def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which + ' help')
parser.add_argument('-f',
'--folders',
nargs='+',
type=str,
help='folders to scan',
required=False)
parser.add_argument('-r',
'--reads',
nargs='+',
type=str,
help='minion read folder',
required=False)
parser.add_argument('-mr',
'--mreads',
nargs='+',
type=str,
help='multi-read files',
required=False)
parser.add_argument('-p',
'--no-plot',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-u',
'--user_run',
dest='user_run',
action='store_true',
default=False)
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which+' help')
parser.add_argument('-d', '--diffreg', nargs='+', type=str, help='poreSTAT diffreg results',
required=True)
parser.add_argument('-m', '--methods', type=str, nargs='+', default=['edgeR', 'DESeq'])
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _prepObj(self, args):
if (not PSToolInterface.hasArgument('counts', args)
and not PSToolInterface.hasArgument('diffreg', args)) or (
args.counts == None and args.diffreg == None):
raise argparse.ArgumentParser().error(
"error: Either counts [--counts] or diffreg results [--diffreg] must be set!"
)
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return FoldChangeFeatureCountsAnalysis(simArgs)
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which+' help')
parser.add_argument('-s', '--sam', nargs='+', type=argparse.FileType('r'), required=True, help='alignment files')
parser.add_argument('-o', '--output', type=argparse.FileType('w'), help='output location, default: std out', default=sys.stdout)
parser.add_argument('-a', '--all', default=False, action="store_true")
parser.add_argument('-f', '--fasta', type=argparse.FileType('r'), help='de table file to read in',
required=True)
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which+' help')
parser.add_argument('-s', '--sam', nargs='+', type=argparse.FileType('r'), required=True, help='alignment files')
parser.add_argument('-g', '--gff', type=argparse.FileType("r"), required=True, help='gene annotation')
parser.add_argument('-r', '--read-info', nargs='+', type=argparse.FileType('r'), help='read summary file', required=False)
parser.add_argument('--plot', dest='plot', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('-o', '--output', type=argparse.FileType('w'), help='output location, default: std out', default=sys.stdout)
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which + ' help')
parser.add_argument('-d',
'--counts',
nargs='+',
type=str,
help='counts summary file',
required=False)
parser.add_argument('-o',
'--output',
type=str,
help='output location, default: std out',
default=None)
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which + ' help')
parser.add_argument('-c',
'--counts',
nargs='+',
type=argparse.FileType('r'),
action='append',
default=None,
help='counts summary file',
required=False)
parser.add_argument('-d',
'--diffreg',
nargs='+',
type=str,
default=None,
help='poreSTAT diffreg results',
required=False)
parser.add_argument('-v',
'--no-analysis',
dest='noanalysis',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-m',
'--methods',
type=str,
nargs='+',
default=['NOISeq', 'DESeq', 'msEmpiRe'])
parser.add_argument('-o',
'--output',
type=FolderType('w'),
help='output location, default: std out',
required=True)
parser.add_argument('-r',
'--rscript',
type=argparse.FileType('r'),
help='path to Rscript',
default='/usr/bin/Rscript')
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return SquigglePlotter(simArgs)
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return SecondaryAlignmentAnalysis(simArgs)
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return FoldChangeTopRegulatedAnalysis(simArgs)
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return QualityPosition(simArgs)
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return SimilarityAnalysis(simArgs)
def _addParser(self, subparsers, which):
parser = subparsers.add_parser(which, help=which + ' help')
parser.add_argument('-c',
'--counts',
nargs='+',
type=argparse.FileType('r'),
default=None,
help='counts summary file',
required=False)
parser.add_argument('-p',
'--prefixes',
nargs='+',
type=str,
default=None,
help='counts summary file',
required=False)
parser.add_argument('-co',
'--conditions',
nargs='+',
type=str,
action='append',
default=None,
help='counts summary file',
required=False)
parser.add_argument('-v',
'--no-analysis',
dest='noanalysis',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-m',
'--methods',
type=str,
nargs='+',
default=[
'DESeq2', 'DirectDESeq2', 'edgeR', 'limma',
'msEmpiRe', "nlEmpiRe"
])
parser.add_argument('-o',
'--output',
type=FolderType('w'),
help='output location, default: std out',
required=True)
parser.add_argument('-r',
'--rscript',
type=argparse.FileType('r'),
help='path to Rscript',
default='/usr/bin/Rscript')
parser.add_argument('-e',
'--enhanced',
type=argparse.FileType('r'),
default=None)
parser.add_argument('-l',
'--lengths',
type=argparse.FileType('r'),
default=None)
parser.add_argument('-rrna',
'--no-rrna',
dest='norrna',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-rmtrna',
'--remove-mtrna',
dest='removemtrna',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-opc',
'--only-protein-coding',
dest='only_protein_coding',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-fpkm',
'--fpkm',
dest='fpkm',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-tpm',
'--tpm',
dest='tpm',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-libsize',
'--libsize',
dest='libsize',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-remove-gene-stable',
'--remove-gene-stable-identifier',
dest='removestable',
action='store_true',
default=False)
parser.add_argument('-anc',
'--allow-nonexistant-cond',
dest='allow_nonexistant_cond',
action='store_true',
default=False)
parser = PlotConfig.addParserArgs(parser)
parser.set_defaults(func=self._prepObj)
return parser
def _prepObj(self, args):
simArgs = self._makeArguments(args)
simArgs.pltcfg = PlotConfig.fromParserArgs(simArgs)
return FoldChangeSimilarity(simArgs)