Ejemplos de getDosFormattedFasta en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_pbcore_io_FastaTable.py Proyecto: yoshihikosuzuki/pbcore

    def test_dosLineEndingsFasta(self):
        fr = FastaReader(data.getDosFormattedFasta())
        frEntries = list(fr)

        ft = IndexedFastaReader(data.getDosFormattedFasta())
        ftEntries = list(ft)

        assert_equal(len(frEntries), len(ftEntries))
        for (frE, ftE) in zip(frEntries, ftEntries):
            assert_equal(frE.header, ftE.header)
            assert_equal(frE.sequence, ftE.sequence[:])

Ejemplo n.º 2

    def test_dosLineEndingsFasta(self):
        fr = FastaReader(data.getDosFormattedFasta())
        frEntries = list(fr)

        ft = IndexedFastaReader(data.getDosFormattedFasta())
        ftEntries = list(ft)

        assert len(frEntries) == len(ftEntries)
        for (frE, ftE) in zip(frEntries, ftEntries):
            assert frE.header == ftE.header
            assert frE.sequence == ftE.sequence[:]

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_pbcore_io_FastaIO.py Proyecto: PacificBiosciences/pbcore

 def test_dosLineEndingsFasta(self):
     f = FastaReader(data.getDosFormattedFasta())
     entries = list(f)
     for e in entries:
         assert_true("\r" not in e.header)
         assert_equal(16, len(e.sequence))

Ejemplo n.º 4

 def test_dosLineEndingsFasta(self):
     f = FastaReader(data.getDosFormattedFasta())
     entries = list(f)
     for e in entries:
         assert_true("\r" not in e.name)
         assert_equal(16, len(e.sequence))

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_pbcore_io_FastaIO.py Proyecto: Smart-zhi/pbcore

 def test_dosLineEndingsFasta(self):
     f = FastaReader(data.getDosFormattedFasta())
     entries = list(f)
     for e in entries:
         assert "\r" not in e.header
         assert 16 == len(e.sequence)