Ejemplos de makeAlignment en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: structevol_test.py Proyecto: dad/lcscore

	def test_run(self):
		"""hamming distance"""
		L = 20
		a = structevol.makeAlignment(10,10, 0.1, 0)
		ha = structevol.ProfileAlignment(a)
		for m in ha.distances():
			print m

Ejemplo n.º 2

 def test_run(self):
     """hamming distance"""
     L = 20
     a = structevol.makeAlignment(10, 10, 0.1, 0)
     ha = structevol.ProfileAlignment(a)
     for m in ha.distances():
         print m

Ejemplo n.º 3

Archivo: structevol_test.py Proyecto: dad/lcscore

	def test_run(self):
		"""make alignment"""
		L = 20
		for n in range(5,20):
			a = structevol.makeAlignment(n,L, 0.1, 0)
			#print a
			self.assertTrue(len(a)==n)
			self.assertTrue(len(a[0])==L)

Ejemplo n.º 4

 def test_run(self):
     """make alignment"""
     L = 20
     for n in range(5, 20):
         a = structevol.makeAlignment(n, L, 0.1, 0)
         #print a
         self.assertTrue(len(a) == n)
         self.assertTrue(len(a[0]) == L)