Ejemplo n.º 1
0
 def test_no_difference_between_identical_strands(self):
     self.assertEqual(0, hamming_distance('GGACTGA', 'GGACTGA'))
Ejemplo n.º 2
0
 def test_ignores_extra_length_on_original_strand_when_longer(self):
     self.assertEqual(
         5, hamming_distance('GACTACGGACAGGGTAGGGAAT', 'GACATCGCACACC'))
Ejemplo n.º 3
0
 def test_no_difference_between_empty_strands(self):
     self.assertEqual(0, hamming_distance('', ''))
Ejemplo n.º 4
0
 def test_larger_distance(self):
     self.assertEqual(2, hamming_distance('ACCAGGG', 'ACTATGG'))
Ejemplo n.º 5
0
 def test_ignores_extra_length_on_other_strand_when_longer(self):
     self.assertEqual(3, hamming_distance('AAACTAGGGG', 'AGGCTAGCGGTAGGAC'))
Ejemplo n.º 6
0
 def test_hamming_distance_in_off_by_one_strand(self):
     self.assertEqual(
         19,
         hamming_distance('GGACGGATTCTGACCTGGACTAATTTTGGGG',
                          'AGGACGGATTCTGACCTGGACTAATTTTGGGG'))
Ejemplo n.º 7
0
 def test_small_hamming_distance_in_middle_somewhere(self):
     self.assertEqual(1, hamming_distance('GGACG', 'GGTCG'))
Ejemplo n.º 8
0
 def test_no_difference_between_empty_strands(self):
     self.assertEqual(0, hamming_distance('', ''))
Ejemplo n.º 9
0
 def test_complete_hamming_distance_in_small_strand(self):
     self.assertEqual(3, hamming_distance('ACT', 'GGA'))
Ejemplo n.º 10
0
 def test_ignores_extra_length_on_other_strand_when_longer(self):
     self.assertEqual(3, hamming_distance('AAACTAGGGG', 'AGGCTAGCGGTAGGAC'))
Ejemplo n.º 11
0
 def test_ignores_extra_length_on_original_strand_when_longer(self):
     self.assertEqual(5, hamming_distance('GACTACGGACAGGGTAGGGAAT',
                                          'GACATCGCACACC'))
Ejemplo n.º 12
0
 def test_larger_distance(self):
     self.assertEqual(2, hamming_distance('ACCAGGG', 'ACTATGG'))
Ejemplo n.º 13
0
 def test_small_hamming_distance_in_middle_somewhere(self):
     self.assertEqual(1, hamming_distance('GGACG', 'GGTCG'))
Ejemplo n.º 14
0
 def test_hamming_distance_in_off_by_one_strand(self):
     self.assertEqual(19,
                      hamming_distance('GGACGGATTCTGACCTGGACTAATTTTGGGG',
                                       'AGGACGGATTCTGACCTGGACTAATTTTGGGG'))
Ejemplo n.º 15
0
 def test_complete_hamming_distance_in_small_strand(self):
     self.assertEqual(3, hamming_distance('ACT', 'GGA'))
Ejemplo n.º 16
0
 def test_no_difference_between_identical_strands(self):
     self.assertEqual(0, hamming_distance('GGACTGA', 'GGACTGA'))