def generate_water_cmd(macierz, pliki_fasta_rodzina):
"""
Generuje polecenia wywolania programu water EMBOSS dla wszystkich sekwencji podanych jako nazwy plikow je zawierajacych
:param macierz: lokalizacja/nazwa pliku z macierza substytucji PAM/BLOSUM
:param pliki_fasta_fodzina: lista lokalizacji/nazw plikow z sekwencjami bialkowymi fasta nalezacymi do danej rodziny
:return: polecenie wywolania programu water
"""
records = []
for file in pliki_fasta_rodzina:
handle = open(file, "rU")
records.extend(list(SeqIO.parse(handle, "fasta")))
handle.close()
from Bio.Emboss.Applications import WaterCommandline
all_water_cmd = []
for i in range(len(records)):
for j in range(len(records)):
if i < j:
water_cmd = WaterCommandline(gapopen=100, gapextend=10)#maksymalne wartosci aby uzyskac uliniowienia bezspacjowe
water_cmd.asequence = "asis:" + str(records[i].seq)
water_cmd.bsequence = "asis:" + str(records[j].seq)
water_cmd.stdout = True
water_cmd.sprotein=True
water_cmd.datafile=macierz
all_water_cmd.append(str(water_cmd))
return all_water_cmd
