np.random.seed(SEED)
################################################################################
## PARAMETERS
################################################################################
from cellsim16popsParams_modified_ac_inh import multicompartment_params, \
point_neuron_network_params
#Full set of parameters including network parameters
params = multicompartment_params()
#set up the file destination
setup_file_dest(params, clearDestination=True)
###############################################################################
# MAIN simulation procedure
###############################################################################
#tic toc
tic = time()
######## Perform network simulation ############################################
##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class
networkParams = point_neuron_network_params()
nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams,
fname='microcircuit.sli',
np.random.seed(SEED)
################################################################################
## PARAMETERS
################################################################################
from cellsim16popsParams_default import multicompartment_params, \
point_neuron_network_params
#Full set of parameters including network parameters
params = multicompartment_params()
#set up the file destination
setup_file_dest(params, clearDestination=True)
###############################################################################
# MAIN simulation procedure
###############################################################################
#tic toc
tic = time()
######## Perform network simulation ############################################
##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class
networkParams = point_neuron_network_params()
nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams,
fname='microcircuit.sli',
#but here all presynaptic senders are also postsynaptic targets
PS.update(dict(
mapping_Yy = list(zip(PS.X, PS.X))
))
################################################################################
# MAIN simulation procedure #
################################################################################
#tic toc
tic = time()
######### Perform network simulation ###########################################
if properrun:
#set up the file destination, removing old results by default
setup_file_dest(PS, clearDestination=True)
if properrun:
#execute network simulation
BN.simulate()
#wait for the network simulation to finish, resync MPI threads
COMM.Barrier()
#Create an object representation containing the spiking activity of the network
#simulation output that uses sqlite3. Again, kwargs are derived from the brunel
#network instance.
networkSim = CachedNetwork(
simtime = BN.simtime,
dt = BN.dt,
if parameter_set_file.endswith('python') or parameter_set_file.endswith('.py'):
ps_id = helpers.get_unique_id(psc.base_parameters)
parameter_set_file = os.path.join('parameters', ps_id + '.sli')
else:
ps_id = os.path.split(sys.argv[-1])[-1][:-4]
#get corresponding parameterSet dictionary
PS, PSET = get_LFP_parameters(parameter_set_file, ps_id)
################################################################################
# MAIN simulation procedure #
################################################################################
if PROPERRUN:
#set up the file destination, removing old results by default
setup_file_dest(PS, clearDestination=False)
#wait for operation to finish
COMM.Barrier()
if RANK == 0:
simstats = file(os.path.join(PS.savefolder, 'simstats.dat'), 'w')
#tic toc
tic = time()
ticc = tic
#Create an object representation containing the spiking activity of the network
#simulation output that uses sqlite3.
networkSim = CachedTopoNetwork(**PS.network_params)