def test6Update(self):
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', 'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
conn = DbConnect('testData/bzr/AtomPairs.sqlt')
d = conn.GetData('atompairs', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
conn = DbConnect('testData/bzr/Descriptors.sqlt')
d = conn.GetData('descriptors_v1', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
conn = DbConnect('testData/bzr/Fingerprints.sqlt')
d = conn.GetData('rdkitfps', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
d = None
conn.KillCursor()
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', '--updateDb', 'testData/bzr.2.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 20)
conn = DbConnect('testData/bzr/AtomPairs.sqlt')
d = conn.GetData('atompairs', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 20)
conn = DbConnect('testData/bzr/Descriptors.sqlt')
d = conn.GetData('descriptors_v1', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 20)
conn = DbConnect('testData/bzr/Fingerprints.sqlt')
d = conn.GetData('rdkitfps', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 20)
def test4CreateOptions(self):
if os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Compounds.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/AtomPairs.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Descriptors.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Fingerprints.sqlt')
p = subprocess.Popen((sys.executable, 'CreateDb.py',
'--dbDir=testData/bzr', '--molFormat=smiles',
'--noExtras', '--noSmiles', 'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
d = conn.GetData('molecules', fields='*')
self.assertEqual(len(d), 10)
cns = [x.lower() for x in d.GetColumnNames()]
self.assertFalse('smiles' in cns)
conn = None
d = None
if os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Compounds.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/AtomPairs.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Descriptors.sqlt')
if os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'):
os.unlink('testData/bzr/Fingerprints.sqlt')
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', '--noSmiles', '--noFingerprints',
'--noLayeredFps', '--noMorganFps', '--noPairs', '--noDescriptors',
'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertTrue(d[0][0] == 10)
d = conn.GetData('molecules', fields='*')
self.assertTrue(len(d) == 10)
cns = [x.lower() for x in d.GetColumnNames()]
self.assertFalse('smiles' in cns)
d = None
conn.KillCursor()
conn = None
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', '--noProps', '--noFingerprints',
'--noLayeredFps', '--noMorganFps', '--noPairs', '--noDescriptors',
'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
d = conn.GetData('molecules', fields='*')
self.assertEqual(len(d), 10)
cns = [x.lower() for x in d.GetColumnNames()]
self.assertTrue('smiles' in cns)
d = None
conn.KillCursor()
conn = None
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', '--noFingerprints', '--noLayeredFps',
'--noMorganFps', '--noPairs', '--noDescriptors',
'--maxRowsCached=4', 'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))
conn = DbConnect('testData/bzr/Compounds.sqlt')
d = conn.GetData('molecules', fields='count(*)')
self.assertEqual(d[0][0], 10)
d = conn.GetData('molecules', fields='*')
self.assertEqual(len(d), 10)
cns = [x.lower() for x in d.GetColumnNames()]
self.assertTrue('smiles' in cns)
d = None
conn.KillCursor()
conn = None
p = subprocess.Popen(
(sys.executable, 'CreateDb.py', '--dbDir=testData/bzr',
'--molFormat=smiles', '--noFingerprints', '--noPairs',
'--noDescriptors', '--maxRowsCached=4', 'testData/bzr.smi'))
res = p.wait()
self.assertFalse(res)
p = None
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Compounds.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/AtomPairs.sqlt'))
self.assertFalse(os.path.exists('testData/bzr/Descriptors.sqlt'))
self.assertTrue(os.path.exists('testData/bzr/Fingerprints.sqlt'))