Ejemplos de trim_fasta en Python

Lenguaje de programación: Python

Namespace/Package Name: americangut.util

Método / Función: trim_fasta

Ejemplos en hotexamples.com: 2

Python trim_fasta - 2 ejemplos encontrados. Estos son los ejemplos en Python del mundo real mejor valorados de americangut.util.trim_fasta extraídos de proyectos de código abierto. Puedes valorar ejemplos para ayudarnos a mejorar la calidad de los ejemplos.

Ejemplo n.º 1

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Archivo: test_util.py Proyecto: Pratap5387/American-Gut

    def test_trim_fasta(self):
        infasta = StringIO(test_fasta)

        # Trim length 10
        expected = (">seq1\n"
                    "0123456789\n"
                    ">seq2\n"
                    "0123456789\n"
                    ">seq3\n"
                    "012345\n")
        outfasta = StringIO()
        trim_fasta(infasta, outfasta, 10)
        outfasta.seek(0)
        self.assertEqual(expected, outfasta.read())

Ejemplo n.º 2

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    def test_trim_fasta(self):
        infasta = StringIO(test_fasta)

        # Trim length 10
        expected = (">seq1\n"
                    "0123456789\n"
                    ">seq2\n"
                    "0123456789\n"
                    ">seq3\n"
                    "012345\n")
        outfasta = StringIO()
        trim_fasta(infasta, outfasta, 10)
        outfasta.seek(0)
        self.assertEqual(expected, outfasta.read())