def test_environment_var(self): try: for test in self.paths: os.environ["STDPOPSIM_CACHE"] = test stdpopsim.set_cache_dir() self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test)) finally: os.environ.pop("STDPOPSIM_CACHE")
def test_paths(self): for test in self.paths: stdpopsim.set_cache_dir(test) self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test)) stdpopsim.set_cache_dir(pathlib.Path(test)) self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), pathlib.Path(test))
def test_none(self): stdpopsim.set_cache_dir(None) cache_dir = pathlib.Path(appdirs.user_cache_dir("stdpopsim", "popgensims")) self.assertEqual(stdpopsim.get_cache_dir(), cache_dir)
def test_cache_dirs(self): an = AnnotationTestClass() cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "annotations" / an.species.id self.assertEqual(an.cache_path.parent, cache_dir)
def test_cache_dirs(self): gm = GeneticMapTestClass() cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "genetic_maps" self.assertEqual(gm.cache_dir, cache_dir) self.assertEqual(gm.species_cache_dir, gm.cache_dir / gm.species.id) self.assertEqual(gm.map_cache_dir, gm.species_cache_dir / gm.id)
def test_cache_dirs(self): gm = GeneticMapTestClass() cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir( ) / "genetic_maps" / gm.species.id / gm.id assert gm.map_cache_dir == cache_dir
def __init__(self): self.cache_dir = pathlib.Path( stdpopsim.get_cache_dir()) / "genetic_maps" self.species_cache_dir = self.cache_dir / self.species self.map_cache_dir = self.species_cache_dir / self.name
def setUp(self): self.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() stdpopsim.set_cache_dir(self.cache_dir)
def setUp(self): self.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() self.tmp_cache_dir = tempfile.TemporaryDirectory() stdpopsim.set_cache_dir(self.tmp_cache_dir.name)
def test_none(self): stdpopsim.set_cache_dir(None) cache_dir = pathlib.Path(appdirs.user_cache_dir("stdpopsim", "popgensims")) assert stdpopsim.get_cache_dir() == cache_dir
def test_paths(self): for test in self.paths: stdpopsim.set_cache_dir(test) assert stdpopsim.get_cache_dir() == pathlib.Path(test) stdpopsim.set_cache_dir(pathlib.Path(test)) assert stdpopsim.get_cache_dir() == pathlib.Path(test)
def setup_class(cls): cls.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() cls.tmp_cache_dir = tempfile.TemporaryDirectory() stdpopsim.set_cache_dir(cls.tmp_cache_dir.name)
def setup_class(cls): cls.saved_cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() stdpopsim.set_cache_dir(cls.cache_dir)
def test_cache_dirs(self): gm = AnnotationTestClass() cache_dir = stdpopsim.get_cache_dir() / "annotations" self.assertEqual(gm.annot_cache_dir, cache_dir) self.assertEqual(gm.species_cache_dir, gm.annot_cache_dir / gm.species.id)