Ejemplos de get_five_prime_utr_length en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_ensembl.py Proyecto: xflicsu/immuno

def test_get_5prime_utr_length_CTNNB1():

    transcript_id = "ENST00000405570"
    exons = ensembl.get_exons_from_transcript(transcript_id)

    utr_length = ensembl.get_five_prime_utr_length(exons)
    print utr_length
    assert(utr_length == 156)

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_ensembl.py Proyecto: xflicsu/immuno

def test_get_5prime_utr_length_reverse_strand_CASP9():

    transcript_id = "ENST00000333868"
    exons = ensembl.get_exons_from_transcript(transcript_id)

    utr_length = ensembl.get_five_prime_utr_length(exons, forward = False)
    print utr_length
    assert(utr_length == 95)

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_ensembl.py Proyecto: xflicsu/immuno

def test_get_5prime_utr_length_RET():

    transcript_id = "ENST00000355710"
    exons = ensembl.get_exons_from_transcript(transcript_id)

    utr_length = ensembl.get_five_prime_utr_length(exons)
    print utr_length
    assert(utr_length == 232)