def __init__(self, parent = None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(950,600)
nome = pegaConfig("nomeExperimento").strip()
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.label_estruturaInicial.setText(pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
self.listaExperimentos = []
now = str(datetime.now())
now = now.replace(" ", "")
now = now.replace("-", "")
now = now.replace(":", "")
#d = "_"+now[0:14]
self.atualizaNomes()
self.atualizaNomesDeletar()
#self.lineEdit_experimento.setText(nome+d)
self.lineEdit_experimento.setText(nome)
self.recuperaInfos()
self.label_relogio.hide()
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
if pegaConfigTaba('atalho').strip() == 'yes':
self.checkBox_atalho.setChecked(True)
else:
self.checkBox_atalho.setChecked(False)
if not ('LINUX' in get_platform().upper()): # ve se nao e linux e esconde botal de criacao de atalho
self.checkBox_atalho.hide()
else:
if self.checkBox_atalho.isChecked():
self.criaAtalho()
def recuperarExperimentos(self):
self.escondeBotoes()
reply = QtGui.QMessageBox.question(self, 'Message',"Attention: It is important to save the current experiment before!!!"+"\n"+"\n"+"Do you really want to recover this experiment?", QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
QtGui.QApplication.processEvents() # para não travar usar antes de loops
self.label_relogio.show()
self.movie.start()
QtGui.QApplication.processEvents() # para não travar
self.nomeConjunto = self.comboBox_arquivos.currentText()
# copia pastas para o novo conjunto
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/outputFiles/"
destino = "./outputFiles/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/pdbs/"
destino = "./pdbs/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/ki/"
destino = "./ki/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/inputFiles/"
destino = "./inputFiles/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/models/"
destino = "./models/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto+"/results/"
destino = "./results/"
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
# as funcoes abaixo demv ficar nesta ordem
completaPastas() # cria pastas que nao existam
completaArquivoConfig() # novas versões podem conter novas tags
self.recuperaInfos()
now = str(datetime.now())
now = now.replace(" ", "")
now = now.replace("-", "")
now = now.replace(":", "")
#d = "_"+now[0:14]
self.lineEdit_experimento.setText(pegaConfig("nomeExperimento").strip())
self.label_comentarios.setText(pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
self.label_estruturaInicial.setText(pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "Operation completed")
self.label_relogio.hide()
self.movie.stop
self.mostraBotoes()
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
else:
self.mostraBotoes()
pass
def limpaArquivoProteinas(self):
diret1 = "./outputFiles/"
diret2 = "./inputFiles/"
proteinas = leCsv(diret2+"pdbsProteina.txt")
outliers = leCsv(diret1+"outliers.txt")
listProt = []
listOutliers = []
listNovoProt = []
tamInicial = (len(proteinas))
#gravaConfig("quantidadeInicialProteinas", str(tamInicial).strip())
for x in proteinas:
listProt.append(x.strip())
for x in outliers:
listOutliers.append(x.strip())
for x in listProt:
if not(x in listOutliers):
listNovoProt.append(x+",".strip())
tam = len(listNovoProt)
if tamInicial-tam < 1:
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "There are no outliers"+"\n"+"\n"+"Try to reducing the percentual value in the slider.")
pass
elif tam <20:
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "After this operation, the number of structures will be very small (only "+str(tam)+" structures)."+"\n"+"Is not possible exclude outliers!"+"\n"+"\n"+"Try increasing the percentage on the slider,")
pass
else:
listNovoProt[tam-1] = listNovoProt[tam-1].replace(",","") # retira ultima virgula
distancia = pegaConfig("distanciaAtual").strip()
txtOut = str(outliers).replace("'", "")
txtOut = txtOut.replace("[", "")
txtOut = txtOut.replace("]", "")
txtOut = txtOut.lower()
tracos = "-"*90
tamOut = tamInicial-tam
texto = "This "+str(tamOut)+" structures will be excluded:"+"\n" +tracos+"\n" + txtOut
texto = texto+"\n"+tracos
texto = texto+"\n" +"\n"+"These outliers are considering only experiments with distances < "+distancia+u'\u212b'
texto = texto +"\n"+"\n" + "Do you want to proceed?"
reply = QtGui.QMessageBox.question(self, "List of Outliers",texto,QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
self.toolButton_iniciar.setEnabled(False)
self.horizontalSlider_percent.setEnabled(False)
limpaArquivosOutlier()
limpaPastasSaidaOutlier()
grava(listNovoProt, diret2+"pdbsProteina.txt")
gravaConfig("outlier", "yes")
gravaConfig ("quantidadeProteinas",str(tam) )
self.label_inicial.setText(pegaConfig('quantidadeInicialProteinas').strip())
self.label_final.setText(pegaConfig('quantidadeProteinas').strip())
QtGui.QMessageBox.information(self, "Important !!!", "Operation completed"+"\n"+"\n"+'You must redo "Make File" and "Regression" again!')
else:
pass
def recuperaInfos(self):
completaArquivoConfig()
descricao = pegaConfig("descricaoDataset").strip()
afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
afinidade = converteStringDeltaG(afinidade)
data = pegaConfig("data").strip()
experimento = pegaConfig("nomeExperimento").strip()
self.label_descricao.setText(descricao)
self.label_afinidade.setText(afinidade)
self.label_toExperiment.setText(experimento)
self.label_experimento.setText(experimento)
self.label_experimento.setText(experimento)
self.label_data.setText(data)
excluiLigantes = pegaConfig("excluiLigantes").strip()
if excluiLigantes != "yes":
self.label_deleteLigand.setText("no")
else:
self.label_deleteLigand.setText("yes")
if not(pegaConfig("spearman") is None):
self.label_comentarios.setText(pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
else:
self.label_comentarios.setText("null")
self.label_spearman.setText("null")
self.label_quantia.setText("null")
def __init__(self, parent=None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(900, 500)
self.radioButton_45.setChecked(True)
self.label_cabecalho.setText("")
self.label_textoProgresso.setText("")
nome = pegaConfig("descricaoDataset").strip()
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas").strip()
afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
afinidade = converteStringDeltaG(afinidade)
self.label_distanciaUsada.setText("Cut Distances Already Used (" +
chr(197) + ")")
self.groupBox.setTitle("Cut Distance (" + chr(197) + ")")
self.label_system.setText(nome)
self.label_afinidade.setText(afinidade)
self.label_quantia.setText(quantia)
self.label_relogio.hide()
self.label_distanciasUsadas.setText(self.get_distanciasUsadas())
if pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'individual':
self.label_tipoMedia.setText("Both sets")
elif pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'training':
self.label_tipoMedia.setText("Training set")
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
self.setWindowTitle(self.windowTitle() + " to Experiment: " +
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
def geraArquivoComTermoDeEnergia(self, arquivosParaLer, distancia, tipo):
if tipo == "Tre":
tipoCheio = "Training"
elif tipo == "Tes":
tipoCheio = "Test"
self.label_textoProgresso.setText('')
self.label_cabecalho.setText("Generating average distance for " +
tipoCheio + ". Please wait!")
if tipo == 'Tre':
self.progressBar.setValue(0)
mediaDistanciaTodosPdb(
arquivosParaLer, distancia, "TRE",
self.progressBar) # gera arquivo com medias do conjunto treino
elif (tipo == 'Tes') and (
self.tipoMedia == "ALL"
): # se for somente media treino nao entra aqui e nao calcula media teste
self.progressBar.setValue(0)
mediaDistanciaTodosPdb(arquivosParaLer, distancia, "TES",
self.progressBar)
now = datetime.now()
progresso = 0
self.label_cabecalho.setText("Generating " + tipoCheio + " Files")
QtGui.QApplication.processEvents(
) # para não travar usar antes de loops
if pegaConfig("tipoMedia").strip() == "training":
self.tipoMedia = 'TRE'
else:
self.tipoMedia = 'ALL'
inter_mol_term(distancia, tipo, self.tipoMedia)
def baixaPdb(self):
conj = (self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText())
conj = conj.replace(',', ', ')
conj = conj.replace(' ', ' ')
list = (conj.split())
if (len(list)) < 20:
reply = QtGui.QMessageBox.warning(
self, 'Alert',
"The amount of structures is insufficient (<20) for performing experiments."
+ "\n" + "The download will not be performed.",
QtGui.QMessageBox.Ok)
pass
else:
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Download Structures',
"This operation may take several minutes. Do you want to proceed?",
QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No,
QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
quantIni = self.label_quantia.text()
if pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip() == "null":
gravaConfig("quantidadeInicialProteinas", quantIni)
self.label_estruturaInicial.setText(quantIni)
else:
pass
self.label_relogio.show()
self.movie.start()
self.baixaPdbOk(self)
else:
pass
completaArquivoConfig()
def __init__(self, parent = None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.setFixedSize(600,350)
self.window7 = None
self.horizontalSlider_percent.setValue(40)
listCol = get_listaColunasDistancia("./outputFiles/")
self.label_inicial.setText(pegaConfig('quantidadeProteinas').strip())
self.label_final.setText('')
def edita(self):
if (pegaConfig("descricaoDataset").strip()
== 'novaVersao') and (pegaConfig("comentarios").strip()
== 'novaVersao'):
QtGui.QMessageBox.information(
self, "Message", "This is a new Taba installation." + "\n" +
"To edit, you must first create a new experiment or retrieve an existing experiment from Manage Experiments"
)
pass
else:
self.habilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(True)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(True)
self.toolButton_baixa.setEnabled(False)
self.toolButton_cancela.setEnabled(True)
self.toolButton_edita.setEnabled(False)
self.toolButton_refina.setEnabled(True)
self.toolButton_novo.setEnabled(False)
self.toolButton_exit.setEnabled(False)
def __init__(self, parent=None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(900, 645)
completaArquivoConfig()
self.label_cabecalho.setText("")
self.label_textoProgresso.setText("")
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas").strip()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
if quantia != None:
self.label_quantia.setText(quantia.strip())
self.desabilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.toolButton_refina.setEnabled(False)
self.groupBox.setEnabled(False)
self.groupBox_2.setEnabled(False)
self.groupBox_3.setEnabled(False)
self.label_relogio.hide()
self.label_experimentName.setText(
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
if self.label_experimentName.text() == "":
self.label_experimentName.setText(
"*** Experiment not saved yet ***")
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
self.radioButton_deltaG.setText(converteStringDeltaG('deltaG'))
if pegaConfig("geraSets").strip() == "y":
self.radioButton_trainingTest.setChecked(True)
else:
self.radioButton_unico.setChecked(True)
self.carrega()
if not (self.radioButton_trainingTest.isChecked()
): # o usuário nao separou os arquivos
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB(
) # carrega uma caixa pois os arquvivos teste e treino serão separados depois
def marcaTipoMedia(self):
self.med = pegaConfig("tipoMedia").strip()
if self.med == None:
self.med = "training"
self.med = self.med.replace(" ", "")
self.med = self.med.replace("\n", "")
if self.med == "training":
self.radioButton_training.setChecked(True)
if self.med == "individual":
self.radioButton_individual.setChecked(True)
def habilitaDuasCaixasPDB(self):
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.show()
self.label_editPdbTest.show()
self.label_editPdb.setText("PDBs to Download (Training set)")
if pegaConfig("geraSets").strip() == "y":
self.radioButton_trainingTest.setChecked(True)
self.radioButton_unico.setChecked(False)
else:
self.radioButton_unico.setChecked(True)
self.radioButton_trainingTest.setChecked(False)
self.plainTextEdit_pdbs.setGeometry(QtCore.QRect(10, 82, 475, 85))
def novo(self):
self.escondeBotoes()
self.groupBox_PdbEntrada.setDisabled(False)
self.checkBox_eliminateLigand.setChecked(True)
mensagem = "The current experiment will be cleaned. It's important to save it before." + "\n"
if (pegaConfig("descricaoDataset")).strip() == 'null':
mensagem = ''
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Creates a new experiment',
mensagem + "Do you want to proceed?",
QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
self.textoInicalPdb = ''
self.textoInicalPdbTestSet = ''
self.textoInicialComentarios = 'null'
self.textoInicialConfig = 'null'
limpaPastas()
completaArquivoConfig()
self.limpaTexto()
self.label_experimentName.clear()
self.label_quantia.setText('')
self.label_outliers.setText('no')
self.label_estruturaInicial.setText('')
self.habilitaCampos()
self.toolButton_novo.setEnabled(False)
self.toolButton_edita.setEnabled(False)
self.toolButton_exit.setEnabled(False)
self.toolButton_saveText.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(True)
self.groupBox.setEnabled(True)
self.groupBox_2.setEnabled(True)
self.groupBox_3.setEnabled(True)
self.radioButton_training.setChecked(True)
self.radioButton_Ki.setChecked(True)
self.plainTextEdit_descricao.setPlainText('null')
self.plainTextEdit_pdbs.insertPlainText('')
gravaConfig("quantidadeInicialProteinas", 'null')
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.label_experimentName.setText(
"*** Experiment not saved yet ***")
else:
self.toolButton_novo.setEnabled(True)
self.toolButton_edita.setEnabled(True)
self.toolButton_exit.setEnabled(True)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.groupBox.setEnabled(False)
self.groupBox_2.setEnabled(False)
self.groupBox_3.setEnabled(False)
self.radioButton_training.setChecked(False)
self.radioButton_Ki.setChecked(False)
pass
def chamaRotinasPreparacao(self, diretorio):
seed = int(self.comboBox_seed.currentText())
if not (pegaConfig("geraSets").strip() == "y"):
geraArquivoTesteTreino(diretorio, "pdbsProteina.txt", seed)
geraArquivoProteinaFinal(
diretorio, "pdbsProteinaTreino.txt", "Tre"
) # gera arquivo so com proteinas que tem arquivo de ki correspondente
separaLiganteProteina(
diretorio, "pdbsProteinaTreino.txt", "Tre",
"") # separa PDB em 2 arquivos: proteina(Atom), ligante(Hetatm)
geraArquivoProteinaFinal(
diretorio, "pdbsProteinaTeste.txt", "Tes"
) # gera arquivo so com proteinas que tem arquivo de ki correspondente
separaLiganteProteina(diretorio, "pdbsProteinaTeste.txt", "Tes", "")
def marcaAfinidade(self):
inib = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
inib = inib.replace(" ", "")
inib = inib.replace("\n", "")
if inib == "Kd":
self.radioButton_Kd.setChecked(True)
if inib == "Ki":
self.radioButton_Ki.setChecked(True)
if inib == "IC50":
self.radioButton_IC50.setChecked(True)
if inib == "EC50":
self.radioButton_EC50.setChecked(True)
if inib == "deltaG":
self.radioButton_deltaG.setChecked(True)
def carrega(self):
completaArquivoConfig()
self.plainTextEdit_descricao.setPlainText(
pegaConfig("descricaoDataset").strip())
self.plainTextEdit_Comentarios.setPlainText(
pegaConfig("comentarios").replace("<vg>", ","))
self.marcaAfinidade()
self.marcaTipoMedia()
self.marcaExluiLigantesRepetidos()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
if self.existePdbSeparado():
self.habilitaDuasCaixasPDB()
self.carregaDuasCaixasPDB()
else:
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB()
self.textoInicalPdb = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
self.textoInicalPdbTestSet = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText(
)
self.textoInicialConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoInicialComentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText(
)
def __init__(self, parent=None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(900, 600)
self.list1 = get_listaDistancias("./outputFiles/")
self.modeloEscolhido = ""
nome = pegaConfig("descricaoDataset")
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas")
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
self.afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
self.label_system.setText(nome)
self.label_afinidade.setText(converteStringDeltaG(self.afinidade))
self.label_quantia.setText(quantia)
self.checkBox_aceitaNomeLongo.setChecked(False)
self.carregaModelos()
self.lineEdit_estrutura.setFocus()
if pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'individual':
self.label_tipoMedia.setText("Both sets")
elif pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'training':
self.label_tipoMedia.setText("Training set")
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.label_logTeorico.clear()
self.label_relogio.hide()
self.inibidor = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
if self.inibidor == "": # erro ao achar um inibidor
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Message',
"This PDB file was not downloaded yet. Please, do this first using 'Download' button in the main window.",
QtGui.QMessageBox.Ok, QtGui.QMessageBox.Ok)
if reply == QtGui.QMessageBox.Ok:
self.sair()
self.setWindowTitle(self.windowTitle() + " to Experiment: " +
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
self.movie.stop()
def pegaElementosMelhorEquacao(self):
eq = pegaConfig("melhorEquacao")
eq = eq.replace("-", ",-")
eq = eq.replace("+", ",+")
eq = eq.replace("\n", "")
eq = eq.replace(",", "", 1) #retira a primeira virgula
lista = eq.split(',')
alfa = []
alfa.append(lista[0])
atom = []
for i in lista[1:]:
e = i.split('*')
alfa.append(e[0])
at = e[1]
at = at.replace("(", "")
at = at.replace(")", "")
atom.append(at)
return alfa, atom
def salva(self):
pastaParaSalvar = "TABA/setsExperiments/"+self.nomeConjunto
reply = QtGui.QMessageBox.question(self, 'Message',"All files from this experiment will be saved in: "+pastaParaSalvar+"\n"+"\n"+"Do you really want to save this experiment?", QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No, QtGui.QMessageBox.No)
if reply == QtGui.QMessageBox.Yes:
nomePasta = "./setsExperiments/"+self.nomeConjunto
gravaConfig("nomeExperimento", self.nomeConjunto)
manip.criaPasta(nomePasta)
# copia pastas para o novo conjunto
origem = "./outputFiles/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./pdbs/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./ki/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./inputFiles/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./models/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
origem = "./results/"
destino = nomePasta+origem.replace(".", "")
removePasta(destino)
manip.copiaPasta(origem, destino)
self.atualizaNomes()
self.atualizaNomesDeletar()
experimento = pegaConfig("nomeExperimento").strip()
self.label_experimento.setText(experimento)
QtGui.QMessageBox.information(self, "Message", "Operation completed")
data = datetime.now()
data = str(data.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S"))
gravaConfig("data", data)
self.recuperaInfos()
else:
pass
def fazCorrelacao(self, listaArq):
self.escondeBotoes()
if self.fineTuning:
self.testaEquacao()
self.calculaCorelacaoTeste()
self.calculaCorelacaoTreino()
elif fazCorrelacao.melhorEquacao(
self,
listaArq) == True: # prestar atencao como chamear o mettodo
self.testaEquacao()
self.calculaCorelacaoTeste()
self.calculaCorelacaoTreino()
else:
pass
self.mostraBotoes()
if not (pegaConfig("outlier").strip() == "yes"):
self.toolButton_outlier.setEnabled(True)
else:
self.toolButton_outlier.setEnabled(False)
self.pushButton_adiciona.setEnabled(True)
def calculaKi(arquivo):
liganteAtivo, kiBDB, kiPDBbind, kiBMOAD = separaKi(arquivo)
liganteAtivo = "[" + liganteAtivo + "]" #para identificar ligantes numericos
mediaKiBDB = calculaMedia(kiBDB)
mediaKiPDBbind = calculaMedia(kiPDBbind)
mediaKiBMOAD = calculaMedia(kiBMOAD)
mediaKiTodos = 0
items = []
if mediaKiBDB != 0:
items.append(mediaKiBDB)
if mediaKiPDBbind != 0:
items.append(mediaKiPDBbind)
if mediaKiBMOAD != 0:
items.append(mediaKiBMOAD)
if len(items) > 0:
mediaKiTodos = np.average(items)
if pegaConfig("tipoAfinidade").strip(
) == "deltaG": ## se for deltaG nao calcula o log
return liganteAtivo, mediaKiBDB, mediaKiPDBbind, mediaKiBMOAD, mediaKiTodos
else:
return liganteAtivo, calculaLog(mediaKiBDB), calculaLog(
mediaKiPDBbind), calculaLog(mediaKiBMOAD), calculaLog(mediaKiTodos)
def fazExperimento(self):
logText = "The theoretical log " + self.inibidor + " for:"
self.label_log.setText(logText)
diretorio = "./inputFiles/" # define diretorio para salvar o download
self.ligante = self.lineEdit_Ligante.text().upper().strip()
self.chamaRotinasPreparacao(
diretorio, self.ligante
) # chama runcoes para preparar arquivos para processamento
arquivosParaLerUsu = leCsv(
diretorio + "pdbsProteinaUsu.txt"
) # le arquivo com os pdbs a serem processados como proteinas. Este arquvivo so contem pdbs que tem arquivo de KI correspondente
arqModelo = self.modeloEscolhido
if temLigante("./pdbs/", arquivosParaLerUsu) == False:
reply = QtGui.QMessageBox.question(
self, 'Message',
"The estructure to experiment don't have the ligand " +
self.ligante, QtGui.QMessageBox.Ok, QtGui.QMessageBox.Ok)
pass
else:
# entra o valor da distância
distancia = float(pegaModelo(arqModelo, "distancia").strip())
tipoMedia = pegaConfig("tipoMedia")
mediaDistanciaPorPdb(
arquivosParaLerUsu, distancia, "USU",
self.progressBar) # gera arquivo com medias do conjunto treino
diretorio, arquivo = geraArquivoComTermoDeEnergiaExperimento(
arquivosParaLerUsu, distancia, "Usu", tipoMedia,
self.ligante) #gera arquivo de treino
if diretorio == "nok": # significa que nao existe o ligante
return False
formula = pegaModelo(arqModelo, "equacao")
pdbNome, logKi, ki = geraExperimento("", arquivo, formula)
logKiS = ("%.3f" % logKi)
# vamos pegar só um valor calculado de ki pois a funcçao e utilizada tambem para conjunto teste
logText = "The theoretical log " + self.inibidor + " for:"
self.label_log.setText(logText.replace("\n", "") + "\n" + pdbNome)
self.label_logTeorico.setText(str(logKiS))
return True
def cancela(self):
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.desabilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.toolButton_refina.setEnabled(False)
self.toolButton_edita.setEnabled(True)
self.groupBox.setEnabled(False)
self.groupBox_2.setEnabled(False)
self.groupBox_3.setEnabled(False)
self.toolButton_novo.setEnabled(True)
self.toolButton_exit.setEnabled(True)
self.plainTextEdit_pdbs.setPlainText(self.textoInicalPdb)
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.setPlainText(self.textoInicalPdbTestSet)
self.plainTextEdit_Comentarios.setPlainText(
self.textoInicialComentarios)
self.plainTextEdit_descricao.setPlainText(self.textoInicialConfig)
self.label_experimentName.setText(
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
if self.label_experimentName.text() == "":
self.label_experimentName.setText("null")
def __init__(self, parent=None):
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.window1 = None
self.setFixedSize(900, 600)
self.comboBox_dataBase.clear()
self.comboBox_distance.clear()
self.label_tempoInicio.clear()
self.label_tempoTranscrorrido.clear()
self.label_arquivoEmProcesso.clear()
self.label_tempoEstimado.clear()
self.label_seed.clear()
self.label_distancia.setText("Cut Distance (" + chr(197) + ")")
if pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'individual':
self.label_tipoMedia.setText("Both sets")
elif pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'training':
self.label_tipoMedia.setText("Training set")
self.escondeLabels()
self.checkBox_rl.setChecked(True)
list1 = get_arquivosTreino("./outputFiles/")
self.listDist = []
listDb = []
nome = pegaConfig("descricaoDataset").strip()
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas").strip()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
afinidade = converteStringDeltaG(afinidade)
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
self.label_system.setText(nome)
self.label_afinidade.setText(afinidade)
self.label_quantia.setText(quantia)
for text in list1:
numero = str(extraiNumeros(text) / 10)
textDist = numero.replace("0.0", ".0")
text = text.replace("./outputFiles/", "")
text2 = text.replace("_TE_Tre.csv", "")
text2 = text2.replace("saida", "")
textDB = text2.replace(textDist, "")
textDB = textDB.replace("Todos", "All") # para ficar em inglês
if textDB not in listDb:
self.comboBox_dataBase.addItem(
textDB) # pega dbmoad,pdbbind, tex
listDb.append(textDB)
if textDist not in self.listDist:
self.listDist.append(textDist)
self.listDist.sort(key=float)
for item in self.listDist:
self.comboBox_distance.addItem(item) # pega ditanica
self.comboBox_distance.setCurrentIndex(0)
self.comboBox_dataBase.model().sort(0)
self.comboBox_dataBase.setCurrentIndex(0)
#self.preencheColunas()
get_listaColunasDistancia("./outputFiles/")
self.setWindowTitle(self.windowTitle() + " to Experiment: " +
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
self.movie = QtGui.QMovie("./img/gifTempo.gif")
self.label_relogio.setMovie(self.movie)
self.label_relogio.hide()
self.movie.stop()
def marcaExluiLigantesRepetidos(self):
excluiLigantes = pegaConfig("excluiLigantes").strip()
if excluiLigantes == "yes":
self.checkBox_eliminateLigand.setChecked(True)
else:
self.checkBox_eliminateLigand.setChecked(False)
def salvaOk(self):
diretorio = "./inputFiles/"
arquivo = "pdbsProteina.txt"
arquivoSai = diretorio + arquivo
self.textoConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoConfig = self.textoConfig.strip()
textoPdbTraining = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
textoPdbTraining = textoPdbTraining.replace(" ", "")
textoPdbTraining = textoPdbTraining.replace(
",,", ",") # caso tenha esquecido alguma virgula
textoPdbTraining = textoPdbTraining.upper()
textoPdbTraining = textoPdbTraining.strip()
self.plainTextEdit_pdbs.setPlainText(textoPdbTraining)
if textoPdbTraining.endswith(','): # retira virgula se apos o texto
textoPdbTraining = textoPdbTraining[:-1]
self.plainTextEdit_pdbs.setPlainText(textoPdbTraining)
textoPdbTest = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText()
textoPdbTest = textoPdbTest.replace(" ", "")
textoPdbTest = textoPdbTest.replace(",,", ",")
textoPdbTest = textoPdbTest.upper()
textoPdbTest = textoPdbTest.strip()
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.setPlainText(textoPdbTest)
if textoPdbTest.endswith(','): # retira virgula se apos o texto
textoPdbTest = textoPdbTest[:-1]
self.plainTextEdit_pdbsTestSet.setPlainText(textoPdbTest)
if len(textoPdbTest) > 0: # se conjunto teste existe coloca virgula
vg = ","
else:
vg = ""
if self.radioButton_trainingTest.isChecked():
textoPdb = textoPdbTraining + vg + textoPdbTest #une os dois conjunttos
else:
textoPdb = textoPdbTraining
grava(textoPdb, arquivoSai)
if self.radioButton_trainingTest.isChecked(
): # o usuário separou os arquivos
self.gravaTreinoSet(textoPdbTraining, textoPdbTest, diretorio)
else:
self.habilitaUmaCaixaPDB()
self.carregaUmacaixaPDB(
) # carrea uma caixa pois os arquvivos teste e treino serão separados depois
lista = leCsv(arquivoSai)
self.quantidadeProteinas = len(lista)
self.salvaConfig()
self.label_quantia.setText(pegaConfig("quantidadeProteinas").strip())
# define tipo inibidor
if self.radioButton_Kd.isChecked():
self.inibidor = "Kd"
elif self.radioButton_Ki.isChecked():
self.inibidor = "Ki"
elif self.radioButton_IC50.isChecked():
self.inibidor = "IC50"
elif self.radioButton_EC50.isChecked():
self.inibidor = "EC50"
elif self.radioButton_deltaG.isChecked():
self.inibidor = "deltaG"
gravaConfig("tipoAfinidade", self.inibidor.strip())
#define tipo media
if self.radioButton_training.isChecked():
self.media = "training"
elif self.radioButton_individual.isChecked():
self.media = "individual"
gravaConfig("tipoMedia", self.media.strip())
comentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText()
comentarios = comentarios.replace(",", "<vg>")
gravaConfig("comentarios", comentarios)
completaArquivoConfig()
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.desabilitaCampos()
self.toolButton_saveText.setEnabled(False)
self.toolButton_ClearText.setEnabled(False)
self.toolButton_baixa.setEnabled(True)
self.toolButton_cancela.setEnabled(False)
self.toolButton_edita.setEnabled(True)
self.toolButton_refina.setEnabled(False)
self.toolButton_novo.setEnabled(True)
self.toolButton_exit.setEnabled(True)
# para poder desfazer
self.textoInicalPdb = self.plainTextEdit_pdbs.toPlainText()
self.textoInicalPdbTestSet = self.plainTextEdit_pdbsTestSet.toPlainText(
)
self.textoInicialConfig = self.plainTextEdit_descricao.toPlainText()
self.textoInicialComentarios = self.plainTextEdit_Comentarios.toPlainText(
)
self.plainTextEdit_pdbs.setEnabled(False)
def __init__(self, parent=None):
diret = "./outputFiles/"
QtGui.QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.setFixedSize(1000, 670)
self.window1 = None
self.window10 = None
self.window11 = None # graficos
self.window12 = None # caixa texto
self.window0 = None
self.melhorArquivo = None
self.melhorCoeficiente = None
self.limpaCampos()
self.desabilitaSetas()
self.carregaModelos()
self.comboBox_dataBase.clear()
self.toolButton_outlier.setEnabled(False)
self.pushButton_deleta.setEnabled(True)
self.pushButton_adiciona.setEnabled(False)
self.toolButton_graficos.setEnabled(False)
self.label_nomeModelo.setText("")
self.percentualReducaoTreino = 0
self.percentualReducaoTeste = 0
self.fineTuning = False
self.tuned = False
self.label_tuned.hide()
distancia = ""
list1 = get_arquivosSf(
diret, distancia) # manda a distancia nula pois interessa todas
self.listDist = []
listDb = []
nome = pegaConfig("descricaoDataset").strip()
self.label_estruturaInicial.setText(
pegaConfig("quantidadeInicialProteinas").strip())
quantia = pegaConfig("quantidadeProteinas").strip()
if quantia != None:
quantia = quantia.strip()
afinidade = pegaConfig("tipoAfinidade").strip()
afinidade = converteStringDeltaG(afinidade)
self.label_system.setText(nome)
self.label_afinidade.setText(afinidade)
self.label_quantia.setText(quantia)
if pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'individual':
self.label_tipoMedia.setText("Both sets")
elif pegaConfig("tipoMedia").strip() == 'training':
self.label_tipoMedia.setText("Training set")
self.label_outliers.setText(pegaConfig("outlier").strip())
for text in list1: #pega variaveis arquivos
if text.find("SF_") > -1:
tam = text.find("_TE_Tre")
text = (text[:tam])
text = text.replace("./outputFiles/", "")
text = text.replace("saida", "")
text = text.replace("_saidaBMOAD", "")
text = text.replace("_saidaTodos", "")
text = text.replace("_saidaPDBbind", "")
text = text.replace("_saidaTodos", "")
text = text.replace("SF_", "")
textDist = str(extraiNumeros(text) / 10)
textDB = text.replace(textDist, "")
textDB = textDB.replace("Todos", "All") # para ficar em inglês
if textDB not in listDb:
self.comboBox_dataBase.addItem(
textDB) # pega dbmoad,pdbbind, tex
listDb.append(textDB)
self.listDist.append(textDist)
list3 = get_listaColunasDistancia("./outputFiles/")
for text in list3:
self.comboBox_distCol.addItem(text)
self.comboBox_dataBase.model().sort(0)
self.comboBox_distCol.model().sort(0)
self.comboBox_distCol.setCurrentIndex(0)
tam = self.comboBox_dataBase.count()
self.comboBox_dataBase.setCurrentIndex(0)
self.setWindowTitle(self.windowTitle() + ": " +
pegaConfig("nomeExperimento").strip())
