def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --addHydrogens", Options["--addHydrogens"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --conformerGenerator", Options["--conformerGenerator"], "SDG ETDG KDG ETKDG") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField", Options["--forceField"], "UFF MMFF") MiscUtil.ValidateOptionTextValue(" --forceFieldMMFFVariant", Options["--forceFieldMMFFVariant"], "MMFF94 MMFF94s") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scaffoldRMSDOut", Options["--scaffoldRMSDOut"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--energyOut", Options["--energyOut"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--enforceChirality ", Options["--enforceChirality"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxConfs", Options["--maxConfs"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quiet", Options["--quiet"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeHydrogens", Options["--removeHydrogens"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-u, --useTethers", Options["--useTethers"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMethod", Options["--alignMethod"], "align cealign super") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMode", Options["--alignMode"], "FirstChain Complex") # Expand infiles to handle presence of multiple input files... InfileNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",") if len(InfileNames) < 2: MiscUtil.PrintError( "Number of input files specified for \"-i, --infiles\" option, %d, must be greater than 2..." % (len(InfileNames))) # Validate file extensions... for Infile in InfileNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif") Options["--infileNames"] = InfileNames if not re.match("^FirstInputFile$", Options["--alignRefFile"], re.I): AlignRefFile = Options["--alignRefFile"] MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--alignRefFile", AlignRefFile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("--alignRefFile", AlignRefFile, "pdb cif")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") if Options["--outfile"]: MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "remove count") if re.match("^remove$", Options["--mode"], re.I): if not Options["--outfile"]: MiscUtil.PrintError( "The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"remove\" value of \"-m, --mode\" option" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--saltsMode", Options["--saltsMode"], "ByComponent BySMARTSFile BySMARTS") if re.match("^BySMARTSFile$", Options["--saltsMode"], re.I): if not re.match("^auto$", Options["--saltsFile"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--saltsFile", Options["--saltsFile"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--calcRMSD", Options["--calcRMSD"], "RMSD BestRMSD") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"], "OneToOne AllToAll FirstToAll") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile", Options["--reffile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile", Options["--probefile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" # Expand infile names.. InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",") # Validate file extensions... for Infile in InfilesNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif") Options["--infilesNames"] = InfilesNames if not re.match("^auto$", Options["--interfaceResiduesCutoff"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--interfaceResiduesCutoff", Options["--interfaceResiduesCutoff"], {">": 0.0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "--interfaceResiduesMethod", Options["--interfaceResiduesMethod"], "BySASAChange ByHeavyAtomsDistance ByCAlphaAtomsDistance") MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff", Options["--pocketDistanceCutoff"], {">": 0.0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--phiPsiMode", Options["--phiPsiMode"], "All Categories") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--phiPsiPrecision", Options["--phiPsiPrecision"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--surfaceResiduesCutoff", Options["--surfaceResiduesCutoff"], {">": 0.0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--surfaceResiduesIDs", Options["--surfaceResiduesIDs"], "Yes No")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField", Options["--forceField"], "UFF MMFF") MiscUtil.ValidateOptionTextValue(" --forceFieldMMFFVariant", Options["--forceFieldMMFFVariant"], "MMFF94 MMFF94s") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quiet", Options["--quiet"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --allowParamFailure", Options["--allowParamFailure"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --chargesSDFormat", Options["--chargesSDFormat"], "AtomAliases DataField") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "Gasteiger MMFF") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numIters", Options["--numIters"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0})
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") if re.match("^filter$", Options["--mode"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileFiltered", Options["--outfileFiltered"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "filter count") if re.match("^filter$", Options["--mode"], re.I): if not Options["--outfile"]: MiscUtil.PrintError( "The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"filter\" value of \"-m, --mode\" option" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-n, --negate", Options["--negate"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --autocorr2DExclude", Options["--autocorr2DExclude"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --fragmentCount", Options["--fragmentCount"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "2D 3D All FragmentCountOnly Specify") if re.match("^Specify$", Options["--mode"], re.I): if re.match("^none$", Options["--descriptorNames"], re.I): MiscUtil.PrintError("The name(s) of molecular descriptors must be specified using \"-d, --descriptorNames\" option during \"Specify\" value of \"-m, --mode\" option.") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") if re.match("^3D|All$", Options["--mode"], re.I): if MiscUtil.CheckFileExt(Options["--infile"], "smi"): MiscUtil.PrintError("The input SMILES file, %s, is not valid for \"3D or All\" value of \"-m, --mode\" option.") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-s, --smilesOut", Options["--smilesOut"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-d, --discardNonPhysical", Options["--discardNonPhysical"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "UnassignedOnly All") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIsomers", Options["--maxIsomers"], {">=": 0})
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "GraphFrameworks AtomicFrameworks") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeDuplicates", Options["--removeDuplicates"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-s, --sort", Options["--sort"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--sortOrder", Options["--sortOrder"], "ascending descending") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality", Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, -addHydrogens", Options["--addHydrogens"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepInorganics", Options["--keepInorganics"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepLigands", Options["--keepLigands"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepSolvents", Options["--keepSolvents"], "yes no") # Expand infile names.. InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",") # Validate file extensions... for Infile in InfilesNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif") Options["--infilesNames"] = InfilesNames MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--quiet", Options["--quiet"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-c, --clusteringMethod", Options["--clusteringMethod"], "Centroid CLink Gower McQuitty SLink UPGMA Ward") MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-f, --fingerprints", Options["--fingerprints"], "AtomPairs MACCS166Keys Morgan MorganFeatures PathLength TopologicalTorsions" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "MaxMin HierarchicalClustering") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numMols", Options["--numMols"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-s, --similarityMetric", Options["--similarityMetric"], "BraunBlanquet Cosine Dice Kulczynski RogotGoldberg Russel Sokal Tanimoto" )
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb") MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "pdb") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --combineMatches", Options["--combineMatches"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--combineOperator", Options["--combineOperator"], "and or") if not re.match("^auto$", Options["--groupNamesFile"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-g, groupNamesFile", Options["--groupNamesFile"]) if re.match("^none$", Options["--functionalGroups"], re.I): MiscUtil.PrintError( "The name(s) of functional groups must be specified using \"-f, --functionalGroups\" option" ) MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") if Options["--outfile"]: MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "retrieve count") if re.match("^retrieve$", Options["--mode"], re.I): if not Options["--outfile"]: MiscUtil.PrintError( "The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"retrieve\" value of \"-m, --mode\" option" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality", Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignment", Options["--alignment"], "Open3A CrippenOpen3A RMSD BestRMSD") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"], "OneToOne FirstToAll") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sd sdf") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile", Options["--reffile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile", Options["--probefile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile", Options["--reffile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile", Options["--probefile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) if not re.match("^None$", Options["--alignmentSMARTS"], re.I): PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--alignmentSMARTS"]) if PatternMol is None: MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--alignmentSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--alignmentSMARTS"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--atomLabelFontSize", Options["--atomLabelFontSize"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --bondLineWidth", Options["--bondLineWidth"], {">": 0.0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--compute2DCoords", Options["--compute2DCoords"], "yes no auto") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--counterCol", Options["--counterCol"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--colVisibility", Options["--colVisibility"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--f, -fontBold", Options["--fontBold"], "yes no") if not re.match("^None$", Options["--highlightSMARTS"], re.I): PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--highlightSMARTS"]) if PatternMol is None: MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--highlightSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--highlightSMARTS"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--kekulize", Options["--kekulize"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-k, --keysNavigation", Options["--keysNavigation"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("-m, --molImageSize", Options["--molImageSize"], 2, ",", "integer", {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--molImageEncoded", Options["--molImageEncoded"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--numOfMolsPerRow", Options["--numOfMolsPerRow"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-p, --paging", Options["--paging"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--pageLength", Options["--pageLength"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--popover", Options["--popover"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverDataCount", Options["--popoverDataCount"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverTextWidth", Options["--popoverTextWidth"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--showMolName", Options["--showMolName"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollX", Options["--scrollX"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollY", Options["--scrollY"], "yes no") if not re.search("vh$", Options["--scrollYSize"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--scrollYSize", Options["--scrollYSize"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableFooter", Options["--tableFooter"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableHeader", Options["--tableHeader"], "yes no")
def ProcessListFunctionalGroupsOption(): """Process list functional groups information.""" # Validate and process dataFile option for listing functional groups information... OptionsInfo["GroupNamesFile"] = None if not re.match("^auto$", Options["--groupNamesFile"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-g, --groupNamesFile", Options["--groupNamesFile"]) OptionsInfo["GroupNamesFile"] = Options["--groupNamesFile"] RetrieveFunctionalGroupsInfo() ListFunctionalGroupsInfo()
def ProcessListReactionNamesOption(): """Process list reaction names information.""" # Validate and process dataFile option for listing reaction names information... OptionsInfo["RxnNamesFile"] = None if not re.match("^auto$", Options["--rxnNamesFile"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionFilePath("--rxnNamesFile", Options["--rxnNamesFile"]) OptionsInfo["RxnNamesFile"] = Options["--rxnNamesFile"] RetrieveReactionNamesInfo() ListReactionNamesInfo()
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("Alignment", Options["--alignment"], "Open3A CrippenOpen3A") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("Distance", Options["--distance"], "Tanimoto Protrude Both") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mode", Options["--mode"], "OneToOne AllToAll FirstToAll") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffile", Options["--reffile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffile", Options["--reffile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefile", Options["--probefile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefile", Options["--probefile"], "sdf sd mol") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-r, --reffile", Options["--reffile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-p, --probefile", Options["--probefile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --alignMethod", Options["--alignMethod"], "align cealign super") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--alignMode", Options["--alignMode"], "FirstChain Complex") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "OneToOne AllToAll FirstToAll") # Expand reffiles to handle presence of multiple input files... RefFilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--reffiles"], ",") # Validate file extensions... for RefFile in RefFilesNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-r, --reffiles", RefFile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-r, --reffiles", RefFile, "pdb cif") Options["--refFilesNames"] = RefFilesNames # Expand probefiles to handle presence of multiple input files... ProbeFilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--probefiles"], ",") # Validate file extensions... for ProbeFile in ProbeFilesNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-p, --probefiles", ProbeFile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-p, --probefiles", ProbeFile, "pdb cif") Options["--probeFilesNames"] = ProbeFilesNames MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMatrix", Options["--outMatrix"], "Yes No")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--figDPI", Options["--figDPI"], {">": 0}) if not re.match("^auto$", Options["--figSize"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("--figSize", Options["--figSize"], 2, ",", "float", {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb cif") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-g, --greek", Options["--greek"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--grid", Options["--grid"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--gridLineWidth", Options["--gridLineWidth"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "--levelsAndColorsScheme", Options["--levelsAndColorsScheme"], "MuttedColorShades1 MuttedColorShades2 BrightColorShades") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"], "SingleFile MultipleFiles") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--scatterMarkerSize", Options["--scatterMarkerSize"], {">": 0}) if not re.match("^auto$", Options["--ticksMajorInterval"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMajorInterval", Options["--ticksMajorInterval"], { ">": 0, "<": 360 }) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ticksMinor", Options["--ticksMinor"], "yes no") if not re.match("^auto$", Options["--ticksMinorInterval"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMinorInterval", Options["--ticksMinorInterval"], { ">": 0, "<": 360 })
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb cif") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"], "SingleFile MultipleFiles") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outChainID", Options["--outChainID"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outCategory", Options["--outCategory"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0})
def ValidateOptions(): """Validate option values""" # Expand infile names.. InfilesNames = MiscUtil.ExpandFileNames(Options["--infiles"], ",") # Validate file extensions... for Infile in InfilesNames: MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infiles", Infile) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infiles", Infile, "pdb cif") Options["--infilesNames"] = InfilesNames MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--pocketDistanceCutoff", Options["--pocketDistanceCutoff"], {">": 0.0})
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --butinaSimilarityCutoff", Options["--butinaSimilarityCutoff"], { ">": 0.0, "<=": 1.0 }) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--butinaReordering", Options["--butinaReordering"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-c, --clusteringMethod", Options["--clusteringMethod"], "Butina Centroid CLink Gower McQuitty SLink UPGMA Ward") MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-f, --fingerprints", Options["--fingerprints"], "AtomPairs MACCS166Keys Morgan MorganFeatures PathLength TopologicalTorsions" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--fingerprintsType", Options["--fingerprintsType"], "IntVect BitVect auto") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-n, --numClusters", Options["--numClusters"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileMode", Options["--outfileMode"], "SingleFile MultipleFiles") MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "-s, --similarityMetric", Options["--similarityMetric"], "BraunBlanquet Cosine Dice Kulczynski RogotGoldberg Russel Sokal Tanimoto" )
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ligandFileFormat", Options["--ligandFileFormat"], "PDB SDF SD MDLMOL") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "Chains ChainsLigands") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb cif") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepInorganics", Options["--keepInorganics"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--keepSolvents", Options["--keepSolvents"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --feedback", Options["--feedback"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pml") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "pse") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"])
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-a, --addHydrogens", Options["--addHydrogens"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --conformerGenerator", Options["--conformerGenerator"], "SDG ETDG KDG ETKDG None") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-f, --forceField", Options["--forceField"], "UFF MMFF") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--enforceChirality ", Options["--enforceChirality"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi txt csv tsv") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxConfs", Options["--maxConfs"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--maxIters", Options["--maxIters"], {">": 0}) if not re.match("^auto$", Options["--randomSeed"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--randomSeed", Options["--randomSeed"], {}) RandomSeed = int(Options["--randomSeed"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeHydrogens", Options["--removeHydrogens"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd smi txt csv tsv") if Options["--outfile"]: MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd smi") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outfileFiltered", Options["--outfileFiltered"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-m, --mode", Options["--mode"], "retrieve count") if re.match("^retrieve$", Options["--mode"], re.I): if not Options["--outfile"]: MiscUtil.PrintError( "The outfile must be specified using \"-o, --outfile\" during \"retrieve\" value of \"-m, --mode\" option" ) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--mp", Options["--mp"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-n, --negate", Options["--negate"], "yes no") PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--pattern"]) if PatternMol is None: MiscUtil.PrintError( "The value specified, %s, using option \"-p, --pattern\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--pattern"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--useChirality", Options["--useChirality"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-c, --coreScaffold", Options["--coreScaffold"], "ByMCS BySMARTS BySMILES") MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-o, --outfile", Options["--outfile"], "sdf sd csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) if re.match("^none$", Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"], re.I) or not len(Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"]): if re.match("^(BySMARTS|BySMILES)$", Options["--coreScaffold"], re.I): MiscUtil.PrintError( "A non empty value must be specified for \"-s, --smartsOrSmilesCoreScaffold\" during %s value of \"-c, --coreScaffold\" option " % (Options["--coreScaffold"])) else: if not re.match("^(BySMARTS|BySMILES)$", Options["--coreScaffold"], re.I): MiscUtil.PrintError( "%s value of \"-s, --smartsOrSmilesCoreScaffold\" is not allowed during %s value of \"-c, --coreScaffold\" option " % (Options["--smartsOrSmilesCoreScaffold"], Options["--coreScaffold"])) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-q, --quote", Options["--quote"], "yes no auto") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-r, --removeUnmatched", Options["--removeUnmatched"], "yes no")