Python convert_prelim示例，micall.core.remap.convert_prelim Python示例

示例#1

0

显示文件

文件： test_remap.py 项目： cfe-lab/MiCall

    def test_two_regions(self):
        prelim_csv = StringIO("""\
qname,flag,rname,pos,mapq,cigar,rnext,pnext,tlen,seq,qual
example1,89,R1-seed,1,0,9M,=,1,0,AAACCCTTT,BBBBBBBBB
example2,89,R2-seed,1,0,9M,=,1,0,AAAACCTTT,BBBBBBBBB
example3,89,R2-seed,1,0,9M,=,1,0,AAAAACTTT,BBBBBBBBB
""")
        count_threshold = 2
        expected_sam_file = """\
@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:R1-seed	LN:9
@SQ	SN:R2-seed	LN:12
@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.2.3	CL:""
example1\t89\tR1-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAACCCTTT\tBBBBBBBBB
example2\t89\tR2-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAAACCTTT\tBBBBBBBBB
example3\t89\tR2-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAAAACTTT\tBBBBBBBBB
"""
        expected_remap_counts = """\
type,filtered_count,count
prelim R1-seed,0,1
prelim R2-seed,0,2
"""
        expected_seed_counts = {}

        seed_counts = convert_prelim(prelim_csv,
                                     self.sam_file,
                                     self.remap_counts_writer,
                                     count_threshold,
                                     self.projects)

        self.assertEqual(expected_sam_file, self.sam_file.getvalue())
        self.assertEqual(expected_remap_counts, self.remap_counts.getvalue())
        self.assertEqual(expected_seed_counts, seed_counts)

示例#2

0

显示文件

    def test_two_regions(self):
        prelim_csv = StringIO("""\
qname,flag,rname,pos,mapq,cigar,rnext,pnext,tlen,seq,qual
example1,89,R1-seed,1,0,9M,=,1,0,AAACCCTTT,BBBBBBBBB
example2,89,R2-seed,1,0,9M,=,1,0,AAAACCTTT,BBBBBBBBB
example3,89,R2-seed,1,0,9M,=,1,0,AAAAACTTT,BBBBBBBBB
""")
        count_threshold = 2
        expected_sam_file = """\
@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:R1-seed	LN:9
@SQ	SN:R2-seed	LN:12
@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.2.3	CL:""
example1\t89\tR1-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAACCCTTT\tBBBBBBBBB
example2\t89\tR2-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAAACCTTT\tBBBBBBBBB
example3\t89\tR2-seed\t1\t0\t9M\t=\t1\t0\tAAAAACTTT\tBBBBBBBBB
"""
        expected_remap_counts = """\
type,filtered_count,count
prelim R1-seed,0,1
prelim R2-seed,0,2
"""
        expected_seed_counts = {}

        seed_counts = convert_prelim(prelim_csv, self.sam_file,
                                     self.remap_counts_writer, count_threshold,
                                     self.projects)

        self.assertEqual(expected_sam_file, self.sam_file.getvalue())
        self.assertEqual(expected_remap_counts, self.remap_counts.getvalue())
        self.assertEqual(expected_seed_counts, seed_counts)

示例#3

0

显示文件

文件： test_remap.py 项目： cfe-lab/MiCall

    def test_best_in_group(self):
        self.maxDiff = None
        prelim_csv = StringIO("""\
qname,flag,rname,pos,mapq,cigar,rnext,pnext,tlen,seq,qual
example1,89,R1-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example2,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example3,89,R1-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAATTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example4,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAAAATAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example5,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAAAAAAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
""")
        count_threshold = 2
        expected_sam_file = """\
@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:R1-seed	LN:9
@SQ	SN:R2-seed	LN:12
@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.2.3	CL:""
example1\t89\tR1-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example2\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example3\t89\tR1-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAATTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example4\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAAAATAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example5\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAAAAAAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
"""
        expected_remap_counts = """\
type,filtered_count,count
prelim R1-seed,2,2
prelim R2-seed,3,3
"""
        expected_seed_counts = {'R2-seed': 3}

        seed_counts = convert_prelim(prelim_csv,
                                     self.sam_file,
                                     self.remap_counts_writer,
                                     count_threshold,
                                     self.projects)

        self.assertEqual(expected_sam_file, self.sam_file.getvalue())
        self.assertEqual(expected_remap_counts, self.remap_counts.getvalue())
        self.assertEqual(expected_seed_counts, seed_counts)

示例#4

0

显示文件

    def test_best_in_group(self):
        self.maxDiff = None
        prelim_csv = StringIO("""\
qname,flag,rname,pos,mapq,cigar,rnext,pnext,tlen,seq,qual
example1,89,R1-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example2,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example3,89,R1-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAATTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example4,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAAAATAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example5,89,R2-seed,1,0,54M,=,1,0,\
AAAAAAAAAAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT,\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
""")
        count_threshold = 2
        expected_sam_file = """\
@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:R1-seed	LN:9
@SQ	SN:R2-seed	LN:12
@PG	ID:bowtie2	PN:bowtie2	VN:2.2.3	CL:""
example1\t89\tR1-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTTAAACCCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example2\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example3\t89\tR1-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAATTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example4\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAAAATAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
example5\t89\tR2-seed\t1\t0\t54M\t=\t1\t0\t\
AAAAAAAAAAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTTAAAACCTTT\t\
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
"""
        expected_remap_counts = """\
type,filtered_count,count
prelim R1-seed,2,2
prelim R2-seed,3,3
"""
        expected_seed_counts = {'R2-seed': 3}

        seed_counts = convert_prelim(prelim_csv, self.sam_file,
                                     self.remap_counts_writer, count_threshold,
                                     self.projects)

        self.assertEqual(expected_sam_file, self.sam_file.getvalue())
        self.assertEqual(expected_remap_counts, self.remap_counts.getvalue())
        self.assertEqual(expected_seed_counts, seed_counts)