Python SigFactory.GetSigSize示例

示例#1

文件： properties_pharmacophore.py 项目： zeoyzhaogithub/python

# 使用特征工厂再来构建指纹工厂signature，factory用于设置指纹参数
# 构建指纹工厂 ：
SigFactory(
    featFactory,  # 特征工厂
    useCounts=False,  # 默认False。False不考虑指纹频数，并生成SparseBitVect
    minPointCount=2,  # 默认为2.生成指纹时包括的最少的药效团数量。
    maxPointCount=3,  # 默认为3。生成指纹时包括的最多的药效团数量。
    ...)
sigFactory = SigFactory(featFactory, minPointCount=2, maxPointCount=3)
# 对拓扑距离进行分段
sigFactory.SetBins([(0, 2), (2, 5), (5, 8)])
# 每次修改参数后，都要初始化一下
sigFactory.Init()
# 计算指纹的长度
print('指纹长度=', sigFactory.GetSigSize())  # 指纹长度= 2988

# # 4.2 生成2D药效团指纹
# 指纹工厂中的参数设置完毕，接下来就可以生成2D指纹了。
# 计算2D药效团指纹 ：
Gen2DFingerprint(
    mol,  # 要计算指纹的mol对象
    sigFactory,  # 设置了参数的指纹工厂
    bitinfo  # 获取指纹id及对应的原子
)

mol = Chem.MolFromSmiles('OCC(=O)CCCN')
fp = Generate.Gen2DFingerprint(mol, sigFactory)
print(len(fp))  # 2988
print(fp.GetNumOnBits())  # 23

示例#2

文件： brics-scaffold-hop.py 项目： shunsunsun/2d-pharmacophore-search

import search2d

from time import time
import sys

fdefName = 'data/minimalFeatures.fdef'
featFactory = ChemicalFeatures.BuildFeatureFactory(fdefName)

from rdkit.Chem.Pharm2D.SigFactory import SigFactory
sigFactory = SigFactory(featFactory,
                        minPointCount=2,
                        maxPointCount=3,
                        trianglePruneBins=False)
sigFactory.SetBins([(0, 2), (2, 5), (5, 8)])
sigFactory.Init()
sigFactory.GetSigSize()


def similarityMeasure(fps, neg, mol2):

    fps2 = Generate.Gen2DFingerprint(mol2, sigFactory)

    similarityPos = DataStructs.FingerprintSimilarity(
        fps, fps2, metric=DataStructs.TanimotoSimilarity)
    similarityNeg = DataStructs.FingerprintSimilarity(
        neg, fps2, metric=DataStructs.TanimotoSimilarity)
    #    if similarityPos>=0.75:

    print Chem.MolToSmiles(mol2), similarityPos, similarityNeg
    return similarityPos, similarityPos - similarityNeg