Python NGS.parse_blast_results示例

示例#1

文件： test_NGS.py 项目： mezarino/PyPhyloGenomics

    def test_parse_blast_results(self):
        # It should work using fasta files
        blast_table = os.path.join("NGS", "blast_table.csv")
        ion_file = os.path.join("NGS", "ion_file.fastq")

        NGS.parse_blast_results(blast_table, ion_file)
        result = glob.glob("output/gene*")
        self.assertEqual(len(result), 21)
        shutil.rmtree("output")

示例#2

文件： parse_blast_results.py 项目： carlosp420/transcriptome_analyser

from pyphylogenomics import NGS;
import sys

blast_table = sys.argv[1].strip()
ion_file    = "data/modified/wrk_ionfile.fastq";
NGS.parse_blast_results(blast_table, ion_file);