def test_noninteger_counts_dense(self):
C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')
T_dense_reference = impl_dense(C)
T_dense_scaled_1 = impl_dense(C * 10.0)
T_dense_scaled_2 = impl_dense(C * 0.1)
assert_allclose(T_dense_reference, T_dense_scaled_1)
assert_allclose(T_dense_reference, T_dense_scaled_2)
def test_warnings(self):
C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')
with warnings.catch_warnings(record=True) as w:
warnings.simplefilter('ignore')
warnings.simplefilter(
'always',
category=msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)
impl_sparse(scipy.sparse.csr_matrix(C), maxiter=1)
assert issubclass(w[-1].category,
msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)
impl_dense(C, maxiter=1)
assert len(w) == 2
assert issubclass(w[-1].category,
msmtools.util.exceptions.NotConvergedWarning)
def test_mle_trev(self):
C = np.loadtxt(testpath + 'C_1_lag.dat')
T_impl_algo_sparse_type_sparse = impl_sparse(
scipy.sparse.csr_matrix(C)).toarray()
T_impl_algo_dense_type_dense = impl_dense(C)
T_api_algo_dense_type_dense = apicall(C,
reversible=True,
method='dense')
T_api_algo_sparse_type_dense = apicall(C,
reversible=True,
method='sparse')
T_api_algo_dense_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
reversible=True,
method='dense').toarray()
T_api_algo_sparse_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
reversible=True,
method='sparse').toarray()
T_api_algo_auto_type_dense = apicall(C, reversible=True, method='auto')
T_api_algo_auto_type_sparse = apicall(scipy.sparse.csr_matrix(C),
reversible=True,
method='auto').toarray()
assert_allclose(T_impl_algo_sparse_type_sparse,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_dense_type_dense,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_sparse_type_dense,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_dense_type_sparse,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_sparse_type_sparse,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_auto_type_dense,
T_impl_algo_dense_type_dense)
assert_allclose(T_api_algo_auto_type_sparse,
T_impl_algo_dense_type_dense)