Ejemplos de Label en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testFromString(self):
     
     label = Label.from_string("Q#2:CA")
     
     self.assertEqual(label.residue, ProteinAlphabet.GLN)
     self.assertEqual(label.rank, 2)
     self.assertEqual(label.atom_name, 'CA')

Ejemplo n.º 2

    def testFromString(self):

        label = Label.from_string("Q#2:CA")

        self.assertEqual(label.residue, ProteinAlphabet.GLN)
        self.assertEqual(label.rank, 2)
        self.assertEqual(label.atom_name, 'CA')

Ejemplo n.º 3

    def testLabel(self):

        shift = ChemShiftInfo(2, 'ALA', 'CA', 'C', 12)
        self.assertEqual(shift.label, Label.from_shift(shift))

Ejemplo n.º 4

 def testParse(self):
     self.assertEqual(Label.parse("Q#2:CA"), ("Q", 2, 'CA'))

Ejemplo n.º 5

 def testMatch(self):
     atom = get_chain()[1]['CA']
     shift = ChemShiftInfo(2, ProteinAlphabet.GLN, 'CA', ChemElements.C, 12)
     self.assertTrue(Label.match(shift, atom))

Ejemplo n.º 6

 def testGetAtom(self):
     chain = get_chain()
     self.assertEqual(Label.get_atom(chain, "Q#2:CA"), chain[1]['CA'])

Ejemplo n.º 7

 def testFromAtom(self):
     atom = get_chain()[1]['CA']
     self.assertEqual(Label.from_atom(atom), "Q#2:CA")

Ejemplo n.º 8

 def testFromShift(self):
     shift = ChemShiftInfo(2, ProteinAlphabet.ALA, 'CA', ChemElements.C, 12)
     self.assertEqual(Label.from_shift(shift), "A#2:CA")

Ejemplo n.º 9

 def testBuild(self):
     self.assertEqual(Label.build(ProteinAlphabet.ALA, 2, 'CA'), "A#2:CA")

Ejemplo n.º 10

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

    def testLabel(self):

        shift = ChemShiftInfo(2, 'ALA', 'CA', 'C', 12)        
        self.assertEqual(shift.label, Label.from_shift(shift))

Ejemplo n.º 11

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testParse(self):
     self.assertEqual(Label.parse("Q#2:CA"), ("Q", 2, 'CA'))

Ejemplo n.º 12

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testMatch(self):        
     atom = get_chain()[1]['CA']
     shift = ChemShiftInfo(2, ProteinAlphabet.GLN, 'CA', ChemElements.C, 12)
     self.assertTrue(Label.match(shift, atom))

Ejemplo n.º 13

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testGetAtom(self):
     chain = get_chain()
     self.assertEqual(Label.get_atom(chain, "Q#2:CA"), chain[1]['CA'])

Ejemplo n.º 14

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testFromAtom(self):
     atom = get_chain()[1]['CA']
     self.assertEqual(Label.from_atom(atom), "Q#2:CA")

Ejemplo n.º 15

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testFromShift(self):
     shift = ChemShiftInfo(2, ProteinAlphabet.ALA, 'CA', ChemElements.C, 12)
     self.assertEqual(Label.from_shift(shift), "A#2:CA")

Ejemplo n.º 16

Archivo: __init__.py Proyecto: khasinski/csb

 def testBuild(self):
     self.assertEqual(Label.build(ProteinAlphabet.ALA, 2, 'CA'), "A#2:CA")