def getOptionDefaults(self) :
self.configScriptDir=scriptDir
defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'alignerMode' : "isaac",
'runDir' : 'MantaWorkflow',
'isExome' : False,
'binSize' : 25000000,
'nonlocalWorkBins' : 128
})
return defaults
def getOptionDefaults(self) :
self.configScriptDir=scriptDir
defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'runDir' : 'MantaWorkflow',
'isExome' : False,
'isRNA' : False,
'isUnstrandedRNA' : False,
'useExistingAlignStats' : False,
'useExistingChromDepths' : False,
'nonlocalWorkBins' : 256
})
return defaults
def getOptionDefaults(self):
self.configScriptDir = scriptDir
defaults = MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'alignerMode': "isaac",
'runDir': 'MantaWorkflow',
'isExome': False,
'isRNA': False,
'useExistingAlignStats': False,
'useExistingChromDepths': False,
'scanSizeMb': 12,
'nonlocalWorkBins': 256
})
return defaults
def getOptionDefaults(self) :
self.configScriptDir=scriptDir
defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'alignerMode' : "isaac",
'runDir' : 'MantaWorkflow',
'isExome' : False,
'isRNA' : False,
'useExistingAlignStats' : False,
'useExistingChromDepths' : False,
'scanSizeMb' : 12,
'nonlocalWorkBins' : 256
})
return defaults
def getOptionDefaults(self):
self.configScriptDir = scriptDir
defaults = MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'runDir': 'MantaWorkflow',
'isExome': False,
'isRNA': False,
'isOutputContig': False,
'isUnstrandedRNA': False,
'useExistingChromDepths': False,
'isRetainTempFiles': False,
'isGenerateSupportBam': False,
'nonlocalWorkBins': 256
})
return defaults
def getOptionDefaults(self) :
self.configScriptDir=scriptDir
defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
defaults.update({
'runDir' : 'MantaWorkflow',
'isExome' : False,
'isRNA' : False,
'isOutputContig' : False,
'isUnstrandedRNA' : False,
'existingAlignStatsFile' : None,
'useExistingChromDepths' : False,
'isRetainTempFiles' : False,
'isGenerateSupportBam' : False,
'nonlocalWorkBins' : 256
})
return defaults