Ejemplos de trim_variant en Python

Lenguaje de programación: Python

Namespace/Package Name: isovar.variant_helpers

Método / Función: trim_variant

Ejemplos en hotexamples.com: 6

Python trim_variant - 6 ejemplos encontrados. Estos son los ejemplos en Python del mundo real mejor valorados de isovar.variant_helpers.trim_variant extraídos de proyectos de código abierto. Puedes valorar ejemplos para ayudarnos a mejorar la calidad de los ejemplos.

Ejemplo n.º 1

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Archivo: test_variant_helpers.py Proyecto: Al3n70rn/isovar

def test_trim_variant_deletion():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "CG", "C"))
    eq_(loc, 11)
    eq_(ref, "G")
    eq_(alt, "")

Ejemplo n.º 2

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Archivo: test_variant_helpers.py Proyecto: Al3n70rn/isovar

def test_trim_variant_insertion():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "C", "CG"))
    eq_(loc, 10)
    eq_(ref, "")
    eq_(alt, "G")

Ejemplo n.º 3

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Archivo: test_variant_helpers.py Proyecto: Al3n70rn/isovar

def test_trim_variant_substitution():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "C", "G"))
    eq_(loc, 10)
    eq_(ref, "C")
    eq_(alt, "G")

Ejemplo n.º 4

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def test_trim_variant_deletion():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "CG", "C"))
    eq_(loc, 11)
    eq_(ref, "G")
    eq_(alt, "")

Ejemplo n.º 5

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def test_trim_variant_insertion():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "C", "CG"))
    eq_(loc, 10)
    eq_(ref, "")
    eq_(alt, "G")

Ejemplo n.º 6

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def test_trim_variant_substitution():
    loc, ref, alt = trim_variant(Variant("chr1", 10, "C", "G"))
    eq_(loc, 10)
    eq_(ref, "C")
    eq_(alt, "G")