np.random.seed(SEED)



################################################################################
## PARAMETERS
################################################################################

from cellsim16popsParams_modified_ac_inh import multicompartment_params, \
                                point_neuron_network_params

#Full set of parameters including network parameters
params = multicompartment_params()

#set up the file destination
setup_file_dest(params, clearDestination=True)


###############################################################################
# MAIN simulation procedure
###############################################################################

#tic toc
tic = time()

######## Perform network simulation ############################################

##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class
networkParams = point_neuron_network_params()
nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams,
                       fname='microcircuit.sli',
np.random.seed(SEED)



################################################################################
## PARAMETERS
################################################################################

from cellsim16popsParams_default import multicompartment_params, \
                                point_neuron_network_params

#Full set of parameters including network parameters
params = multicompartment_params()

#set up the file destination
setup_file_dest(params, clearDestination=True)


###############################################################################
# MAIN simulation procedure
###############################################################################

#tic toc
tic = time()

######## Perform network simulation ############################################

##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class
networkParams = point_neuron_network_params()
nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams,
                       fname='microcircuit.sli',
Beispiel #3
0
#but here all presynaptic senders are also postsynaptic targets
PS.update(dict(
    mapping_Yy = list(zip(PS.X, PS.X))
))

################################################################################
# MAIN simulation procedure                                                    #
################################################################################

#tic toc
tic = time()

######### Perform network simulation ###########################################
if properrun:
    #set up the file destination, removing old results by default
    setup_file_dest(PS, clearDestination=True)

if properrun:
    #execute network simulation
    BN.simulate()

#wait for the network simulation to finish, resync MPI threads
COMM.Barrier()


#Create an object representation containing the spiking activity of the network
#simulation output that uses sqlite3. Again, kwargs are derived from the brunel
#network instance.
networkSim = CachedNetwork(
    simtime = BN.simtime,
    dt = BN.dt,
Beispiel #4
0
if parameter_set_file.endswith('python') or parameter_set_file.endswith('.py'):
    ps_id = helpers.get_unique_id(psc.base_parameters)
    parameter_set_file = os.path.join('parameters', ps_id + '.sli')
else:
    ps_id = os.path.split(sys.argv[-1])[-1][:-4]

#get corresponding parameterSet dictionary
PS, PSET = get_LFP_parameters(parameter_set_file, ps_id)

################################################################################
# MAIN simulation procedure                                                    #
################################################################################

if PROPERRUN:
    #set up the file destination, removing old results by default
    setup_file_dest(PS, clearDestination=False)

#wait for operation to finish
COMM.Barrier()

if RANK == 0:
    simstats = file(os.path.join(PS.savefolder, 'simstats.dat'), 'w')

#tic toc
tic = time()
ticc = tic

#Create an object representation containing the spiking activity of the network
#simulation output that uses sqlite3.
networkSim = CachedTopoNetwork(**PS.network_params)