def test_plugin_setparam():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'setparam', '--at', '1',
'--symptomatic-r0', '0.2'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'setparam', '--at', '1',
'--asymptomatic-r0', '0.4'
])
def test_plugin_insert():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--stop-if', 't>10', '--plugin',
'insert', '2', '--at', '1'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--stop-if', 't>10', '--plugin',
'insert', '2', '--interval', '1'
])
def test_plugin_sample():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'sample', '--interval',
'1', '--proportion', '0.8'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'sample', '--interval',
'1', '--size', '20'
])
def test_plugin_remove():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--stop-if', 't>10', '--plugin',
'remove', '2', '--at', '1'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=100',
'--stop-if', 't>10', '--plugin', 'remove', 'A=2', '--interval', '1'
])
def test_plugin_remove(clear_log):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--stop-if', 't>10', '--plugin',
'remove', '--count', '2', '--at', '1', '--target', 'all'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=100',
'--stop-if', 't>10', '--plugin', 'remove', '--count', 'A=2',
'--interval', '1', '--target', 'all'
])
def test_plugin_community_infection():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '10', '--stop-if', 't>4', '--plugin',
'community_infection', '--probability', '0.0001', '--interval', '1'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '10', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--stop-if', 't>4', '--plugin', 'community_infection', '--probability',
'1', 'A=0.0001', '--interval', '1'
])
def test_main_incubation_period():
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"100",
"--incubation-period",
"lognormal",
"1",
"0.2",
])
main([
"--jobs", "1", "--repeats", "100", "--incubation-period", "normal",
"1", "2"
])
def test_main_susceptibility():
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"10",
"--popsize",
"A=100",
"B=200",
"--susceptibility",
"A=0.08",
"B=1",
"--infectors",
"B_1",
"B_2",
])
def test_asymptomatic_transmissibility_model(clear_log):
with pytest.raises(Exception):
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"100",
"--asymptomatic-transmissibility-model",
"unknown",
])
with pytest.raises(Exception):
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"100",
"--asymptomatic-transmissibility-model",
"piecewise",
"0.1",
])
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"100",
"--asymptomatic-transmissibility-model",
"piecewise",
"0.1",
"0.3",
"3",
"0.5",
"1.147",
])
def test_plugin_testing():
main(['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing'])
main(['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '1', '2'])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--infector', 'A_2', 'A_7', '--plugin', 'testing', 'A_2', 'A_7',
'--handle-positive', 'quarantine_7'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '1', '2',
'--turnaround-time', '2'
])
def test_plugin_vaccinate(clear_log):
main(['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'vaccinate'])
main(
['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'vaccinate', '1', '2'])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--infector', 'A_2', 'A_7', '--plugin', 'vaccinate', 'A_2', 'A_7',
'--infectivity', '0.5'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'vaccinate', '1', '2',
'--immunity', '0.7'
])
def test_plugin_testing(clear_log):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '--target',
'all'
])
main(['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '1', '2'])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--infector', 'A_2', 'A_7', '--handle-symptomatic', 'keep', '--plugin',
'testing', 'A_2', 'A_7', '--at', '3', '--handle-positive',
'quarantine@duration=14'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '1', '2',
'--turnaround-time', '2'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing', '1', '2',
'--turnaround-time', '2', '--target', 'infected'
])
def test_plugin_init():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'init', '--at', '0',
'--incidence-rate', '0.01'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--plugin', 'init', '--at', '0', '--incidence-rate', '1', 'A=0.01',
'B=0.02', '--leadtime', 'any'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--plugin', 'init', '--at', '0', '--incidence-rate', '1', 'A=0.01',
'B=0.02', '--seroprevalence', '1', 'A=0.02', 'B=0.04', '--leadtime',
'asymptomatic'
])
def test_plugin_sample_error():
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'sample',
'--interval', '1'
])
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'sample',
'--interval', '1', '--proportion', 'a'
])
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'sample',
'--interval', '1', '--size', '20', '--proportion', '0.5'
])
def test_plugin_quarantine_error(clear_log):
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine', '1',
'2a', '--duration', '7'
])
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine', '1',
'2', '--proportion', '0.5'
])
with pytest.raises((Exception, SystemExit)):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine',
'--proportion', '0.5', '--target', 'somethingelse'
])
def test_main_asymptomatic():
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--asymptomatic-r0", "0.5"])
main(
["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--asymptomatic-r0", "0.5", "1.5"])
main([
"--jobs",
"1",
"--repeats",
"100",
"--popsize",
"A=100",
"B=50",
"--asymptomatic-r0",
"0.5",
"1.5",
"A=1.2",
"--infector",
"A_0",
])
def test_plugin_no_module():
with pytest.raises(Exception):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--infectors', '1', '--plugin',
'sample.non-exist'
])
def test_plugin_insert_hetero_pop():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--stop-if', 't>10', '--popsize',
'A=100', 'B=100', '--stop-if', 't>10', '--plugin', 'insert', 'A=2',
'--interval', '1'
])
def test_main_stop_if():
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--stop-if", "t>1"])
def test_main_stop_if_error():
with pytest.raises(Exception):
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--stop-if", "st>1"])
def test_plugin_testing_error(clear_log):
with pytest.raises(Exception):
main(['--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'testing'])
def test_plugin_trigger():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--infectors', '1', '--plugin',
'stat', '--trigger-by', 'INFECTION'
])
def test_main_symptomatic():
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--symptomatic-r0", "1.0"])
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--symptomatic-r0", "1.0", "2.0"])
def test_plugin_quarantine(clear_log):
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine',
'--duration', '7'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine', '1', '2',
'--duration', '7'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--popsize', 'A=100', 'B=200',
'--infector', 'A_2', 'A_7', '--plugin', 'quarantine', 'A_2', 'A_7',
'--duration', '7'
])
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine',
'--duration', '7', '--proportion', '0.8'
])
main([
'--jobs', '1', '--popsize', 'A=100', 'B=200', '--repeats', '100',
'--plugin', 'quarantine', '--duration', '7', '--proportion', 'A=1',
'B=0', '--target', 'all'
])
main([
'--jobs', '1', '--popsize', 'A=100', 'B=200', '--infector', 'A_10',
'--repeats', '100', '--plugin', 'quarantine', '--duration', '7',
'--proportion', 'A=1', 'B=0', '--target', 'infected'
])
def test_plugin_stat_with_groups():
main([
'--jobs', '1', '--popsize', 'A=200', 'B=100', '--repeats', '100',
'--infectors', 'A_0', '--plugin', 'stat', '--interval', '1'
])
def test_plugin_stat():
main([
'--jobs', '1', '--repeats', '100', '--plugin', 'stat', '--interval',
'1'
])
def test_main_default():
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100"])
main(["--jobs", "1", "--repeats", "100", "--logfile", "test.out"])
assert os.path.isfile("test.out")
main(["--logfile", "test.out"])
