Python SamtoolsIndexCommandline.set_parameter示例

示例#1

文件： test_samtools_tool.py 项目： sgalpha01/biopython

 def test_index(self):
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", self.bamfile1)
     stdout, stderr = cmdline()
     self.assertFalse(
         stderr, f"Samtools index failed:\n{cmdline}\nStderr:{stderr}")
     self.assertTrue(os.path.exists(self.bamindexfile1))

示例#2

文件： test_samtools_tool.py 项目： MCalvi/biopython

 def test_index(self):
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", self.bamfile1)
     stdout, stderr = cmdline()
     self.assertFalse(stderr,
                      "Samtools index failed:\n%s\nStderr:%s"
                      % (cmdline, stderr))
     self.assertTrue(os.path.exists(self.bamindexfile1))

示例#3

文件： test_samtools_tool.py 项目： kctsai066/hello-world

 def create_bam_index(self, input_bam):
     """Create index of an input bam file."""
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", input_bam)
     stdout, stderr = cmdline()

示例#4

文件： test_samtools_tool.py 项目： kevinwuhoo/biopython

 def create_bam_index(self, input_bam):
     """Creates index of an input bam file"""
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", input_bam)
     stdout, stderr = cmdline()