def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('--cutoff', type=float, default=0.0) p.add_argument('-o', '--outpath', default='outfile') return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.dhe.txt') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('--grp1', required=True) p.add_argument('--grp2', required=True) return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('-c', default=None) p.add_argument('-o', '--outplot', default='clustremap.png') return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('-s', '--scheme', type=int, default=2) p.add_argument('--threshold', type=float, default=0.25) p.add_argument('--region', default='chrom') p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.pruned.txt') return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('--hierfile', required=True, help="file describing hierarchical groups") p.add_argument('--cumfst', type=float, default=2.0) p.add_argument('--minfst', type=float, default=0.75) return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('-o', '--outpath', default='outfile.hetstats') return p
def init_argparser(p=None): p = tabparser.init_argparser() p.add_argument('-o', '--outfile', required=True) return p