Python pacbio_args_runner示例

示例#1

文件： validate_presets.py 项目： knyquist/pbsmrtpipe

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(
        argv=argv[1:],
        parser=get_parser(),
        args_runner_func=args_runner,
        alog=log,
        setup_log_func=setup_log)

示例#2

def main(argv=sys.argv[1:]):
    """tofu main."""
    return pacbio_args_runner(argv=argv,
                              parser=get_parser(),
                              args_runner_func=args_runner,
                              alog=log,
                              setup_log_func=setup_log)

示例#3

文件： tofu_wrap.py 项目： natechols/pbtranscript

def main(argv=sys.argv[1:]):
    """tofu main."""
    return pacbio_args_runner(
        argv=argv,
        parser=get_parser(),
        args_runner_func=args_runner,
        alog=log,
        setup_log_func=setup_log)

示例#4

文件： ccs_validator_report.py 项目： lpp1985/lpp_Script

def main(argv=sys.argv):
    """Main point of Entry"""
    log.info("Starting {f} version {v} report generation".format(
        f=__file__, v=__version__))
    return pacbio_args_runner(argv=argv[1:],
                              parser=get_parser(),
                              args_runner_func=args_runner,
                              alog=log,
                              setup_log_func=setup_log)

示例#5

文件： ccs_validator_report.py 项目： mdsmith/pbreports

def main(argv=sys.argv):
    """Main point of Entry"""
    log.info("Starting {f} version {v} report generation".format(
        f=__file__, v=__version__))
    return pacbio_args_runner(
        argv=argv[1:],
        parser=get_parser(),
        args_runner_func=args_runner,
        alog=log,
        setup_log_func=setup_log)

示例#6

文件： test_common_cmdline_core.py 项目： mpkocher/pbcommand

def _example_main(cmdline_args):
    """Example func for testing."""
    p = _example_parser()
    argv = shlex.split(cmdline_args)
    rcode = pacbio_args_runner(argv, p, args_runner, log, setup_log)
    return rcode

示例#7

def main(argv=sys.argv):
    return pacbio_args_runner(argv=argv[1:],
                              parser=_get_parser(),
                              args_runner_func=run_args,
                              alog=log,
                              setup_log_func=setup_log)

示例#8

文件： test_common_cmdline_core.py 项目： pb-cdunn/pbcommand

def _example_main(cmdline_args):
    """Example func for testing."""
    p = _example_parser()
    argv = shlex.split(cmdline_args)
    rcode = pacbio_args_runner(argv, p, args_runner, log, setup_log)
    return rcode