Python MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults示例

示例#1

文件： configManta.py 项目： avilella/manta

 def getOptionDefaults(self) :
     self.configScriptDir=scriptDir
     defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
     defaults.update({
         'alignerMode' : "isaac",
         'runDir' : 'MantaWorkflow',
         'isExome' : False,
         'binSize' : 25000000,
         'nonlocalWorkBins' : 128
                       })
     return defaults

示例#2

文件： configManta.py 项目： EthidiumIodide/manta

    def getOptionDefaults(self) :

        self.configScriptDir=scriptDir
        defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
        defaults.update({
            'runDir' : 'MantaWorkflow',
            'isExome' : False,
            'isRNA' : False,
            'isUnstrandedRNA' : False,
            'useExistingAlignStats' : False,
            'useExistingChromDepths' : False,
            'nonlocalWorkBins' : 256
                          })
        return defaults

示例#3

文件： configManta.py 项目： aminzia/manta

    def getOptionDefaults(self):

        self.configScriptDir = scriptDir
        defaults = MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
        defaults.update({
            'alignerMode': "isaac",
            'runDir': 'MantaWorkflow',
            'isExome': False,
            'isRNA': False,
            'useExistingAlignStats': False,
            'useExistingChromDepths': False,
            'scanSizeMb': 12,
            'nonlocalWorkBins': 256
        })
        return defaults

示例#4

文件： configManta.py 项目： aminzia/manta

    def getOptionDefaults(self) :

        self.configScriptDir=scriptDir
        defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
        defaults.update({
            'alignerMode' : "isaac",
            'runDir' : 'MantaWorkflow',
            'isExome' : False,
            'isRNA' : False,
            'useExistingAlignStats' : False,
            'useExistingChromDepths' : False,
            'scanSizeMb' : 12,
            'nonlocalWorkBins' : 256
                          })
        return defaults

示例#5

文件： configManta.py 项目： chungtseng/manta

    def getOptionDefaults(self):

        self.configScriptDir = scriptDir
        defaults = MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
        defaults.update({
            'runDir': 'MantaWorkflow',
            'isExome': False,
            'isRNA': False,
            'isOutputContig': False,
            'isUnstrandedRNA': False,
            'useExistingChromDepths': False,
            'isRetainTempFiles': False,
            'isGenerateSupportBam': False,
            'nonlocalWorkBins': 256
        })
        return defaults

示例#6

文件： configManta.py 项目： Illumina/manta

    def getOptionDefaults(self) :

        self.configScriptDir=scriptDir
        defaults=MantaWorkflowOptionsBase.getOptionDefaults(self)
        defaults.update({
            'runDir' : 'MantaWorkflow',
            'isExome' : False,
            'isRNA' : False,
            'isOutputContig' : False,
            'isUnstrandedRNA' : False,
            'existingAlignStatsFile' : None,
            'useExistingChromDepths' : False,
            'isRetainTempFiles' : False,
            'isGenerateSupportBam' : False,
            'nonlocalWorkBins' : 256
                          })
        return defaults