Beispiel #1
0
if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
    op.add_option('-p', '--inputPop', default=None)
    op.add_option('-s', '--stepNumber', default=None)
    op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None)
    op.add_option('-a', '--rotamerLibrary', default=None)
    op.add_option('-f', '--forceField', default=None)
    op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
    op.add_option('-o', '--filehtml', default=None)
    op.add_option('-d', '--htmlfiledir', default=None)
    op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-b', '--createCompressFile', default=None)
    op.add_option('-c', '--outputZip', default=None)
    op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
    op.add_option('-g', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None)

    opts, args = op.parse_args()

    random = Random2PG(opts)

    random.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    random.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('random.run_Random()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(random.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #2
0
if __name__ == "__main__":
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option("-g", "--numberGeration", default=None)
    op.add_option("-i", "--inputFasta", default=None)
    op.add_option("-p", "--inputPop", default=None)
    op.add_option("-m", "--howManyRotation", default=None)
    op.add_option("-l", "--rotamerLibrary", default=None)
    op.add_option("-f", "--inputFitness", default=None)
    op.add_option("-w", "--fromFasta", default=None)
    op.add_option("-e", "--inputEmail", default=None)
    op.add_option("-t", "--toolname", default=None)
    op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None)
    op.add_option("-k", "--htmlfiledir", default=None)
    op.add_option("-z", "--filehtml", default=None)
    op.add_option("-a", "--createCompressFile", default=None)
    op.add_option("-b", "--outputZip", default=None)
    op.add_option("-x", "--useJmol", default=None)
    op.add_option("-c", "--datasetID", default=None)
    op.add_option("-n", "--runMinimization", default=None)

    opts, args = op.parse_args()

    nsga2 = NSGAII2PG(opts)

    nsga2.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    nsga2.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run("nsga2.run_NSGAII()", "profileout.txt")

    clear_path_execute(nsga2.path_runs.get_path_execution())
    parser.add_argument('HydrogenBond')
    parser.add_argument('Torsion')
    parser.add_argument('fromFasta')
    parser.add_argument('SequenceFile')
    parser.add_argument('UseAngleDB')
    parser.add_argument('AminoAcidL')
    parser.add_argument('PopSize')
    parser.add_argument('SelSize')
    parser.add_argument('MaxParents')
    parser.add_argument('MixtureComponents')
    parser.add_argument('filehtml')
    parser.add_argument('htmlfiledir')
    parser.add_argument('createCompressFile')
    parser.add_argument('outputZip')
    parser.add_argument('datasetID')
    parser.add_argument('useJmol')
    parser.add_argument('inputEmail')
    parser.add_argument('toolname')
    parser.add_argument('galaxyroot')
    parser.add_argument('runMinimization')
    parser.parse_args(namespace=ap)

    protpred_eda = ProtPredEDArBOA(ap)

    protpred_eda.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    protpred_eda.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('protpred_eda.main()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(protpred_eda.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputPDBRef', default=None)
    op.add_option('-a', '--inputPDBRefName', default=None)
    op.add_option('-p', '--inputPdbs', default=None)
    op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
    op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
    op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
    op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
    op.add_option('-b', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None)
    op.add_option('-c', '--renameAtoms', default=None)

    opts, args = op.parse_args()

    if not os.path.exists(opts.htmlfiledir):
        os.makedirs(opts.htmlfiledir)

    calcrmsd = CalculateRMSD(opts)

    calcrmsd.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    calcrmsd.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('calcrmsd.run_CalculateRMSD()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(calcrmsd.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
    op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None)
    op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
    op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
    op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-a', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
    op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
    op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None)
    op.add_option('-b', '--renameAtoms', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    os.chdir(opts.galaxyroot)

    if not os.path.exists(opts.htmlfiledir):
        os.makedirs(opts.htmlfiledir)

    sort = SortByFront(opts)

    sort.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    sort.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('sort.run_SortByFront()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(sort.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #6
0
                self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.toolname)

            send_output_results(path_output, file_output, result)

        except Exception, e:
            show_error_message(str(e))

if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
    op.add_option('-s', '--sizePopulation', default=None)
    op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None)
    op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None)
    op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None)
    op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None)
    op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None)
    op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
    op.add_option('-o', '--output', default=None)
    op.add_option('-g', '--outputdir', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    if not os.path.exists(opts.outputdir):
        os.makedirs(opts.outputdir)

    bp = BuildPopulationMEAMT(opts)
    cProfile.run('bp.main()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(bp.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #7
0
                            path_output,
                            file_output,
                            os.path.join(
                                self.path_runs.get_path_execution(), '%s.zip' % self.opts.toolname))

        except Exception, e:
            show_error_message(str(e))

if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputPDB', default=None)
    op.add_option('-n', '--pdbName', default=None)
    op.add_option('-o', '--output', default=None)
    op.add_option('-d', '--outputdir', default=None)
    op.add_option('-e', '--createCompressFile', default=None)
    op.add_option('-c', '--outputID', default=None)
    op.add_option('-z', '--outputZip', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    if not os.path.exists(opts.outputdir):
        os.makedirs(opts.outputdir)

    splitpdb = SplitPDB(opts)

    cProfile.run('splitpdb.run_SplitPDB()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(splitpdb.path_runs.get_path_execution())
            )

            path_output, file_output = os.path.split(self.opts.output)

            send_output_results(
                path_output, file_output, os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.pdbName)
            )

        except Exception, e:
            show_error_message(str(e))


if __name__ == "__main__":
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option("-i", "--inputPDB", default=None)
    op.add_option("-f", "--forceField", default="amber99sb-ildn")
    op.add_option("-n", "--pdbName", default=None)
    op.add_option("-o", "--output", default=None)
    op.add_option("-d", "--outputdir", default=None)
    op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None)

    opts, args = op.parse_args()
    if not os.path.exists(opts.outputdir):
        os.makedirs(opts.outputdir)

    rnatoms = RenameAtoms(opts)

    cProfile.run("rnatoms.run_RenameAtoms()", "profileout.txt")

    clear_path_execute(rnatoms.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #9
0
if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-g', '--numberGeration', default=None)
    op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
    op.add_option('-p', '--inputPop', default=None)
    op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None)
    op.add_option('-l', '--rotamerLibrary', default=None)
    op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None)
    op.add_option('-c', '--forceField', default=None)
    op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
    op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None)
    op.add_option('-z', '--filehtml', default=None)
    op.add_option('-a', '--createCompressFile', default=None)
    op.add_option('-b', '--outputZip', default=None)
    op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
    op.add_option('-d', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    mono_2pg = Mono2PG(opts)

    mono_2pg.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    mono_2pg.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('mono_2pg.run_Mono2PG()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(mono_2pg.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #10
0
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None)
    op.add_option('-s', '--inputPop', default=None)
    op.add_option('-n', '--numberGeneration', default=None)
    op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None)
    op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None)
    op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None)
    op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None)
    op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None)
    op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None)
    op.add_option('-o', '--filehtml', default=None)
    op.add_option('-g', '--htmlfiledir', default=None)
    op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-m', '--outputZip', default=None)
    op.add_option('-p', '--createCompressFile', default=None)
    op.add_option('-x', '--useJmol', default=None)
    op.add_option('-f', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-z', '--runMinimization', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    meamt = MEAMT(opts)

    meamt.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now())
    meamt.initTime = datetime.datetime.now()

    cProfile.run('meamt.main()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(meamt.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #11
0
                        path_output,
                        [os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.check_pdb_log)],
                        self.opts.galaxydir,
                        self.opts.outputID)

        except Exception, e:
            show_error_message(str(e))

if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
    op.add_option('-f', '--forceField', default='amber99sb-ildn')
    op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
    op.add_option('-o', '--output', default=None)
    op.add_option('-d', '--outputdir', default=None)
    op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-c', '--outputID', default=None)
    op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    if not os.path.exists(opts.outputdir):
        os.makedirs(opts.outputdir)

    checkpdb = CheckPDBStructure(opts)

    cProfile.run('checkpdb.run_CheckPDBStructure()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(checkpdb.path_runs.get_path_execution())
Beispiel #12
0
                        self.opts.inputPDBs)

        pdbs = list_directory(self.path_runs.get_path_execution(), "*.pdb")

        newpdb = merge_pdb(self.path_runs.get_path_execution(), pdbs)

        path_output, file_output = os.path.split(self.opts.fileoutput)

        send_output_results(path_output, file_output, newpdb)

if __name__ == '__main__':
    op = optparse.OptionParser()
    op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None)
    op.add_option('-k', '--outputdir', default=None)
    op.add_option('-z', '--fileoutput', default=None)
    op.add_option('-n', '--inputnames', default=None)
    op.add_option('-t', '--toolname', default=None)
    op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None)
    op.add_option('-a', '--datasetID', default=None)
    op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None)
    opts, args = op.parse_args()

    if not os.path.exists(opts.outputdir):
        os.makedirs(opts.outputdir)

    merge = MergePDB(opts)

    cProfile.run('merge.run_MergePDB()', 'profileout.txt')

    clear_path_execute(merge.path_runs.get_path_execution())