def scan(identifier):
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.scanning
Catalog.commit()
print("Scanning patient")
return
def scan_status(identifier):
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.finished_scanning
Catalog.commit()
print("The Scan was executed")
return
def start_reconstruction(identifier):
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.reco_queued
Catalog.commit()
print("Reconstruction queued")
return
def register(identifier):
#Generowanie identyfikatora zadania na klastrze i zapis do bazy danych
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.reco_registered
Catalog.commit()
print("Reconstruction registered")
return
def mpps_completed(identifier):
pydicom.dcmread("mpps_completed.dcm", force=True)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku mpps_discontinued.dcm do bazy danych
examination.path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\mpps_completed.dcm"
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.dicom_completed
Catalog.commit()
return
def get_output_data(identifier, file_path_cluster):
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
shutil.copy(file_path_cluster, final_image_controller)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.send_final_data
Catalog.commit()
print("The results have been sent")
return
def send_input_data(identifier, path):
cluster_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster"
file_cluster_path = shutil.copy(path, cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.reco_data_ready
Catalog.commit()
print("Downloading input data for reconstruction")
return file_cluster_path
def build_final_image(identifier, path2):
cluster_path = 'C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster\\'
final_file_cluster_path = os.path.join(cluster_path,
str(identifier) + "_final")
os.rename(path2, final_file_cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.build_final_image
Catalog.commit()
print("Final image construction in progress")
return final_file_cluster_path
def save_final_data(identifier, file_path_cluster):
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
final_file = shutil.copy(file_path_cluster, final_image_controller)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.final_image = final_file
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.procedure_completed
Catalog.commit()
print("Final data are saved")
return
def send_scan_results(identifier):
scanner_pet_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\scanner\\"
controller_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
file_scanner_path = os.path.join(scanner_pet_path, str(identifier))
file_controller_path = shutil.copy(file_scanner_path, controller_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.raw_data_file = file_controller_path
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.send_raw_data
Catalog.commit()
print("The results were sent to the controller")
return file_controller_path
def run():
#Zapytanie przez UI personel medyczny w formie imienia i nazwiska pacjenta
name, surname = UI.query()
#Na UI zwracana jest lista badan pacjentow o podanym imieniu i nazwisku
list_of_examinations = controller.find_study(name, surname)
#Personel medyczny wybiera, dla ktorego pacjenta przygotowywany bedzie protokol
number = UI.do_study(list_of_examinations)
#Pętla po elementach w scheduled procedure step sequence
i = 0
for step in list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence:
if step.ScheduledStationAETitle == 'FILMDIGITIZE':
break
i = +1
if i > len(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence):
print("AE title not found")
# Tworzenie obiektu badanie, ktory bedzie dodany do bazy danych:
examination_id = Catalog.newstudy(
patient_name=str(list_of_examinations[number].PatientName),
patient_id=list_of_examinations[number].PatientID,
patients_sex=list_of_examinations[number].PatientSex,
start_date=datetime.datetime.strptime(
list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].
ScheduledProcedureStepStartDate, '%Y%m%d'),
end_date=datetime.datetime.strptime(
list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].
ScheduledProcedureStepEndDate, '%Y%m%d'),
aetitle=list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].
ScheduledStationAETitle,
accession_number=list_of_examinations[number].AccessionNumber,
requested_procedure_id=list_of_examinations[number].
RequestedProcedureID,
final_image=None,
raw_data_file=None,
path_mpps=None)
#Pętla przetwarza badanie, aż nie zakończy się poprawnie lub zgłosi błąd. Dla każdego stanu wykorzystywana jest odpowiednia funkcja, która taki stan obsługuje.
loop = True
while (loop):
examination = Catalog.get(examination_id)
if examination.status == Status.new:
#Przesłanie n-create oraz zmiana statusu na inprogress
controller.mpps_inprogress(examination_id)
elif examination.status == Status.dicom_inprogress:
#Wykonywany jest skan pacjenta
scanner.scan(examination_id)
elif examination.status == Status.scanning:
#Sprawdzany jest status skanowania
scanner.scan_status(examination_id)
elif examination.status == Status.finished_scanning:
#Wysyłanie surowych danych ze skanera do kontrolera modalnosci
path_controller = scanner.send_scan_results(examination_id)
elif examination.status == Status.send_raw_data:
#Następuje anonimizacja danych
cluster.anonymisation(examination_id)
elif examination.status == Status.finished_anonymisation:
#Przez API rejestrowane są nowe zadania obliczeniowe. Klaster ma za zadanie zweryfikować nas, że podaje nam identyfikator zadania i czeka na wrzucenie danych
cluster.register(examination_id)
elif examination.status == Status.reco_registered:
#Przesylane sa dane wejsciowe z kontrolera modalnosci na klaster obliczeniowy
path_file_cluster = cluster.send_input_data(
examination_id, path_controller)
elif examination.status == Status.reco_data_ready:
#Rekonstrukcja obrazu oczekuje w systemie kolejkowym na klastrze obliczeniowym na przydzielenie zasobow obliczeniowych
cluster.start_reconstruction(examination_id)
elif examination.status == Status.reco_queued or examination.status == Status.reco_running:
# Po ukonczeniu rekonstrukcji nastepuje aktualizacja statusu w bazie danych
cluster.status(examination_id)
elif examination.status == Status.reco_finished:
#Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci
cluster.get_output_data(examination_id, path_file_cluster)
elif examination.status == Status.send_final_data:
# Budowanie koncowego obrazu na klastrze obliczeniowym
final_file_cluster = controller.build_final_image(
examination_id, path_file_cluster)
elif examination.status == Status.build_final_image:
#Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci
controller.save_final_data(examination_id, final_file_cluster)
elif examination.status == Status.procedure_completed:
#Wysłanie n-create ze statusem completed, co w rzeczywistosci oznacza ukonczenie badania
controller.mpps_completed(examination_id)
elif examination.status == Status.dicom_completed:
#Zakończenie pętli
loop = False
elif examination.status == Status.failed:
# Wysłanie n-create ze statusem discontinued, co oznacza, że badanie zostało anulowane
controller.mpps_discontinued(examination_id)
#Zakończenie pętli
loop = False
return
def anonymisation(identifier):
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.finished_anonymisation
Catalog.commit()
return
def status(identifier):
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status = Status.reco_finished
Catalog.commit()
return