def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('--cutoff', type=float, default=0.0)
p.add_argument('-o', '--outpath', default='outfile')
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.dhe.txt')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('--grp1', required=True)
p.add_argument('--grp2', required=True)
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('-c', default=None)
p.add_argument('-o', '--outplot', default='clustremap.png')
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('-s', '--scheme', type=int, default=2)
p.add_argument('--threshold', type=float, default=0.25)
p.add_argument('--region', default='chrom')
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.pruned.txt')
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('--hierfile',
required=True,
help="file describing hierarchical groups")
p.add_argument('--cumfst', type=float, default=2.0)
p.add_argument('--minfst', type=float, default=0.75)
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('-o', '--outpath', default='outfile.hetstats')
return p
def init_argparser(p=None):
p = tabparser.init_argparser()
p.add_argument('-o', '--outfile', required=True)
return p