plot(x, uf.cBar(x, t[i]))
# plt.ylim((0,cmax))
plt.plot(np.ones(40), np.arange(0, 4, 0.1), '--')
plt.plot(-1 * np.ones(40), np.arange(0, 4, 0.1), '--')
plt.plot(x, np.ones(len(x)), '--')
plt.plot(-x, np.ones(len(x)), '--')
plt.xlim((x_start, 3))
plt.pause(0.00000001)
plt.clf()
errSumX = np.sum(err[:, 1:], axis=1)
errSumT = np.sum(err[:, 1:], axis=0)
plt.figure()
