def test_genomicrange_intersect4(): gen_range1 = gff.GenomicRange(seq_id='seq1', strand='+', start=10, end=20) gen_range2 = gff.GenomicRange(seq_id='seq1', strand='+', start=12, end=18) gen_range_u = gen_range1 & gen_range2 assert len(gen_range_u) == len(gen_range2)
def test_genomicrange_intersect_fail(seq1, strand1, s1, e1, seq2, strand2, s2, e2): gen_range1 = gff.GenomicRange() gen_range1.seq_id = seq1 gen_range1.strand = strand1 gen_range1.start = s1 gen_range1.end = e1 gen_range2 = gff.GenomicRange() gen_range2.seq_id = seq2 gen_range2.strand = strand2 gen_range2.start = s2 gen_range2.end = e2 gen_range_u = gen_range2.intersect(gen_range1) assert gen_range_u is None
def test_genomicrange_intersect1(start2, end2, seq2, strand2, result): gen_range1 = gff.GenomicRange() gen_range1.seq_id = 'seq1' gen_range1.strand = '+' gen_range1.start = 10 gen_range1.end = 20 gen_range2 = gff.GenomicRange() gen_range2.seq_id = seq2 gen_range2.strand = strand2 gen_range2.start = start2 gen_range2.end = end2 gen_range_u = gen_range1.intersect(gen_range2) assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == result
def test_genomicrange_union2(): gen_range1 = gff.GenomicRange() gen_range1.seq_id = 'seq1' gen_range1.strand = '+' gen_range1.start = 10 gen_range1.end = 20 gen_range2 = gff.GenomicRange() gen_range2.seq_id = 'seq1' gen_range2.strand = '+' gen_range2.start = 21 gen_range2.end = 30 gen_range_u = gen_range1 | gen_range2 assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == (10, 30)
def test_genomicrange_union_fail(start2, end2, seq2, strand2): gen_range1 = gff.GenomicRange() gen_range1.seq_id = 'seq1' gen_range1.strand = '+' gen_range1.start = 10 gen_range1.end = 20 gen_range2 = gff.GenomicRange() gen_range2.seq_id = seq2 gen_range2.strand = strand2 gen_range2.start = start2 gen_range2.end = end2 gen_range_u = gen_range1.union(gen_range2) assert gen_range_u is None
def test_genomicrange_union1(start2, end2, ustart, uend): gen_range1 = gff.GenomicRange() gen_range1.seq_id = 'seq1' gen_range1.strand = '+' gen_range1.start = 10 gen_range1.end = 20 gen_range2 = gff.GenomicRange() gen_range2.seq_id = 'seq1' gen_range2.strand = '+' gen_range2.start = start2 gen_range2.end = end2 gen_range_u = gen_range1.union(gen_range2) assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == (ustart, uend)
def test_genomicrange_eq2(): a = gff.GenomicRange(seq_id='a') b = gff.GenomicRange(seq_id='b') assert a != b
def test_genomicrange_contains_annotation(start1, end1, start2, end2, result): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start1, end=end1) assert (gff.Annotation(start=start2, end=end2) in gen_range1) == result
def test_genomicrange_get_relative_pos(start, end, pos, relpos): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end) gen_range1.get_relative_pos(pos) == relpos
def test_genomicrange_contains(coords1, coords2, result): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=coords1[0], end=coords1[1]) gen_range2 = gff.GenomicRange(start=coords2[0], end=coords2[1]) assert (gen_range2 in gen_range1) == result
def test_genomicrange_contains_annotation1(coords1, coords2, result): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=coords1[0], end=coords1[1]) assert (gff.Annotation(start=coords2[0], end=coords2[1]) in gen_range1) == result
def test_genomicrange_contains(start, end, coords, result): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end) assert (coords in gen_range1) == result
def test_genomicrange_repr(): a = gff.GenomicRange(seq_id='seq', start=1, end=20, strand='-') assert repr(a) == "{0}({1}):{2}-{3}".format('seq', '-', 1, 20)
def test_genomicrange_get_range(): a = gff.GenomicRange(start=1, end=30) assert a.get_range() == (1, 30)
def test_genomicrange_length1(): ann = gff.GenomicRange(start=1, end=10) assert len(ann) == 10
def test_genomicrange_get_relative_pos_fail(start, end, pos): gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end) with pytest.raises(ValueError): gen_range1.get_relative_pos(pos)
def test_genomicrange_length2(): ann = gff.GenomicRange(start=1, end=10) with pytest.raises(AttributeError): ann.length
def test_genomicrange_eq1(): a = gff.GenomicRange(start=1) b = gff.GenomicRange(start=2) assert a != b