if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None) op.add_option('-p', '--inputPop', default=None) op.add_option('-s', '--stepNumber', default=None) op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None) op.add_option('-a', '--rotamerLibrary', default=None) op.add_option('-f', '--forceField', default=None) op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None) op.add_option('-o', '--filehtml', default=None) op.add_option('-d', '--htmlfiledir', default=None) op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-b', '--createCompressFile', default=None) op.add_option('-c', '--outputZip', default=None) op.add_option('-x', '--useJmol', default=None) op.add_option('-g', '--datasetID', default=None) op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None) opts, args = op.parse_args() random = Random2PG(opts) random.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) random.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('random.run_Random()', 'profileout.txt') clear_path_execute(random.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == "__main__": op = optparse.OptionParser() op.add_option("-g", "--numberGeration", default=None) op.add_option("-i", "--inputFasta", default=None) op.add_option("-p", "--inputPop", default=None) op.add_option("-m", "--howManyRotation", default=None) op.add_option("-l", "--rotamerLibrary", default=None) op.add_option("-f", "--inputFitness", default=None) op.add_option("-w", "--fromFasta", default=None) op.add_option("-e", "--inputEmail", default=None) op.add_option("-t", "--toolname", default=None) op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None) op.add_option("-k", "--htmlfiledir", default=None) op.add_option("-z", "--filehtml", default=None) op.add_option("-a", "--createCompressFile", default=None) op.add_option("-b", "--outputZip", default=None) op.add_option("-x", "--useJmol", default=None) op.add_option("-c", "--datasetID", default=None) op.add_option("-n", "--runMinimization", default=None) opts, args = op.parse_args() nsga2 = NSGAII2PG(opts) nsga2.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) nsga2.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run("nsga2.run_NSGAII()", "profileout.txt") clear_path_execute(nsga2.path_runs.get_path_execution())
parser.add_argument('HydrogenBond') parser.add_argument('Torsion') parser.add_argument('fromFasta') parser.add_argument('SequenceFile') parser.add_argument('UseAngleDB') parser.add_argument('AminoAcidL') parser.add_argument('PopSize') parser.add_argument('SelSize') parser.add_argument('MaxParents') parser.add_argument('MixtureComponents') parser.add_argument('filehtml') parser.add_argument('htmlfiledir') parser.add_argument('createCompressFile') parser.add_argument('outputZip') parser.add_argument('datasetID') parser.add_argument('useJmol') parser.add_argument('inputEmail') parser.add_argument('toolname') parser.add_argument('galaxyroot') parser.add_argument('runMinimization') parser.parse_args(namespace=ap) protpred_eda = ProtPredEDArBOA(ap) protpred_eda.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) protpred_eda.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('protpred_eda.main()', 'profileout.txt') clear_path_execute(protpred_eda.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputPDBRef', default=None) op.add_option('-a', '--inputPDBRefName', default=None) op.add_option('-p', '--inputPdbs', default=None) op.add_option('-z', '--filehtml', default=None) op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-n', '--inputnames', default=None) op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None) op.add_option('-x', '--useJmol', default=None) op.add_option('-b', '--datasetID', default=None) op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None) op.add_option('-c', '--renameAtoms', default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.htmlfiledir): os.makedirs(opts.htmlfiledir) calcrmsd = CalculateRMSD(opts) calcrmsd.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) calcrmsd.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('calcrmsd.run_CalculateRMSD()', 'profileout.txt') clear_path_execute(calcrmsd.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None) op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None) op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None) op.add_option('-z', '--filehtml', default=None) op.add_option('-n', '--inputnames', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-a', '--datasetID', default=None) op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None) op.add_option('-x', '--useJmol', default=None) op.add_option('-y', '--checkStructures', default=None) op.add_option('-b', '--renameAtoms', default=None) opts, args = op.parse_args() os.chdir(opts.galaxyroot) if not os.path.exists(opts.htmlfiledir): os.makedirs(opts.htmlfiledir) sort = SortByFront(opts) sort.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) sort.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('sort.run_SortByFront()', 'profileout.txt') clear_path_execute(sort.path_runs.get_path_execution())
self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.toolname) send_output_results(path_output, file_output, result) except Exception, e: show_error_message(str(e)) if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None) op.add_option('-s', '--sizePopulation', default=None) op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None) op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None) op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None) op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None) op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None) op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None) op.add_option('-o', '--output', default=None) op.add_option('-g', '--outputdir', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.outputdir): os.makedirs(opts.outputdir) bp = BuildPopulationMEAMT(opts) cProfile.run('bp.main()', 'profileout.txt') clear_path_execute(bp.path_runs.get_path_execution())
path_output, file_output, os.path.join( self.path_runs.get_path_execution(), '%s.zip' % self.opts.toolname)) except Exception, e: show_error_message(str(e)) if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputPDB', default=None) op.add_option('-n', '--pdbName', default=None) op.add_option('-o', '--output', default=None) op.add_option('-d', '--outputdir', default=None) op.add_option('-e', '--createCompressFile', default=None) op.add_option('-c', '--outputID', default=None) op.add_option('-z', '--outputZip', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.outputdir): os.makedirs(opts.outputdir) splitpdb = SplitPDB(opts) cProfile.run('splitpdb.run_SplitPDB()', 'profileout.txt') clear_path_execute(splitpdb.path_runs.get_path_execution())
) path_output, file_output = os.path.split(self.opts.output) send_output_results( path_output, file_output, os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.opts.pdbName) ) except Exception, e: show_error_message(str(e)) if __name__ == "__main__": op = optparse.OptionParser() op.add_option("-i", "--inputPDB", default=None) op.add_option("-f", "--forceField", default="amber99sb-ildn") op.add_option("-n", "--pdbName", default=None) op.add_option("-o", "--output", default=None) op.add_option("-d", "--outputdir", default=None) op.add_option("-r", "--galaxyroot", default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.outputdir): os.makedirs(opts.outputdir) rnatoms = RenameAtoms(opts) cProfile.run("rnatoms.run_RenameAtoms()", "profileout.txt") clear_path_execute(rnatoms.path_runs.get_path_execution())
if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-g', '--numberGeration', default=None) op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None) op.add_option('-p', '--inputPop', default=None) op.add_option('-m', '--howManyRotation', default=None) op.add_option('-l', '--rotamerLibrary', default=None) op.add_option('-f', '--inputFitness', default=None) op.add_option('-c', '--forceField', default=None) op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None) op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-k', '--htmlfiledir', default=None) op.add_option('-z', '--filehtml', default=None) op.add_option('-a', '--createCompressFile', default=None) op.add_option('-b', '--outputZip', default=None) op.add_option('-x', '--useJmol', default=None) op.add_option('-d', '--datasetID', default=None) op.add_option('-n', '--runMinimization', default=None) opts, args = op.parse_args() mono_2pg = Mono2PG(opts) mono_2pg.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) mono_2pg.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('mono_2pg.run_Mono2PG()', 'profileout.txt') clear_path_execute(mono_2pg.path_runs.get_path_execution())
op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputFasta', default=None) op.add_option('-s', '--inputPop', default=None) op.add_option('-n', '--numberGeneration', default=None) op.add_option('-l', '--fitnessEnergy', default=None) op.add_option('-a', '--VanderWaalsWeight', default=None) op.add_option('-b', '--HbondWeight', default=None) op.add_option('-c', '--SolvWeight', default=None) op.add_option('-d', '--ChargeWeight', default=None) op.add_option('-w', '--fromFasta', default=None) op.add_option('-o', '--filehtml', default=None) op.add_option('-g', '--htmlfiledir', default=None) op.add_option('-e', '--inputEmail', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-m', '--outputZip', default=None) op.add_option('-p', '--createCompressFile', default=None) op.add_option('-x', '--useJmol', default=None) op.add_option('-f', '--datasetID', default=None) op.add_option('-z', '--runMinimization', default=None) opts, args = op.parse_args() meamt = MEAMT(opts) meamt.time_execution.set_job_start(datetime.datetime.now()) meamt.initTime = datetime.datetime.now() cProfile.run('meamt.main()', 'profileout.txt') clear_path_execute(meamt.path_runs.get_path_execution())
path_output, [os.path.join(self.path_runs.get_path_execution(), self.check_pdb_log)], self.opts.galaxydir, self.opts.outputID) except Exception, e: show_error_message(str(e)) if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None) op.add_option('-f', '--forceField', default='amber99sb-ildn') op.add_option('-n', '--inputnames', default=None) op.add_option('-o', '--output', default=None) op.add_option('-d', '--outputdir', default=None) op.add_option('-r', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-c', '--outputID', default=None) op.add_option('-g', '--galaxydir', default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.outputdir): os.makedirs(opts.outputdir) checkpdb = CheckPDBStructure(opts) cProfile.run('checkpdb.run_CheckPDBStructure()', 'profileout.txt') clear_path_execute(checkpdb.path_runs.get_path_execution())
self.opts.inputPDBs) pdbs = list_directory(self.path_runs.get_path_execution(), "*.pdb") newpdb = merge_pdb(self.path_runs.get_path_execution(), pdbs) path_output, file_output = os.path.split(self.opts.fileoutput) send_output_results(path_output, file_output, newpdb) if __name__ == '__main__': op = optparse.OptionParser() op.add_option('-i', '--inputPDBs', default=None) op.add_option('-k', '--outputdir', default=None) op.add_option('-z', '--fileoutput', default=None) op.add_option('-n', '--inputnames', default=None) op.add_option('-t', '--toolname', default=None) op.add_option('-g', '--galaxyroot', default=None) op.add_option('-a', '--datasetID', default=None) op.add_option('-s', '--compressedFile', default=None) opts, args = op.parse_args() if not os.path.exists(opts.outputdir): os.makedirs(opts.outputdir) merge = MergePDB(opts) cProfile.run('merge.run_MergePDB()', 'profileout.txt') clear_path_execute(merge.path_runs.get_path_execution())