Ejemplo n.º 1
0
def test_iterator_generic_uncompressed():
    f = open("windows_small.bed")
    l = len( list( pysam.tabix_generic_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
Ejemplo n.º 2
0
def test_iterator_generic_compressed():
    f = gzip.open(fn_compressed)
    l = len( list( pysam.tabix_generic_iterator( f, parser = pysam.asBed() )))
Ejemplo n.º 3
0
def iterate_generic_uncompressed(fn):
    with open(fn) as f:
        return len(list(pysam.tabix_generic_iterator(f, parser=pysam.asBed())))
Ejemplo n.º 4
0
def iterate_generic_uncompressed(fn):
    with open(fn) as f:
        return len(list(pysam.tabix_generic_iterator(f, parser=pysam.asBed())))
Ejemplo n.º 5
0
def test_iterator_generic_uncompressed():
    f = open("windows_small.bed")
    l = len(list(pysam.tabix_generic_iterator(f, parser=pysam.asBed())))
Ejemplo n.º 6
0
def test_iterator_generic_compressed():
    f = gzip.open(fn_compressed)
    l = len(list(pysam.tabix_generic_iterator(f, parser=pysam.asBed())))