def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --addHydrogens", Options["--addHydrogens"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --conformerGenerator", Options["--conformerGenerator"], "SDG ETDG KDG ETKDG")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField", Options["--forceField"], "UFF MMFF")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(" --forceFieldMMFFVariant", Options["--forceFieldMMFFVariant"], "MMFF94 MMFF94s")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scaffoldRMSDOut", Options["--scaffoldRMSDOut"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--energyOut", Options["--energyOut"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--enforceChirality ", Options["--enforceChirality"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxConfs", Options["--maxConfs"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quiet", Options["--quiet"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeHydrogens", Options["--removeHydrogens"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-u, --useTethers", Options["--useTethers"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMethod", Options["--alignMethod"],
"align cealign super")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMode", Options["--alignMode"],
"FirstChain Complex")
# Expand infiles to handle presence of multiple input files...
InfileNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
if len(InfileNames) < 2:
MiscUtil.PrintError(
"Number of input files specified for \"-i, --infiles\" option, %d, must be greater than 2..."
% (len(InfileNames)))
# Validate file extensions...
for Infile in InfileNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infileNames"] = InfileNames
if not re.match("^FirstInputFile$", Options["--alignRefFile"], re.I):
AlignRefFile = Options["--alignRefFile"]
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--alignRefFile", AlignRefFile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("--alignRefFile", AlignRefFile,
"pdb cif")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
if Options["--outfile"]:
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"remove count")
if re.match("^remove$", Options["--mode"], re.I):
if not Options["--outfile"]:
MiscUtil.PrintError(
"The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"remove\" value of \"-m, --mode\" option"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--saltsMode", Options["--saltsMode"],
"ByComponent BySMARTSFile BySMARTS")
if re.match("^BySMARTSFile$", Options["--saltsMode"], re.I):
if not re.match("^auto$", Options["--saltsFile"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--saltsFile",
Options["--saltsFile"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--calcRMSD", Options["--calcRMSD"],
"RMSD BestRMSD")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"],
{">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"],
"OneToOne AllToAll FirstToAll")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"],
"sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"],
"sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile",
Options["--reffile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile",
Options["--probefile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
# Expand infile names..
InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
# Validate file extensions...
for Infile in InfilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infilesNames"] = InfilesNames
if not re.match("^auto$", Options["--interfaceResiduesCutoff"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--interfaceResiduesCutoff",
Options["--interfaceResiduesCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"--interfaceResiduesMethod", Options["--interfaceResiduesMethod"],
"BySASAChange ByHeavyAtomsDistance ByCAlphaAtomsDistance")
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff",
Options["--pocketDistanceCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--phiPsiMode", Options["--phiPsiMode"],
"All Categories")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--phiPsiPrecision",
Options["--phiPsiPrecision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--surfaceResiduesCutoff",
Options["--surfaceResiduesCutoff"],
{">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--surfaceResiduesIDs",
Options["--surfaceResiduesIDs"], "Yes No")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField",
Options["--forceField"], "UFF MMFF")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(" --forceFieldMMFFVariant",
Options["--forceFieldMMFFVariant"],
"MMFF94 MMFF94s")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quiet", Options["--quiet"],
"yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --allowParamFailure",
Options["--allowParamFailure"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --chargesSDFormat",
Options["--chargesSDFormat"],
"AtomAliases DataField")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"Gasteiger MMFF")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numIters",
Options["--numIters"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision",
Options["--precision"], {">": 0})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
if re.match("^filter$", Options["--mode"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileFiltered",
Options["--outfileFiltered"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"filter count")
if re.match("^filter$", Options["--mode"], re.I):
if not Options["--outfile"]:
MiscUtil.PrintError(
"The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"filter\" value of \"-m, --mode\" option"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-n, --negate", Options["--negate"],
"yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --autocorr2DExclude", Options["--autocorr2DExclude"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --fragmentCount", Options["--fragmentCount"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "2D 3D All FragmentCountOnly Specify")
if re.match("^Specify$", Options["--mode"], re.I):
if re.match("^none$", Options["--descriptorNames"], re.I):
MiscUtil.PrintError("The name(s) of molecular descriptors must be specified using \"-d, --descriptorNames\" option during \"Specify\" value of \"-m, --mode\" option.")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt")
if re.match("^3D|All$", Options["--mode"], re.I):
if MiscUtil.CheckFileExt(Options["--infile"], "smi"):
MiscUtil.PrintError("The input SMILES file, %s, is not valid for \"3D or All\" value of \"-m, --mode\" option.")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-s, --smilesOut", Options["--smilesOut"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-d, --discardNonPhysical",
Options["--discardNonPhysical"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"UnassignedOnly All")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIsomers",
Options["--maxIsomers"], {">=": 0})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"GraphFrameworks AtomicFrameworks")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeDuplicates",
Options["--removeDuplicates"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-s, --sort", Options["--sort"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--sortOrder", Options["--sortOrder"],
"ascending descending")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality",
Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, -addHydrogens",
Options["--addHydrogens"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepInorganics",
Options["--keepInorganics"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepLigands", Options["--keepLigands"],
"yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepSolvents",
Options["--keepSolvents"], "yes no")
# Expand infile names..
InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
# Validate file extensions...
for Infile in InfilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infilesNames"] = InfilesNames
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision",
Options["--precision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--quiet", Options["--quiet"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-c, --clusteringMethod", Options["--clusteringMethod"],
"Centroid CLink Gower McQuitty SLink UPGMA Ward")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-f, --fingerprints", Options["--fingerprints"],
"AtomPairs MACCS166Keys Morgan MorganFeatures PathLength TopologicalTorsions"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"MaxMin HierarchicalClustering")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numMols", Options["--numMols"],
{">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-s, --similarityMetric", Options["--similarityMetric"],
"BraunBlanquet Cosine Dice Kulczynski RogotGoldberg Russel Sokal Tanimoto"
)
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb")
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "pdb")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --combineMatches",
Options["--combineMatches"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--combineOperator",
Options["--combineOperator"], "and or")
if not re.match("^auto$", Options["--groupNamesFile"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-g, groupNamesFile",
Options["--groupNamesFile"])
if re.match("^none$", Options["--functionalGroups"], re.I):
MiscUtil.PrintError(
"The name(s) of functional groups must be specified using \"-f, --functionalGroups\" option"
)
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
if Options["--outfile"]:
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"retrieve count")
if re.match("^retrieve$", Options["--mode"], re.I):
if not Options["--outfile"]:
MiscUtil.PrintError(
"The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"retrieve\" value of \"-m, --mode\" option"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality",
Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignment", Options["--alignment"],
"Open3A CrippenOpen3A RMSD BestRMSD")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"],
{">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"],
"OneToOne FirstToAll")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"],
"sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"],
"sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sd sdf")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile",
Options["--reffile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile",
Options["--probefile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile",
Options["--reffile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile",
Options["--probefile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
if not re.match("^None$", Options["--alignmentSMARTS"], re.I):
PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--alignmentSMARTS"])
if PatternMol is None:
MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--alignmentSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--alignmentSMARTS"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--atomLabelFontSize", Options["--atomLabelFontSize"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --bondLineWidth", Options["--bondLineWidth"], {">": 0.0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--compute2DCoords", Options["--compute2DCoords"], "yes no auto")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--counterCol", Options["--counterCol"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--colVisibility", Options["--colVisibility"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--f, -fontBold", Options["--fontBold"], "yes no")
if not re.match("^None$", Options["--highlightSMARTS"], re.I):
PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--highlightSMARTS"])
if PatternMol is None:
MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--highlightSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--highlightSMARTS"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--kekulize", Options["--kekulize"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-k, --keysNavigation", Options["--keysNavigation"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("-m, --molImageSize", Options["--molImageSize"], 2, ",", "integer", {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--molImageEncoded", Options["--molImageEncoded"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--numOfMolsPerRow", Options["--numOfMolsPerRow"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-p, --paging", Options["--paging"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--pageLength", Options["--pageLength"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--popover", Options["--popover"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverDataCount", Options["--popoverDataCount"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverTextWidth", Options["--popoverTextWidth"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--showMolName", Options["--showMolName"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollX", Options["--scrollX"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollY", Options["--scrollY"], "yes no")
if not re.search("vh$", Options["--scrollYSize"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--scrollYSize", Options["--scrollYSize"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableFooter", Options["--tableFooter"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableHeader", Options["--tableHeader"], "yes no")
def ProcessListFunctionalGroupsOption():
"""Process list functional groups information."""
# Validate and process dataFile option for listing functional groups information...
OptionsInfo["GroupNamesFile"] = None
if not re.match("^auto$", Options["--groupNamesFile"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-g, --groupNamesFile",
Options["--groupNamesFile"])
OptionsInfo["GroupNamesFile"] = Options["--groupNamesFile"]
RetrieveFunctionalGroupsInfo()
ListFunctionalGroupsInfo()
def ProcessListReactionNamesOption():
"""Process list reaction names information."""
# Validate and process dataFile option for listing reaction names information...
OptionsInfo["RxnNamesFile"] = None
if not re.match("^auto$", Options["--rxnNamesFile"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--rxnNamesFile",
Options["--rxnNamesFile"])
OptionsInfo["RxnNamesFile"] = Options["--rxnNamesFile"]
RetrieveReactionNamesInfo()
ListReactionNamesInfo()
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("Alignment", Options["--alignment"], "Open3A CrippenOpen3A")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("Distance", Options["--distance"], "Tanimoto Protrude Both")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"], "OneToOne AllToAll FirstToAll")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"], "sdf sd mol")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile", Options["--reffile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile", Options["--probefile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --alignMethod",
Options["--alignMethod"],
"align cealign super")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMode", Options["--alignMode"],
"FirstChain Complex")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"OneToOne AllToAll FirstToAll")
# Expand reffiles to handle presence of multiple input files...
RefFilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--reffiles"], ",")
# Validate file extensions...
for RefFile in RefFilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffiles", RefFile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffiles", RefFile, "pdb cif")
Options["--refFilesNames"] = RefFilesNames
# Expand probefiles to handle presence of multiple input files...
ProbeFilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--probefiles"], ",")
# Validate file extensions...
for ProbeFile in ProbeFilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefiles", ProbeFile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefiles", ProbeFile,
"pdb cif")
Options["--probeFilesNames"] = ProbeFilesNames
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMatrix", Options["--outMatrix"],
"Yes No")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--figDPI", Options["--figDPI"],
{">": 0})
if not re.match("^auto$", Options["--figSize"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("--figSize", Options["--figSize"],
2, ",", "float", {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"pdb cif")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-g, --greek", Options["--greek"],
"yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--grid", Options["--grid"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--gridLineWidth",
Options["--gridLineWidth"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"--levelsAndColorsScheme", Options["--levelsAndColorsScheme"],
"MuttedColorShades1 MuttedColorShades2 BrightColorShades")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"],
"SingleFile MultipleFiles")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision",
Options["--precision"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--scatterMarkerSize",
Options["--scatterMarkerSize"], {">": 0})
if not re.match("^auto$", Options["--ticksMajorInterval"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMajorInterval",
Options["--ticksMajorInterval"], {
">": 0,
"<": 360
})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ticksMinor", Options["--ticksMinor"],
"yes no")
if not re.match("^auto$", Options["--ticksMinorInterval"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMinorInterval",
Options["--ticksMinorInterval"], {
">": 0,
"<": 360
})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb cif")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"], "SingleFile MultipleFiles")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outChainID", Options["--outChainID"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outCategory", Options["--outCategory"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
# Expand infile names..
InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",")
# Validate file extensions...
for Infile in InfilesNames:
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile)
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif")
Options["--infilesNames"] = InfilesNames
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff",
Options["--pocketDistanceCutoff"],
{">": 0.0})
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --butinaSimilarityCutoff",
Options["--butinaSimilarityCutoff"], {
">": 0.0,
"<=": 1.0
})
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--butinaReordering",
Options["--butinaReordering"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-c, --clusteringMethod", Options["--clusteringMethod"],
"Butina Centroid CLink Gower McQuitty SLink UPGMA Ward")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-f, --fingerprints", Options["--fingerprints"],
"AtomPairs MACCS166Keys Morgan MorganFeatures PathLength TopologicalTorsions"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--fingerprintsType",
Options["--fingerprintsType"],
"IntVect BitVect auto")
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numClusters",
Options["--numClusters"], {">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileMode", Options["--outfileMode"],
"SingleFile MultipleFiles")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue(
"-s, --similarityMetric", Options["--similarityMetric"],
"BraunBlanquet Cosine Dice Kulczynski RogotGoldberg Russel Sokal Tanimoto"
)
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ligandFileFormat",
Options["--ligandFileFormat"],
"PDB SDF SD MDLMOL")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"Chains ChainsLigands")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"pdb cif")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepInorganics",
Options["--keepInorganics"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepSolvents",
Options["--keepSolvents"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --feedback", Options["--feedback"],
"yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pml")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"pse")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --addHydrogens",
Options["--addHydrogens"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --conformerGenerator",
Options["--conformerGenerator"],
"SDG ETDG KDG ETKDG None")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField",
Options["--forceField"], "UFF MMFF")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--enforceChirality ",
Options["--enforceChirality"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi txt csv tsv")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxConfs", Options["--maxConfs"],
{">": 0})
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"],
{">": 0})
if not re.match("^auto$", Options["--randomSeed"], re.I):
MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--randomSeed",
Options["--randomSeed"], {})
RandomSeed = int(Options["--randomSeed"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeHydrogens",
Options["--removeHydrogens"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd smi txt csv tsv")
if Options["--outfile"]:
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd smi")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileFiltered",
Options["--outfileFiltered"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"],
"retrieve count")
if re.match("^retrieve$", Options["--mode"], re.I):
if not Options["--outfile"]:
MiscUtil.PrintError(
"The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"retrieve\" value of \"-m, --mode\" option"
)
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-n, --negate", Options["--negate"],
"yes no")
PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--pattern"])
if PatternMol is None:
MiscUtil.PrintError(
"The value specified, %s, using option \"-p, --pattern\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule"
% Options["--pattern"])
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality",
Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions():
"""Validate option values"""
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --coreScaffold",
Options["--coreScaffold"],
"ByMCS BySMARTS BySMILES")
MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"])
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"],
"sdf sd mol smi csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"],
"sdf sd csv tsv txt")
MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile",
Options["--outfile"],
"--overwrite",
Options["--overwrite"])
MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile",
Options["--infile"],
"-o, --outfile",
Options["--outfile"])
if re.match("^none$", Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"],
re.I) or not len(Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"]):
if re.match("^(BySMARTS|BySMILES)$", Options["--coreScaffold"], re.I):
MiscUtil.PrintError(
"A non empty value must be specified for \"-s, --smartsOrSmilesCoreScaffold\" during %s value of \"-c, --coreScaffold\" option "
% (Options["--coreScaffold"]))
else:
if not re.match("^(BySMARTS|BySMILES)$", Options["--coreScaffold"],
re.I):
MiscUtil.PrintError(
"%s value of \"-s, --smartsOrSmilesCoreScaffold\" is not allowed during %s value of \"-c, --coreScaffold\" option "
% (Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"],
Options["--coreScaffold"]))
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quote", Options["--quote"],
"yes no auto")
MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeUnmatched",
Options["--removeUnmatched"], "yes no")
