if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
op.add_option('-p', '--inputPop', default=None)
op.add_option('-s', '--stepNumber', default=None)
op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None)
op.add_option('-a', '--rotamerLibrary', default=None)
op.add_option('-f', '--forceField', default=None)
op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
op.add_option('-o', '--filehtml', default=None)
op.add_option('-d', '--htmlfiledir', default=None)
op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-b', '--createCompressFile', default=None)
op.add_option('-c', '--outputZip', default=None)
op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
op.add_option('-g', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None)
opts, args = op.parse_args()
random = Random2PG(opts)
random.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
random.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('random.run_Random()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(random.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == "__main__":
op = optparse.OptionParser()
op.add_option("-g", "--numberGeration", default=None)
op.add_option("-i", "--inputFasta", default=None)
op.add_option("-p", "--inputPop", default=None)
op.add_option("-m", "--howManyRotation", default=None)
op.add_option("-l", "--rotamerLibrary", default=None)
op.add_option("-f", "--inputFitness", default=None)
op.add_option("-w", "--fromFasta", default=None)
op.add_option("-e", "--inputEmail", default=None)
op.add_option("-t", "--toolname", default=None)
op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None)
op.add_option("-k", "--htmlfiledir", default=None)
op.add_option("-z", "--filehtml", default=None)
op.add_option("-a", "--createCompressFile", default=None)
op.add_option("-b", "--outputZip", default=None)
op.add_option("-x", "--useJmol", default=None)
op.add_option("-c", "--datasetID", default=None)
op.add_option("-n", "--runMinimization", default=None)
opts, args = op.parse_args()
nsga2 = NSGAII2PG(opts)
nsga2.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
nsga2.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run("nsga2.run_NSGAII()", "profileout.txt")
clear_path_execute(nsga2.path_runs.get_path_execution())
parser.add_argument('HydrogenBond')
parser.add_argument('Torsion')
parser.add_argument('fromFasta')
parser.add_argument('SequenceFile')
parser.add_argument('UseAngleDB')
parser.add_argument('AminoAcidL')
parser.add_argument('PopSize')
parser.add_argument('SelSize')
parser.add_argument('MaxParents')
parser.add_argument('MixtureComponents')
parser.add_argument('filehtml')
parser.add_argument('htmlfiledir')
parser.add_argument('createCompressFile')
parser.add_argument('outputZip')
parser.add_argument('datasetID')
parser.add_argument('useJmol')
parser.add_argument('inputEmail')
parser.add_argument('toolname')
parser.add_argument('galaxyroot')
parser.add_argument('runMinimization')
parser.parse_args(namespace=ap)
protpred_eda = ProtPredEDArBOA(ap)
protpred_eda.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
protpred_eda.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('protpred_eda.main()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(protpred_eda.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputPDBRef', default=None)
op.add_option('-a', '--inputPDBRefName', default=None)
op.add_option('-p', '--inputPdbs', default=None)
op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
op.add_option('-b', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None)
op.add_option('-c', '--renameAtoms', default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.htmlfiledir):
os.makedirs(opts.htmlfiledir)
calcrmsd = CalculateRMSD(opts)
calcrmsd.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
calcrmsd.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('calcrmsd.run_CalculateRMSD()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(calcrmsd.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None)
op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-a', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None)
op.add_option('-b', '--renameAtoms', default=None)
opts, args = op.parse_args()
os.chdir(opts.galaxyroot)
if not os.path.exists(opts.htmlfiledir):
os.makedirs(opts.htmlfiledir)
sort = SortByFront(opts)
sort.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
sort.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('sort.run_SortByFront()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(sort.path_runs.get_path_execution())
self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.toolname)
send_output_results(path_output, file_output, result)
except Exception, e:
show_error_message(str(e))
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
op.add_option('-s', '--sizePopulation', default=None)
op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None)
op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None)
op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None)
op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None)
op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None)
op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
op.add_option('-o', '--output', default=None)
op.add_option('-g', '--outputdir', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.outputdir):
os.makedirs(opts.outputdir)
bp = BuildPopulationMEAMT(opts)
cProfile.run('bp.main()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(bp.path_runs.get_path_execution())
path_output,
file_output,
os.path.join(
self.path_runs.get_path_execution(), '%s.zip' % self.opts.toolname))
except Exception, e:
show_error_message(str(e))
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputPDB', default=None)
op.add_option('-n', '--pdbName', default=None)
op.add_option('-o', '--output', default=None)
op.add_option('-d', '--outputdir', default=None)
op.add_option('-e', '--createCompressFile', default=None)
op.add_option('-c', '--outputID', default=None)
op.add_option('-z', '--outputZip', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.outputdir):
os.makedirs(opts.outputdir)
splitpdb = SplitPDB(opts)
cProfile.run('splitpdb.run_SplitPDB()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(splitpdb.path_runs.get_path_execution())
)
path_output, file_output = os.path.split(self.opts.output)
send_output_results(
path_output, file_output, os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.pdbName)
)
except Exception, e:
show_error_message(str(e))
if __name__ == "__main__":
op = optparse.OptionParser()
op.add_option("-i", "--inputPDB", default=None)
op.add_option("-f", "--forceField", default="amber99sb-ildn")
op.add_option("-n", "--pdbName", default=None)
op.add_option("-o", "--output", default=None)
op.add_option("-d", "--outputdir", default=None)
op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.outputdir):
os.makedirs(opts.outputdir)
rnatoms = RenameAtoms(opts)
cProfile.run("rnatoms.run_RenameAtoms()", "profileout.txt")
clear_path_execute(rnatoms.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-g', '--numberGeration', default=None)
op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
op.add_option('-p', '--inputPop', default=None)
op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None)
op.add_option('-l', '--rotamerLibrary', default=None)
op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None)
op.add_option('-c', '--forceField', default=None)
op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
op.add_option('-a', '--createCompressFile', default=None)
op.add_option('-b', '--outputZip', default=None)
op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
op.add_option('-d', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None)
opts, args = op.parse_args()
mono_2pg = Mono2PG(opts)
mono_2pg.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
mono_2pg.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('mono_2pg.run_Mono2PG()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(mono_2pg.path_runs.get_path_execution())
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
op.add_option('-s', '--inputPop', default=None)
op.add_option('-n', '--numberGeneration', default=None)
op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None)
op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None)
op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None)
op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None)
op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None)
op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
op.add_option('-o', '--filehtml', default=None)
op.add_option('-g', '--htmlfiledir', default=None)
op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-m', '--outputZip', default=None)
op.add_option('-p', '--createCompressFile', default=None)
op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
op.add_option('-f', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-z', '--runMinimization', default=None)
opts, args = op.parse_args()
meamt = MEAMT(opts)
meamt.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
meamt.initTime = datetime.datetime.now()
cProfile.run('meamt.main()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(meamt.path_runs.get_path_execution())
path_output,
[os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.check_pdb_log)],
self.opts.galaxydir,
self.opts.outputID)
except Exception, e:
show_error_message(str(e))
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
op.add_option('-f', '--forceField', default='amber99sb-ildn')
op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
op.add_option('-o', '--output', default=None)
op.add_option('-d', '--outputdir', default=None)
op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-c', '--outputID', default=None)
op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.outputdir):
os.makedirs(opts.outputdir)
checkpdb = CheckPDBStructure(opts)
cProfile.run('checkpdb.run_CheckPDBStructure()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(checkpdb.path_runs.get_path_execution())
self.opts.inputPDBs)
pdbs = list_directory(self.path_runs.get_path_execution(), "*.pdb")
newpdb = merge_pdb(self.path_runs.get_path_execution(), pdbs)
path_output, file_output = os.path.split(self.opts.fileoutput)
send_output_results(path_output, file_output, newpdb)
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
op.add_option('-k', '--outputdir', default=None)
op.add_option('-z', '--fileoutput', default=None)
op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
op.add_option('-a', '--datasetID', default=None)
op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
opts, args = op.parse_args()
if not os.path.exists(opts.outputdir):
os.makedirs(opts.outputdir)
merge = MergePDB(opts)
cProfile.run('merge.run_MergePDB()', 'profileout.txt')
clear_path_execute(merge.path_runs.get_path_execution())