def gff_conversie(gff_name, fasta_name, annot_file, gbk_name): #Functie hernoemd van main naar gff_conversie """ De functie roept de andere functies aan: het openen van de file, het maken van een multidimensionale lijst, het filteren van de attributen, het maken van de genbank file en het schrijven van de afsluitende tag // """ print "Merger maken" merger = Merger(fasta_name) refference(annot_file) print "Merger klaar" stopwatch = Statistiek() make_gbk_file(gbk_name) write_file('LOCUS PLACEHOLDER\n', gbk_name) write_file('FEATURES\t\tLocation/Qualifiers\n', gbk_name) write_file("PLACEHOLDER\n", gbk_name) print "GFF bestand openen" contigdict = merger.getdict() dataBalancer(contigdict, gff_name, gbk_name) print "Na verdeel" print "Bestand genereren" print "DO FASTA" # print merger.get_fasta() print "DONE FASTA" highest_stop = 10 lowest_start = 1 insert_values(highest_stop, lowest_start, 2, gbk_name) insert_values(highest_stop, "unspecified", 0, gbk_name) print "Sequentie schrijven" generate_fasta(fasta_name, gbk_name) ##write_file() sluiter = "//" write_file(sluiter, gbk_name) print "Klaar!" stopwatch.stop()