Ejemplos de SuperTreeInputTrees en Python

Ejemplo n.º 1

from p4.SuperTreeSupport import SuperTreeInputTrees

stit = SuperTreeInputTrees('balanced64.nex')
stit.writeInputTreesToFile = True
stit.outputFile = 'inputtreesWithDist.tre'
stit.useTaxonDistribution = True
stit.noOutputTrees = 20
stit.generateInputTrees()

Ejemplo n.º 2

Archivo: sInputTreesWithDist.py Proyecto: Anaphory/p4-phylogeny

from p4.SuperTreeSupport import SuperTreeInputTrees

stit = SuperTreeInputTrees('balanced64.nex')
stit.writeInputTreesToFile = True
stit.outputFile = 'inputtreesWithDist.tre'
stit.useTaxonDistribution = True 
stit.noOutputTrees = 20
stit.generateInputTrees()

Ejemplo n.º 3

Archivo: sInputTreesBuildDist.py Proyecto: Anaphory/p4-phylogeny

from p4.SuperTreeSupport import SuperTreeInputTrees

stit = SuperTreeInputTrees('balanced64.nex', distributionTrees='FelidaeRVS.tre')
stit.writeInputTreesToFile = True
stit.outputFile = 'inputtreesBuiltDist.tre'
stit.noOutputTrees = 20
stit.generateInputTrees()

Ejemplo n.º 4

Archivo: sInputTreesBuildDist.py Proyecto: sdwfrost/p4-phylogeny

from p4.SuperTreeSupport import SuperTreeInputTrees

stit = SuperTreeInputTrees('balanced64.nex',
                           distributionTrees='FelidaeRVS.tre')
stit.writeInputTreesToFile = True
stit.outputFile = 'inputtreesBuiltDist.tre'
stit.noOutputTrees = 20
stit.generateInputTrees()

Ejemplo n.º 5

from p4.SuperTreeSupport import SuperTreeInputTrees

stit = SuperTreeInputTrees('balanced64.nex')
stit.writeInputTreesToFile = True
stit.outputFile = 'inputtrees.tre'
stit.noTaxaToRemove = 32
stit.noOutputTrees = 20
stit.generateInputTrees()