Python replace_degenerate_residues示例

示例#1

 def test_replace_degenerate_residues(self):
     seqs = ['ACGTRYKMSWN']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(
         re.match('ACGT[GA][TC][GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)

示例#2

 def test_replace_degenerate_residues_multi(self):
     """Test ensures that spaces in the string will be preserved"""
     seqs = ['ACGTRY KMSWN']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(
         re.match('ACGT[GA][TC] [GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)

示例#3

 def test_replace_degenerate_residues_leading_trailing_whitespace(self):
     seqs = ['  \nACGTRYKMSWN \t']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(
         re.match('ACGT[GA][TC][GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)

示例#4

文件： seqtools_test.py 项目： baliga-lab/cmonkey2

 def test_replace_degenerate_residues(self):
     seqs = ['ACGTRYKMSWN']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(re.match('ACGT[GA][TC][GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)

示例#5

文件： seqtools_test.py 项目： baliga-lab/cmonkey2

 def test_replace_degenerate_residues_multi(self):
     """Test ensures that spaces in the string will be preserved"""
     seqs = ['ACGTRY KMSWN']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(re.match('ACGT[GA][TC] [GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)

示例#6

文件： seqtools_test.py 项目： baliga-lab/cmonkey2

 def test_replace_degenerate_residues_leading_trailing_whitespace(self):
     seqs = ['  \nACGTRYKMSWN \t']
     newseq = st.replace_degenerate_residues(seqs)[0]
     self.assertTrue(re.match('ACGT[GA][TC][GT][AC][GC][AT][GATC]', newseq) != None)