def test_gpurmsd(): traj = Trajectory.load_trajectory_file(trj_path) gpurmsd = GPURMSD() ptraj = gpurmsd.prepare_trajectory(traj) gpurmsd._gpurmsd.print_params() gpu_distances = gpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0) cpurmsd = RMSD() ptraj = cpurmsd.prepare_trajectory(traj) cpu_distances = cpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0) npt.assert_array_almost_equal(cpu_distances, gpu_distances, decimal=4)
def gpudist(t): gpurmsd = GPURMSD() pt = gpurmsd.prepare_trajectory(t) gpurmsd._gpurmsd.print_params() return gpurmsd.one_to_all(pt, pt, 0)