Ejemplo n.º 1
0
 def test_noninteger_counts_dense(self):
     C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')
     T_dense_reference = impl_dense(C)
     T_dense_scaled_1 = impl_dense(C * 10.0)
     T_dense_scaled_2 = impl_dense(C * 0.1)
     assert_allclose(T_dense_reference, T_dense_scaled_1)
     assert_allclose(T_dense_reference, T_dense_scaled_2)
Ejemplo n.º 2
0
    def test_warnings(self):
        C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')
        with warnings.catch_warnings(record=True) as w:
            warnings.simplefilter('ignore')
            warnings.simplefilter(
                'always',
                category=msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)
            impl_sparse(scipy.sparse.csr_matrix(C), maxiter=1)
            assert issubclass(w[-1].category,
                              msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)

            impl_dense(C, maxiter=1)
            assert len(w) == 2
            assert issubclass(w[-1].category,
                              msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)
Ejemplo n.º 3
0
    def test_mle_trev(self):
        C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')

        T_impl_algo_sparse_type_sparse = impl_sparse(
            scipy.sparse.csr_matrix(C)).toarray()
        T_impl_algo_dense_type_dense = impl_dense(C)

        T_api_algo_dense_type_dense = apicall(C,
                                              reversible=True,
                                              method='dense')
        T_api_algo_sparse_type_dense = apicall(C,
                                               reversible=True,
                                               method='sparse')
        T_api_algo_dense_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
                                               reversible=True,
                                               method='dense').toarray()
        T_api_algo_sparse_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
                                                reversible=True,
                                                method='sparse').toarray()
        T_api_algo_auto_type_dense = apicall(C, reversible=True, method='auto')
        T_api_algo_auto_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
                                              reversible=True,
                                              method='auto').toarray()

        assert_allclose(T_impl_algo_sparse_type_sparse,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_dense_type_dense,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_sparse_type_dense,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_dense_type_sparse,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_sparse_type_sparse,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_auto_type_dense,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)
        assert_allclose(T_api_algo_auto_type_sparse,
                        T_impl_algo_dense_type_dense)