def test_environment_var(self):
try:
for test in self.paths:
os.environ["STDPOPSIM_CACHE"] = test
stdpopsim.set_cache_dir()
self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test))
finally:
os.environ.pop("STDPOPSIM_CACHE")
def test_paths(self):
for test in self.paths:
stdpopsim.set_cache_dir(test)
self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test))
stdpopsim.set_cache_dir(pathlib.Path(test))
self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test))
def test_none(self):
stdpopsim.set_cache_dir(None)
cache_dir = pathlib.Path(appdirs.user_cache_dir("stdpopsim", "popgensims"))
self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), cache_dir)
def test_cache_dirs(self):
an = AnnotationTestClass()
cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "annotations" / an.species.id
self.assertEqual(an.cache_path.parent, cache_dir)
def test_cache_dirs(self):
gm = GeneticMapTestClass()
cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "genetic_maps"
self.assertEqual(gm.cache_dir, cache_dir)
self.assertEqual(gm.species_cache_dir, gm.cache_dir / gm.species.id)
self.assertEqual(gm.map_cache_dir, gm.species_cache_dir / gm.id)
def test_cache_dirs(self):
gm = GeneticMapTestClass()
cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir(
) / "genetic_maps" / gm.species.id / gm.id
assert gm.map_cache_dir == cache_dir
def __init__(self):
self.cache_dir = pathlib.Path(
stdpopsim.get_cache_dir()) / "genetic_maps"
self.species_cache_dir = self.cache_dir / self.species
self.map_cache_dir = self.species_cache_dir / self.name
def setUp(self):
self.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir()
stdpopsim.set_cache_dir(self.cache_dir)
def setUp(self):
self.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir()
self.tmp_cache_dir = tempfile.TemporaryDirectory()
stdpopsim.set_cache_dir(self.tmp_cache_dir.name)
def test_none(self):
stdpopsim.set_cache_dir(None)
cache_dir = pathlib.Path(appdirs.user_cache_dir("stdpopsim", "popgensims"))
assert stdpopsim.get_cache_dir() == cache_dir
def test_paths(self):
for test in self.paths:
stdpopsim.set_cache_dir(test)
assert stdpopsim.get_cache_dir() == pathlib.Path(test)
stdpopsim.set_cache_dir(pathlib.Path(test))
assert stdpopsim.get_cache_dir() == pathlib.Path(test)
def setup_class(cls):
cls.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir()
cls.tmp_cache_dir = tempfile.TemporaryDirectory()
stdpopsim.set_cache_dir(cls.tmp_cache_dir.name)
def setup_class(cls):
cls.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir()
stdpopsim.set_cache_dir(cls.cache_dir)
def test_cache_dirs(self):
gm = AnnotationTestClass()
cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "annotations"
self.assertEqual(gm.annot_cache_dir, cache_dir)
self.assertEqual(gm.species_cache_dir,
gm.annot_cache_dir / gm.species.id)
