def gff_conversie(gff_name, fasta_name, annot_file, gbk_name):
#Functie hernoemd van main naar gff_conversie
"""
De functie roept de andere functies aan:
het openen van de file, het maken van een multidimensionale lijst,
het filteren van de attributen, het maken van de genbank file en
het schrijven van de afsluitende tag //
"""
print "Merger maken"
merger = Merger(fasta_name)
refference(annot_file)
print "Merger klaar"
stopwatch = Statistiek()
make_gbk_file(gbk_name)
write_file('LOCUS PLACEHOLDER\n', gbk_name)
write_file('FEATURES\t\tLocation/Qualifiers\n', gbk_name)
write_file("PLACEHOLDER\n", gbk_name)
print "GFF bestand openen"
contigdict = merger.getdict()
dataBalancer(contigdict, gff_name, gbk_name)
print "Na verdeel"
print "Bestand genereren"
print "DO FASTA"
# print merger.get_fasta()
print "DONE FASTA"
highest_stop = 10
lowest_start = 1
insert_values(highest_stop, lowest_start, 2, gbk_name)
insert_values(highest_stop, "unspecified", 0, gbk_name)
print "Sequentie schrijven"
generate_fasta(fasta_name, gbk_name)
##write_file()
sluiter = "//"
write_file(sluiter, gbk_name)
print "Klaar!"
stopwatch.stop()
def gff_conversie(gff_name, fasta_name, annot_file, gbk_name):
#Functie hernoemd van main naar gff_conversie
"""
De functie roept de andere functies aan:
het openen van de file, het maken van een multidimensionale lijst,
het filteren van de attributen, het maken van de genbank file en
het schrijven van de afsluitende tag //
"""
print "Merger maken"
merger = Merger(fasta_name)
refference(annot_file)
print "Merger klaar"
stopwatch = Statistiek()
make_gbk_file(gbk_name)
write_file('LOCUS PLACEHOLDER\n', gbk_name)
write_file('FEATURES\t\tLocation/Qualifiers\n', gbk_name)
write_file("PLACEHOLDER\n", gbk_name)
print "GFF bestand openen"
contigdict = merger.getdict()
dataBalancer(contigdict, gff_name, gbk_name)
print "Na verdeel"
print "Bestand genereren"
print "DO FASTA"
# print merger.get_fasta()
print "DONE FASTA"
highest_stop = 10
lowest_start = 1
insert_values(highest_stop, lowest_start, 2, gbk_name)
insert_values(highest_stop, "unspecified", 0, gbk_name)
print "Sequentie schrijven"
generate_fasta(fasta_name, gbk_name)
##write_file()
sluiter = "//"
write_file(sluiter, gbk_name)
print "Klaar!"
stopwatch.stop()
