Ejemplos de FastaRecord.add_sequence_line en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: unit_tests.py Proyecto: guochangjiang/tinyfasta

 def test_string_representation(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("atta\n")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAT")
     self.assertEqual(str(fasta_record),
         '\n'.join([">seq101|testing", "atta", "TAAT"]))

Ejemplo n.º 2

Archivo: functional_tests.py Proyecto: tjelvar-olsson/tinyfasta

 def test_seqence_contains_function_no_file(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("AAAT")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAA")
     self.assertTrue(fasta_record.sequence.contains("ATTA"))
     self.assertFalse(fasta_record.sequence.contains("ACCA"))

Ejemplo n.º 3

Archivo: unit_tests.py Proyecto: tjelvar-olsson/tinyfasta

 def test_string_representation(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("atta\n")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAT")
     self.assertEqual(str(fasta_record),
                      '\n'.join([">seq101|testing", "atta", "TAAT"]))

Ejemplo n.º 4

Archivo: functional_tests.py Proyecto: guochangjiang/tinyfasta

 def test_seqence_contains_function_no_file(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("AAAT")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAA")
     self.assertTrue(fasta_record.sequence.contains("ATTA"))
     self.assertFalse(fasta_record.sequence.contains("ACCA"))

Ejemplo n.º 5

Archivo: functional_tests.py Proyecto: tjelvar-olsson/tinyfasta

 def test_seqence_contains_function_with_regex_no_file(self):
     import re
     regex_match = re.compile(r"A[T]{2}A")
     regex_no_match = re.compile(r"A[T]{3}A")
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("AAAT")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAA")
     self.assertTrue(fasta_record.sequence.contains(regex_match))
     self.assertFalse(fasta_record.sequence.contains(regex_no_match))

Ejemplo n.º 6

Archivo: functional_tests.py Proyecto: guochangjiang/tinyfasta

 def test_seqence_contains_function_with_regex_no_file(self):
     import re
     regex_match = re.compile(r"A[T]{2}A")
     regex_no_match = re.compile(r"A[T]{3}A")
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("AAAT")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAA")
     self.assertTrue(fasta_record.sequence.contains(regex_match))
     self.assertFalse(fasta_record.sequence.contains(regex_no_match))

Ejemplo n.º 7

Archivo: unit_tests.py Proyecto: guochangjiang/tinyfasta

 def test_len(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("atta\n")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAT")
     self.assertEqual(len(fasta_record), 8)

Ejemplo n.º 8

Archivo: unit_tests.py Proyecto: tjelvar-olsson/tinyfasta

 def test_len(self):
     from tinyfasta import FastaRecord
     fasta_record = FastaRecord(">seq101|testing\n")
     fasta_record.add_sequence_line("atta\n")
     fasta_record.add_sequence_line("TAAT")
     self.assertEqual(len(fasta_record), 8)