def pipeSakl(strain):
reads1 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/Run3/CleanPE/s_1_%s-trim.fq" % (strain)
reads2 = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/Run3/CleanPE/s_2_%s-trim.fq" % (strain)
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/BWA/Nuclear/CleanPE/%s" % strain
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/SequenceReference/Sakl/Index/BWA/saklRef.fasta"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
outBWA = "aln_%s_1Bis" % strain
opt = ""
if not "Run3" in reads1:
opt += "-I"
ficSam = traitementBWA.lanceBWA(outBWA, reads1, reads2, repOut, ref, opt)
#ficSam = "%s/%sPE.sam" % (repOut,outBWA)
# conversion du ficSam traditionnel en ficSam avec Flags textuels
ficSamX = traitementSamtools.convertFlag(ficSam)
#ficSamX = "%s-X" % ficSam
# extraction des ali de reads paires de ficSam a partir des infos de ficSamX
ficSamCorrect = traitementBWA.extraitCorrectlyPairedFromSam(ficSamX, ficSam)
#ficSamCorrect = "%s/aln_%s_1BisPE.sam-correct" % (repOut,strain)
lUnmappedReads = traitementBWA.extraitUnmappedReadsPair(ficSamCorrect, reads1, reads2)
opt += " -n 8 -o 2"
outBWA2 = "aln_%s_unmapped" % strain
ficSamUnmapped = traitementBWA.lanceBWA(outBWA2, lUnmappedReads[0], lUnmappedReads[1], repOut, ref, opt)
#ficSamUnmapped = "%s/aln_%s_unmappedPE.sam" % (repOut,strain)
ficSamUnmappedInRef = traitementSamtools.deconvolueSam(ficSamUnmapped)
# concatenation des 2 fichiers sam : d abord les unmapped pour avoir le header, puis ficSamCorrected
ficSamAll = "%s/aln_%s_PE.sam" % (repOut, strain)
cmdB = "cat %s %s > %s" % (ficSamUnmappedInRef, ficSamCorrect, ficSamAll)
# a partir de celui-ci extraction des ali des paires OK
os.system(cmdB)
# je peux creer les fic de reads unmapped pour mito a partir de la aussi
# ils s appelleront xxx_unmapped_unmapped.fq
lReadsUnmappedPourMito = traitementBWA.extraitUnmappedReadsPair(ficSamUnmappedInRef, lUnmappedReads[0],
lUnmappedReads[1])
#traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll, ref)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
def pipeIncomp16(strain,out):
reads = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/Reads/%s/NG-5435_%s_sequence.fastq" % (strain,strain[:-2])
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/BWA/Chrom16/%s" % strain
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/ReferenceSequence/FY/Index/BWA/chrom16_350000-420000.fasta"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
ficSam = traitementBWA.lanceBWAsamse(strain,out,reads,repOut,ref)
ficSam = "%s/%sSE.sam" % (repOut,out)
ficSamInRef = traitementSamtools.deconvolueSam(ficSam)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamInRef,ref)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
def pipeMDR(strain):
#reads = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/MDR/Reads/Run5/s_%s-trim.fq" % (strain)
#reads = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/MDR/Reads/Run5c/CleanSE/s_%s-trim.fq" % (strain)
reads = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/Reads/YJM326_1/NG-5435_YJM326_sequence.fastq-trim.fastq"
#repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/MDR/BWA/%s" % strain
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/Reads/YJM326_1"
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/ReferenceSequence/FY/Index/BWA/FYref.tfa"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
opt = "-n 5 -o 1"
#opt = "-n 0 -o 0"
out = "alnFin-%s" % strain
ficSam = traitementBWA.lanceBWAsamse(out, reads, repOut, ref, opt)
ficSamInRef = traitementSamtools.deconvolueSam(ficSam)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamInRef, ref)
fromVarfilter2tsvLikeCyrielle(ficVarFilter)
def pipeSace(strain):
reads1 = "/Volumes/BioSan/Users/ssiguenza/Projets/MiSeqDunham/RunOct2012/%s/CleanPE/s_1_%s-trim-clean.fq" % (strain,strain)
reads2 = "/Volumes/BioSan/Users/ssiguenza/Projets/MiSeqDunham/RunOct2012/%s/CleanPE/s_2_%s-trim-clean.fq" % (strain,strain)
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/NIH/RunOct2012/%s/n9o2" % strain
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/Incompatibilite/ReferenceSequence/FY/Index/BWA/FYref.tfa"
if not os.path.isdir(repOut):
os.mkdir(repOut)
cmdA = "chmod 777 %s" % repOut
os.system(cmdA)
outBWA = "aln_%s" % strain
opt = "-n 9 -o 2"
#opt += " -I"
ficSamAll = traitementBWA.lanceBWA(outBWA,reads1,reads2,repOut,ref,opt)
ficSamAll = "%s/aln_%sPE.sam" % (repOut,strain)
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
def pipeSaklEnd(strain):
repOut = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/BWA/Nuclear/RawPE/%s" % strain
ref = "/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/SequenceReference/Sakl/Index/BWA/saklRef.fasta"
lUnmappedReads = list()
lUnmappedReads.append("/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/Run3/s_1_%s_unmapped.fq" % strain)
lUnmappedReads.append("/Volumes/BioSan/Users/friedrich/GB-3G/Reads/Run3/s_2_%s_unmapped.fq" % strain)
ficSamCorrect = "%s/aln_%s_1BisPEBis.sam-correct" % (repOut,strain)
ficSamUnmappedInRef = "%s/aln_%s_unmappedPEBis.sam.inRef" % (repOut,strain)
ficSamAll = "%s/aln_%s_PEBis.sam" % (repOut,strain)
cmdB = "cat %s %s > %s" % (ficSamUnmappedInRef,ficSamCorrect,ficSamAll)
# a partir de celui-ci extraction des ali des paires OK
os.system(cmdB)
# je peux creer les fic de reads unmapped pour mito a partir de la aussi
# ils s appelleront xxx_unmapped_unmapped.fq
lReadsUnmappedPourMito = traitementBWA.extraitUnmappedReadsPair(ficSamUnmappedInRef,lUnmappedReads[0],lUnmappedReads[1])
#traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
# 1ere etape est de retirer les ali avec flag ? a 0 dans les bam
ficVarFilter = traitementSamtools.lancePipeSamtools(ficSamAll,ref)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(ficVarFilter)
