def test_genomicrange_intersect4():
gen_range1 = gff.GenomicRange(seq_id='seq1', strand='+', start=10, end=20)
gen_range2 = gff.GenomicRange(seq_id='seq1', strand='+', start=12, end=18)
gen_range_u = gen_range1 & gen_range2
assert len(gen_range_u) == len(gen_range2)
def test_genomicrange_intersect_fail(seq1, strand1, s1, e1, seq2, strand2, s2, e2):
gen_range1 = gff.GenomicRange()
gen_range1.seq_id = seq1
gen_range1.strand = strand1
gen_range1.start = s1
gen_range1.end = e1
gen_range2 = gff.GenomicRange()
gen_range2.seq_id = seq2
gen_range2.strand = strand2
gen_range2.start = s2
gen_range2.end = e2
gen_range_u = gen_range2.intersect(gen_range1)
assert gen_range_u is None
def test_genomicrange_intersect1(start2, end2, seq2, strand2, result):
gen_range1 = gff.GenomicRange()
gen_range1.seq_id = 'seq1'
gen_range1.strand = '+'
gen_range1.start = 10
gen_range1.end = 20
gen_range2 = gff.GenomicRange()
gen_range2.seq_id = seq2
gen_range2.strand = strand2
gen_range2.start = start2
gen_range2.end = end2
gen_range_u = gen_range1.intersect(gen_range2)
assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == result
def test_genomicrange_union2():
gen_range1 = gff.GenomicRange()
gen_range1.seq_id = 'seq1'
gen_range1.strand = '+'
gen_range1.start = 10
gen_range1.end = 20
gen_range2 = gff.GenomicRange()
gen_range2.seq_id = 'seq1'
gen_range2.strand = '+'
gen_range2.start = 21
gen_range2.end = 30
gen_range_u = gen_range1 | gen_range2
assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == (10, 30)
def test_genomicrange_union_fail(start2, end2, seq2, strand2):
gen_range1 = gff.GenomicRange()
gen_range1.seq_id = 'seq1'
gen_range1.strand = '+'
gen_range1.start = 10
gen_range1.end = 20
gen_range2 = gff.GenomicRange()
gen_range2.seq_id = seq2
gen_range2.strand = strand2
gen_range2.start = start2
gen_range2.end = end2
gen_range_u = gen_range1.union(gen_range2)
assert gen_range_u is None
def test_genomicrange_union1(start2, end2, ustart, uend):
gen_range1 = gff.GenomicRange()
gen_range1.seq_id = 'seq1'
gen_range1.strand = '+'
gen_range1.start = 10
gen_range1.end = 20
gen_range2 = gff.GenomicRange()
gen_range2.seq_id = 'seq1'
gen_range2.strand = '+'
gen_range2.start = start2
gen_range2.end = end2
gen_range_u = gen_range1.union(gen_range2)
assert (gen_range_u.start, gen_range_u.end) == (ustart, uend)
def test_genomicrange_eq2():
a = gff.GenomicRange(seq_id='a')
b = gff.GenomicRange(seq_id='b')
assert a != b
def test_genomicrange_contains_annotation(start1, end1, start2, end2, result):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start1, end=end1)
assert (gff.Annotation(start=start2, end=end2) in gen_range1) == result
def test_genomicrange_get_relative_pos(start, end, pos, relpos):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end)
gen_range1.get_relative_pos(pos) == relpos
def test_genomicrange_contains(coords1, coords2, result):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=coords1[0], end=coords1[1])
gen_range2 = gff.GenomicRange(start=coords2[0], end=coords2[1])
assert (gen_range2 in gen_range1) == result
def test_genomicrange_contains_annotation1(coords1, coords2, result):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=coords1[0], end=coords1[1])
assert (gff.Annotation(start=coords2[0], end=coords2[1]) in gen_range1) == result
def test_genomicrange_contains(start, end, coords, result):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end)
assert (coords in gen_range1) == result
def test_genomicrange_repr():
a = gff.GenomicRange(seq_id='seq', start=1, end=20, strand='-')
assert repr(a) == "{0}({1}):{2}-{3}".format('seq', '-', 1, 20)
def test_genomicrange_get_range():
a = gff.GenomicRange(start=1, end=30)
assert a.get_range() == (1, 30)
def test_genomicrange_length1():
ann = gff.GenomicRange(start=1, end=10)
assert len(ann) == 10
def test_genomicrange_get_relative_pos_fail(start, end, pos):
gen_range1 = gff.GenomicRange(start=start, end=end)
with pytest.raises(ValueError):
gen_range1.get_relative_pos(pos)
def test_genomicrange_length2():
ann = gff.GenomicRange(start=1, end=10)
with pytest.raises(AttributeError):
ann.length
def test_genomicrange_eq1():
a = gff.GenomicRange(start=1)
b = gff.GenomicRange(start=2)
assert a != b
