Ejemplos de get_ds en Python

Ejemplo n.º 1

def show_pheno_data(dataset):
    print("Querying dataset '%s'..." % dataset)
    from roger.persistence import db
    from roger.persistence.dge import get_ds

    ds = get_ds(db.session(), dataset)
    print(ds.pheno_data)

Ejemplo n.º 2

def export_pheno_data(dataset, out_file):
    print("Saving pheno data to '%s' ..." % out_file.name)
    from roger.persistence import db
    from roger.persistence.dge import get_ds

    ds = get_ds(db.session(), dataset)
    ds.pheno_data.to_csv(out_file, sep="\t")
    print("Done")

Ejemplo n.º 3

def export_exprs(dataset, out_file):
    print("Saving expression matrix to '%s' ..." % out_file.name)
    from roger.persistence import db
    from roger.persistence.dge import get_ds
    import shutil

    ds = get_ds(db.session(), dataset)
    shutil.copy(ds.ExprsWC, out_file.name)
    print("Done")

Ejemplo n.º 4

    def get(self, Name):
        session = db.session()
        study = get_ds(session, Name)

        return make_response(study.feature_data.to_json(orient="table"), 201)

Ejemplo n.º 5

    def get(self, Name):
        session = db.session()
        study = get_ds(session, Name)

        return make_response(study.feature_data.to_csv(index=False), 201)

Ejemplo n.º 6

    def get(self, Name):
        session = db.session()
        study = get_ds(session, Name)

        return make_response(study.exprs_data.to_csv(), 201)

Ejemplo n.º 7

    def get(self, Name):
        session = db.session()
        study = get_ds(session, Name)

        return marshal(study, StudyViewFields)