Ejemplos de create_graphkb_sv_notation en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_inputs.py Proyecto: bcgsc/pori_ipr_python

 def test_no_genes_error(self) -> None:
     with pytest.raises(ValueError):
         create_graphkb_sv_notation(
             IprStructuralVariant({
                 'gene1': '',
                 'gene2': '',
                 'exon1': 1,
                 'exon2': 2,
                 'key': 'x'
             }))

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_inputs.py Proyecto: bcgsc/pori_ipr_python

 def test_one_exon_missing(self) -> None:
     notation = create_graphkb_sv_notation(
         IprStructuralVariant({
             'gene1': 'A',
             'gene2': 'B',
             'exon1': '',
             'exon2': 2
         }))
     assert notation == '(A,B):fusion(e.?,e.2)'

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_inputs.py Proyecto: bcgsc/pori_ipr_python

 def test_first_gene_missing(self) -> None:
     notation = create_graphkb_sv_notation(
         IprStructuralVariant({
             'gene1': '',
             'gene2': 'B',
             'exon1': 1,
             'exon2': 2
         }))
     assert notation == '(B,?):fusion(e.2,e.1)'

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_inputs.py Proyecto: bcgsc/pori_ipr_python

 def test_both_genes_and_exons(self) -> None:
     notation = create_graphkb_sv_notation(
         IprStructuralVariant({
             'gene1': 'A',
             'gene2': 'B',
             'exon1': 1,
             'exon2': 2
         }))
     assert notation == '(A,B):fusion(e.1,e.2)'